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- PDB-5fx8: Complete structure of manganese lipoxygenase of Gaeumannomyces gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fx8
タイトルComplete structure of manganese lipoxygenase of Gaeumannomyces graminis and partial structure of zonadhesin of Komagataella pastoris
要素
  • LINOLEATE 11-LIPOXYGENASE
  • ZONADHESIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / CHIAN A AND B / LINOLEATE 11S-AND 13R- LIPOXYGENASE / FATTTY ACID OXYGENATION / MANGANESE. CHAIN U / FUNGAL ADHESION PROTEIN N-TERMINAL DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


linoleate 11-lipoxygenase / linoleate 11-lipoxygenase activity / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / lipid oxidation / linoleic acid metabolic process / side of membrane / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Zonadhesin, first cohesin-like domain / Zonadhesin, second cohesin-like domain / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / : / Putative adhesin / Manganese lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種GAEUMANNOMYCES GRAMINIS (菌類)
KOMAGATAELLA PHAFFII (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, Y. / Wennman, A. / Karkehanadi, S. / Engstrom, A. / Oliw, E.H.
引用ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Linoleate 13R-Manganese Lipoxygenase and an Adhesion Protein
著者: Chen, Y. / Wennman, A. / Karkehabadi, S. / Engstrom, A. / Oliw, E.H.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LINOLEATE 11-LIPOXYGENASE
B: LINOLEATE 11-LIPOXYGENASE
U: ZONADHESIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,42015
ポリマ－169,8793
非ポリマー3,54112
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.309, 50.470, 177.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABU

#1: タンパク質 LINOLEATE 11-LIPOXYGENASE / LINOLEATE 13S-LIPOXYGENASE / LINOLEATE DIOXYGENASE / MANGANESE LIPOXYGENASE / 13R-LIPOXYGENASE


分子量: 67658.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GAEUMANNOMYCES GRAMINIS (菌類) / 株: VAR. AVENAE / 解説: CBS 870.03 / プラスミド: PPICZALPHA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X11 / 参照: UniProt: Q8X151, linoleate 13S-lipoxygenase
#2: タンパク質 ZONADHESIN


分子量: 34562.527 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RESIDUE 20-339 / 由来: (天然) KOMAGATAELLA PHAFFII (菌類) / 株: CBS 7435 / 参照: UniProt: F2QXM5

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糖 , 4種, 10分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 225分子

#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M MES-IMIDAZOLE PH6.5, 20%(V/V) GLYCEROL, 10%(W/V)PEG4000, 0.03M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.03M CALCIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.4 Å / Num. obs: 62790 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FNO

5fno


解像度: 2.6→43.163 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 3049 5.1 %
Rwork0.1952 --
obs0.1977 60262 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11094 0 226 223 11543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01311620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15215841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1736783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661769
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.64070.34131340.24862636X-RAY DIFFRACTION96
2.6407-2.6840.32411520.24992571X-RAY DIFFRACTION97
2.684-2.73020.28891400.24922524X-RAY DIFFRACTION95
2.7302-2.77990.28571360.242619X-RAY DIFFRACTION97
2.7799-2.83330.31611420.25132619X-RAY DIFFRACTION97
2.8333-2.89110.29311230.23692588X-RAY DIFFRACTION98
2.8911-2.9540.29881360.23542637X-RAY DIFFRACTION97
2.954-3.02270.25321670.23722557X-RAY DIFFRACTION97
3.0227-3.09830.30411350.2322603X-RAY DIFFRACTION97
3.0983-3.1820.3021850.21852590X-RAY DIFFRACTION97
3.182-3.27560.30931090.22032567X-RAY DIFFRACTION96
3.2756-3.38130.23681430.21242574X-RAY DIFFRACTION94
3.3813-3.50210.28271280.20232620X-RAY DIFFRACTION98
3.5021-3.64230.26371350.18572641X-RAY DIFFRACTION97
3.6423-3.80790.22271540.18722566X-RAY DIFFRACTION96
3.8079-4.00860.19981270.17092622X-RAY DIFFRACTION96
4.0086-4.25950.20031110.15652634X-RAY DIFFRACTION95
4.2595-4.5880.17721400.14882578X-RAY DIFFRACTION95
4.588-5.04910.18841340.15232642X-RAY DIFFRACTION96
5.0491-5.77830.18931440.16882569X-RAY DIFFRACTION95
5.7783-7.27430.25631300.19492597X-RAY DIFFRACTION93
7.2743-43.16940.20191440.16422659X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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