PDB-5fva: Toscana Virus Nucleocapsid Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fva

タイトル

Toscana Virus Nucleocapsid Protein

要素

NUCLEOPROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / TOSCANA VIRUS / NUCLEOCAPSIDE / NUCLEOPROTEIN / PHLEBOVIRUS / RNA VIRUS / BUNYAVIRIDAE

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

TOSCANA VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Baklouti, A. / Sevajol, M. / Goulet, A. / Lichiere, J. / Ferron, F. / Canard, B. / Charrel, R.N. / Coutard, B. / Papageorgiou, N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Toscana virus nucleoprotein oligomer organization observed in solution.
著者: Baklouti, A. / Goulet, A. / Lichiere, J. / Canard, B. / Charrel, R.N. / Ferron, F. / Coutard, B. / Papageorgiou, N.

履歴

登録	2016年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fva.cif.gz	256.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fva.ent.gz	201.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fva_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fva_full_validation.pdf.gz	512.3 KB	表示
XML形式データ	5fva_validation.xml.gz	52.3 KB	表示
CIF形式データ	5fva_validation.cif.gz	71 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4csgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j4x-d 4csg-2 4csg-1 3ouo-1 4j4r-1 4h5l-d 3ov9-2 3ov9-1 3ouo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

C: NUCLEOPROTEIN

D: NUCLEOPROTEIN

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_255	-x+y-3,-x,z	1
crystal symmetry operation	6_675	x-y+1,x+2,z	1
crystal symmetry operation	4_375	-x-2,-y+2,z	1
crystal symmetry operation	2_585	-y,x-y+3,z	1
crystal symmetry operation	5_345	y-2,-x+y-1,z	1

2

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_255	-x+y-3,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_375	-x-2,-y+2,z	1
crystal symmetry operation	6_675	x-y+1,x+2,z	1
crystal symmetry operation	2_585	-y,x-y+3,z	1
crystal symmetry operation	5_345	y-2,-x+y-1,z	1

4

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.615, 174.615, 89.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N / TOSCANA VIRUS NUCLEOCPSIDE PROTEIN 分子量: 27665.967 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TOSCANA VIRUS (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P21701
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.965
検出器	タイプ: EIGER 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.46
反射	解像度: 3.7→48.22 Å / Num. obs: 18291 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 10.48
反射シェル	解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 1.23 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)	精密化
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB MODEL 4CSG

4csg

解像度: 3.7→48.222 Å / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	3277	10.03 %
R_work	0.2281	-	-
obs	0.2341	32686	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 0 Å² / k_sol: 0 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→48.222 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9617	0	5	3	9625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9771
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.477	13449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.075	3027
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1691
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1771

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.7001-3.7638	0.3501	164	0.2723	1450	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7638-3.8322	0.3115	159	0.2813	1433	X-RAY DIFFRACTION	90
3.8322-3.9059	0.3588	162	0.2667	1513	X-RAY DIFFRACTION	90
3.9059-3.9856	0.3088	160	0.275	1474	X-RAY DIFFRACTION	90
3.9856-4.0722	0.3247	160	0.2593	1438	X-RAY DIFFRACTION	90
4.0722-4.1668	0.3039	170	0.2575	1496	X-RAY DIFFRACTION	90
4.1668-4.2709	0.3347	172	0.2587	1501	X-RAY DIFFRACTION	90
4.2709-4.3863	0.3006	162	0.2506	1438	X-RAY DIFFRACTION	90
4.3863-4.5152	0.2989	160	0.2325	1459	X-RAY DIFFRACTION	90
4.5152-4.6608	0.3062	166	0.229	1456	X-RAY DIFFRACTION	90
4.6608-4.8272	0.3046	170	0.2484	1477	X-RAY DIFFRACTION	90
4.8272-5.0202	0.32	160	0.2476	1498	X-RAY DIFFRACTION	90
5.0202-5.2483	0.3849	158	0.2566	1461	X-RAY DIFFRACTION	90
5.2483-5.5244	0.303	164	0.2343	1468	X-RAY DIFFRACTION	90
5.5244-5.8698	0.267	167	0.2336	1454	X-RAY DIFFRACTION	90
5.8698-6.3217	0.2369	162	0.2423	1483	X-RAY DIFFRACTION	90
6.3217-6.9555	0.2216	174	0.2235	1467	X-RAY DIFFRACTION	89
6.9555-7.9564	0.2876	164	0.2155	1480	X-RAY DIFFRACTION	90
7.9564-10.0035	0.1742	158	0.1853	1474	X-RAY DIFFRACTION	90
10.0035-43.0562	0.2206	165	0.198	1479	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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