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- PDB-5fvb: CRYSTAL STRUCTURE OF PHORMIDIUM C-PHYCOERYTHRIN AT PH 5.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fvb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PHORMIDIUM C-PHYCOERYTHRIN AT PH 5.0
要素
  • C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
  • C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHORMIDIUM / C-PHYCOERYTHRIN / PEB CHROMOPHORE
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOERYTHROBILIN / Phycoerythrin Alpha subunit / Phycoerythrin Beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種PHORMIDIUM RUBIDUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Kumar, V. / Sonani, R.R. / Sharma, M. / Gupta, G.D. / Madamwar, D.
引用
ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure Analysis of C-Phycoerythrin from Marine Cyanobacterium Phormidium Sp. A09Dm.
著者: Kumar, V. / Sonani, R.R. / Sharma, M. / Gupta, G.D. / Madamwar, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Phormidium Phycoerythrin Forms Hexamers in Crystals: A Crystallographic Study.
著者: Sonani, R.R. / Sharma, M. / Gupta, G.D. / Kumar, V. / Madamwar, D.
履歴
登録2016年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type
改定 2.02018年4月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
C: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
D: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
E: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
F: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
G: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
H: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
I: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
J: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
K: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
L: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
M: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
N: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
O: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
P: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
Q: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
R: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
S: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
T: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
U: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
V: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
W: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
X: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)480,70795
ポリマ－444,37224
非ポリマー36,33571
水92,2735122
1
G: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
H: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
I: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
J: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
K: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
L: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
S: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
T: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
U: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
V: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
W: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
X: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,39948
ポリマ－222,18612
非ポリマー18,21336
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area74780 Å2
ΔGint-563.5 kcal/mol
Surface area69720 Å2
手法PISA
2
A: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
C: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
D: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
E: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
F: C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
M: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
N: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
O: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
P: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
Q: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
R: C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,30747
ポリマ－222,18612
非ポリマー18,12135
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area74300 Å2
ΔGint-565 kcal/mol
Surface area69940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.165, 109.148, 117.680
Angle α, β, γ (deg.)78.71, 82.30, 61.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
C-PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT


分子量: 17660.830 Da / 分子数: 12 / 断片: FRAGMENT ALPHA-CHAIN RESIDUES 1-164 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE BACTERIUM WAS ISOLATED FROM OPEN ROCKY SHORES OF OKHA, GUJARAT, INDIA (22.3597N, 69.5375E)
由来: (天然) PHORMIDIUM RUBIDUM (バクテリア) / 株: A09DM / 参照: UniProt: A0A0E3W010
#2: タンパク質
C-PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT


分子量: 19370.189 Da / 分子数: 12 / 断片: FRAGMENT BETA-CHAIN RESIDUES 1-184 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE BACTERIUM WAS ISOLATED FROM OPEN ROCKY SHORES OF OKHA, GUJARAT, INDIA (22.3597N, 69.5375E)
由来: (天然) PHORMIDIUM RUBIDUM (バクテリア) / 株: A09DM / 参照: UniProt: A0A0E4G455
#3: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細C-TERMINAL FOUR AMINO ACIDS OF THE ALPHA SUBUNIT COULD NOT BE DEDUCED FROM NUCLEOTIDE SEQUENCE ...C-TERMINAL FOUR AMINO ACIDS OF THE ALPHA SUBUNIT COULD NOT BE DEDUCED FROM NUCLEOTIDE SEQUENCE BEING PRIMER BINDING REGION, AND WERE DETERMINED FROM THE CRYSTAL STRUCTURE N-TERMINAL SEVEN AMINO ACIDS OF THE BETA SUBUNIT COULD NOT BE DEDUCED FROM NUCLEOTIDE SEQUENCE BEING PRIMER BINDING REGION, AND WERE DETERMINED FROM THE CRYSTAL STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 0.1M CITRATE (PH 5.0), 5% PEG-6000 AND 25% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月14日
放射モノクロメーター: SI (111) AND SI (220) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→38.89 Å / Num. obs: 338355 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AQD

5aqd


解像度: 1.93→38.891 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 17296 5.1 %
Rwork0.1832 --
obs0.186 338111 96.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.4 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→38.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31032 0 2646 5122 38800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00734303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.12746615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.05512418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056036
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9304-1.95230.32164450.25448733X-RAY DIFFRACTION78
1.9523-1.97530.34535560.252410674X-RAY DIFFRACTION96
1.9753-1.99940.31345760.226310719X-RAY DIFFRACTION96
1.9994-2.02470.28095590.219310743X-RAY DIFFRACTION96
2.0247-2.05130.28885750.219110692X-RAY DIFFRACTION97
2.0513-2.07940.29556010.219210738X-RAY DIFFRACTION97
2.0794-2.10910.29435960.209510739X-RAY DIFFRACTION96
2.1091-2.14060.26735860.204810860X-RAY DIFFRACTION97
2.1406-2.17410.26966010.203410569X-RAY DIFFRACTION97
2.1741-2.20970.27255740.206710739X-RAY DIFFRACTION97
2.2097-2.24780.26965250.199210793X-RAY DIFFRACTION97
2.2478-2.28870.26695690.20310791X-RAY DIFFRACTION97
2.2887-2.33270.28975760.211110740X-RAY DIFFRACTION97
2.3327-2.38030.28376080.207210790X-RAY DIFFRACTION97
2.3803-2.43210.2446330.190110751X-RAY DIFFRACTION97
2.4321-2.48860.26786390.198910702X-RAY DIFFRACTION97
2.4886-2.55080.27116230.198510664X-RAY DIFFRACTION97
2.5508-2.61980.25715800.190210810X-RAY DIFFRACTION97
2.6198-2.69690.2675180.189110775X-RAY DIFFRACTION97
2.6969-2.78390.2645750.188710870X-RAY DIFFRACTION97
2.7839-2.88340.23845570.182110802X-RAY DIFFRACTION97
2.8834-2.99880.25415670.185510748X-RAY DIFFRACTION97
2.9988-3.13520.2455720.184910767X-RAY DIFFRACTION97
3.1352-3.30040.21026060.174310734X-RAY DIFFRACTION97
3.3004-3.50710.21785960.17210752X-RAY DIFFRACTION97
3.5071-3.77760.21235310.165710831X-RAY DIFFRACTION97
3.7776-4.15740.20155900.158710839X-RAY DIFFRACTION98
4.1574-4.75810.18135760.14310915X-RAY DIFFRACTION98
4.7581-5.99110.18396000.151410975X-RAY DIFFRACTION99
5.9911-38.89920.16135860.150510560X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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