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- PDB-5g0i: Crystal structure of Danio rerio HDAC6 CD1 and CD2 (linker cleave... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g0i
タイトルCrystal structure of Danio rerio HDAC6 CD1 and CD2 (linker cleaved) in complex with Nexturastat A
要素HDAC6
キーワードCELL CYCLE / HISTONE / HISTONE DEACETYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression / angiogenesis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily ...Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NEXTURASTAT A / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Miyake, Y. / Keusch, J.J. / Wang, L. / Saito, M. / Hess, D. / Wang, X. / Melancon, B.J. / Helquist, P. / Gut, H. / Matthias, P.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights Into Hdac6 Tubulin Deacetylation and its Selective Inhibition
著者: Miyake, Y. / Keusch, J.J. / Wang, L. / Saito, M. / Hess, D. / Wang, X. / Melancon, B.J. / Helquist, P. / Gut, H. / Matthias, P.
履歴
登録2016年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HDAC6
B: HDAC6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,79521
ポリマ－178,6952
非ポリマー2,10019
水11,349630
1
A: HDAC6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,41511
ポリマ－89,3481
非ポリマー1,06810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HDAC6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,38010
ポリマ－89,3481
非ポリマー1,0329
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.560, 52.830, 186.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2148-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8189, 0.5739, -0.004035), (0.5733, -0.8184, -0.03993), (-0.02621, 0.03038, -0.9992)
ベクター: -29.21, -46.92, 87.38)

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HDAC6


分子量: 89347.539 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN 1 AND 2, UNP RESIDUES 25-831 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
プラスミド: POPINF / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: F8W4B7

-
非ポリマー , 6種, 649分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-N4R / NEXTURASTAT A / ネクスツラスタットA


分子量: 341.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N3O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 23% PEG 3350, 0.1M KCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 101593 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 45.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 5G0G AND 5G0H

5g0g

5g0h


解像度: 1.99→45.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9596 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU R Cruickshank DPI: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.137
詳細: ADDUCT OF CYS581 COULD NOT BE IDENTIFIED AND HAS NOT BEEN MODELED. CHAIN A IS MORE ORDERED AND DISPLAYS HIGHER QUALITY ELECTRON DENSITY. NCS RESTRAINTS HAVE BEEN USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 5080 5 %RANDOM
Rwork0.1739 ---
obs0.1752 101593 98.19 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0534 Å20 Å2-1.7433 Å2
2---5.1435 Å20 Å2
3---8.1969 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.328 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11227 0 121 630 11978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111672HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0415831HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3983SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes262HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1793HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11672HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1471SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13968SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3407 323 5 %
Rwork0.3094 6138 -
all0.311 6461 -
obs--98.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86650.27990.28480.65510.31871.48490.0085-0.00730.02460.054-0.03320.06130.184-0.21590.0246-0.0144-0.02360.021-0.10950.0098-0.0351-18.7749-32.339459.2712
20.94560.12620.09810.91890.07561.6598-0.0224-0.01220.04890.08080.0171-0.09380.04260.3370.0053-0.08390.0063-0.0183-0.0740.0135-0.053414.7968-14.051371.2405
33.98241.0512-1.8080.9315-0.17611.1507-0.43471.50330.1712-0.25290.5260.16680.1752-0.7214-0.0913-0.2422-0.247-0.07210.27790.1089-0.3874-63.4868-33.544927.815
42.76730.2566-1.78810.8648-0.13712.6236-0.11690.6892-0.0637-0.31660.0885-0.17670.2432-0.50940.0284-0.1096-0.12140.08340.009-0.04-0.276-25.4408-29.848615.4213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|58 - 419}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|442 - 801}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|59 - 418}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|442 - 801}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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