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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ouo | ||||||
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Title | Structure of the Nucleoprotein from Rift Valley Fever Virus | ||||||
![]() | Nucleoprotein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Orthogonal Bundle / Viral genomic RNA encapsidation / RNA Viral Nucleoprotein | ||||||
Function / homology | ![]() helical viral capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferron, F. / Danek, E.I. / Li, Z. / Luo, D. / Wong, Y.H. / Coutard, B. / Lantez, V. / Charrel, R. / Canard, B. / Walz, T. / Lescar, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: The hexamer structure of Rift Valley fever virus nucleoprotein suggests a mechanism for its assembly into ribonucleoprotein complexes Authors: Ferron, F. / Li, Z. / Danek, E.I. / Luo, D. / Wong, Y. / Coutard, B. / Lantez, V. / Charrel, R. / Canard, B. / Walz, T. / Lescar, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 285.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 246.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 446.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 452.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 28030.393 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 200mM MgNO3, 17% (w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 13, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→47.44 Å / Num. all: 37702 / Num. obs: 37672 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / % possible all: 98.41 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.577 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.65 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1829 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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