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- PDB-3ouo: Structure of the Nucleoprotein from Rift Valley Fever Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ouo
タイトルStructure of the Nucleoprotein from Rift Valley Fever Virus
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Orthogonal Bundle / Viral genomic RNA encapsidation / RNA Viral Nucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid, Phlebovirus/Tenuivirus / Nucleocapsid, Phlebovirus / Tenuivirus/Phlebovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRITE ION / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ferron, F. / Danek, E.I. / Li, Z. / Luo, D. / Wong, Y.H. / Coutard, B. / Lantez, V. / Charrel, R. / Canard, B. / Walz, T. / Lescar, J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: The hexamer structure of Rift Valley fever virus nucleoprotein suggests a mechanism for its assembly into ribonucleoprotein complexes
著者: Ferron, F. / Li, Z. / Danek, E.I. / Luo, D. / Wong, Y. / Coutard, B. / Lantez, V. / Charrel, R. / Canard, B. / Walz, T. / Lescar, J.
履歴
登録2010年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2296
ポリマ－84,0913
非ポリマー1383
水6,251347
1
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,45812
ポリマ－168,1826
非ポリマー2766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area20120 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area64220 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoprotein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,45812
ポリマ－168,1826
非ポリマー2766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area20080 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area63130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.500, 175.500, 47.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A2 - 245
2114B2 - 245
3114C2 - 245

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 28030.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
株: ZH-548 M12 / 遺伝子: N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21700
#2: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200mM MgNO3, 17% (w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月13日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.44 Å / Num. all: 37702 / Num. obs: 37672 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 98.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 14.146 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24296 1881 5 %RANDOM
Rwork0.19708 ---
obs0.19941 35717 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å2-0 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5722 0 9 347 6078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0131.9597991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5995744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26423.221267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.607151048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8681553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4111.53679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82325873
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30232233
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2784.52111
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1829 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.980.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.880.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.860.5
1AMEDIUM THERMAL0.472
2BMEDIUM THERMAL0.412
3CMEDIUM THERMAL0.412
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 137 -
Rwork0.212 2616 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36070.12250.01860.17490.09230.1019-0.04190.0282-0.0078-0.04210.03060.0177-0.0413-0.00980.01130.0362-0.0029-0.00360.02160.00740.021516.63668.90644.408
21.0421-0.6085-0.10920.42930.10510.03530.0039-0.01990.02850.02150.0026-0.01320.0108-0.006-0.00650.02920.01880.00770.05030.01570.0257-18.5371.08944.39
31.0496-0.13110.0860.03730.0390.1343-0.0034-0.0364-0.01170.01640.01180.00220.04690.0074-0.00840.03510.01260.00950.02620.02680.03126.35633.96560.109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1A25 - 109
3X-RAY DIFFRACTION1A110 - 245
4X-RAY DIFFRACTION2B3 - 24
5X-RAY DIFFRACTION2B25 - 109
6X-RAY DIFFRACTION2B110 - 245
7X-RAY DIFFRACTION3C3 - 24
8X-RAY DIFFRACTION3C25 - 109
9X-RAY DIFFRACTION3C110 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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