PDB-5fzq: Designed TPR Protein M4N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fzq

タイトル

Designed TPR Protein M4N

要素

DESIGNED TPR PROTEIN

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / TETRATRICOPEPTIDE / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT

機能・相同性

Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.148 Å

データ登録者

Albrecht, R. / Zhu, H. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Origin of a folded repeat protein from an intrinsically disordered ancestor.
著者: Zhu, H. / Sepulveda, E. / Hartmann, M.D. / Kogenaru, M. / Ursinus, A. / Sulz, E. / Albrecht, R. / Coles, M. / Martin, J. / Lupas, A.N.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fzq.cif.gz	126 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fzq.ent.gz	101.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fzq_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fzq_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	5fzq_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	5fzq_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/5fzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/5fzq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fzrC 5fzsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l7o-d 4aaf-d 4aae-d 5jjd-d 6mc0-d 6z38-d 6v3u-d 1b6c-2 4c02-d 6eep-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DESIGNED TPR PROTEIN

B: DESIGNED TPR PROTEIN

C: DESIGNED TPR PROTEIN

ヘテロ分子

43.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.230, 92.230, 76.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	DESIGNED TPR PROTEIN 分子量: 14415.946 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→35.4 Å / Num. obs: 20560 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.38 % / B_iso Wilson estimate: 38.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 4.13 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.148→35.394 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	1024	5 %
R_work	0.2267	-	-
obs	0.2286	20483	98.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.148→35.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2319	0	35	28	2382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.524	3188
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.187	870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1483-2.2615	0.375	142	0.3421	2692	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2615-2.4032	0.3395	143	0.297	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4032-2.5887	0.2868	145	0.2736	2751	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5887-2.8491	0.3028	144	0.2807	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8491-3.2611	0.2984	147	0.2569	2773	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2611-4.1077	0.2582	149	0.1997	2823	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1077-35.3987	0.2182	154	0.1836	2911	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0237	1.0515	0.341	2.4151	0.0645	1.9059	0.0672	-0.083	-0.0303	0.0399	0.0175	0.1327	0.0763	-0.2002	-0.0648	0.2446	0.0162	0.0248	0.44	0.0006	0.3798	35.7366	27.0578	19.507
2	1.5761	2.1783	-0.1391	2.0484	-0.2442	2.7183	-0.1252	-0.0175	-0.1382	-0.1793	0.0881	-0.041	0.3626	0.2117	0.0465	0.4511	0.1351	0.0034	0.3053	0.0131	0.4168	50.9101	17.3794	20.4148
3	1.0326	0.9111	2.3768	2.5668	2.9702	5.086	-0.2087	-0.4681	0.1382	-0.2479	0.1581	-0.0117	-0.33	0.0022	0.0562	0.5162	-0.1144	0.023	0.632	-0.0343	0.3956	56.9929	51.875	30.3108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ -10:9999)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ -10:9999)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESSEQ -10:9999)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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