PDB-4csg: Structural insights into Toscana virus RNA encapsidation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4csg

タイトル

Structural insights into Toscana virus RNA encapsidation

要素

(NUCLEOPROTEIN) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / INFECTIOUS

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

TOSCANA VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.32 Å

データ登録者

Olal, D. / Daumke, O.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural Insights Into RNA Encapsidation and Helical Assembly of the Toscana Virus Nucleoprotein.
著者: Olal, D. / Dick, A. / Woods, V.L. / Liu, T. / Li, S. / Devignot, S. / Weber, F. / Saphire, E.O. / Daumke, O.

履歴

登録	2014年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4csg.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4csg.ent.gz	948 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4csg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/4csg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/4csg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4csfC 3ouoS 4csl PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j4x-d 4j4r-1 5fva-1 4h5l-d 4csf-3 4csf-2 4csf-4 3ouo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

C: NUCLEOPROTEIN

D: NUCLEOPROTEIN

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

G: NUCLEOPROTEIN

H: NUCLEOPROTEIN

I: NUCLEOPROTEIN

J: NUCLEOPROTEIN

K: NUCLEOPROTEIN

L: NUCLEOPROTEIN

333 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

C: NUCLEOPROTEIN

D: NUCLEOPROTEIN

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: NUCLEOPROTEIN

H: NUCLEOPROTEIN

I: NUCLEOPROTEIN

J: NUCLEOPROTEIN

K: NUCLEOPROTEIN

L: NUCLEOPROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.484, 104.484, 510.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N / RIBONUCLEOPROTEIN 分子量: 27740.109 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TOSCANA VIRUS (ウイルス) / 解説: SYNTHETIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P21701
#2: タンパク質	NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N / RIBONUCLEOPROTEIN 分子量: 27754.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TOSCANA VIRUS (ウイルス) / 解説: SYNTHETIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P21701

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 / 詳細: 6.5% PEG 3350, 0.1 M SODIUM MALONATE, PH 4.5-5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.32→100 Å / Num. obs: 45886 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 66.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 3.32→3.41 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
PHASER	位相決定
MOLREP	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODEL BASED ON 3OUO

3ouo

解像度: 3.32→34.124 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2678	2295	5 %
R_work	0.2397	-	-
obs	0.241	45879	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.32→34.124 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22844	0	0	0	22844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	23230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.713	31352
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.45	8707
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	3587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3201-3.3922	0.3634	137	0.3425	2604	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3922-3.471	0.3445	144	0.3111	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
3.471-3.5577	0.3341	143	0.289	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5577-3.6538	0.3304	144	0.2895	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6538-3.7612	0.3025	145	0.2861	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7612-3.8824	0.309	145	0.2773	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8824-4.021	0.3053	144	0.2515	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.021-4.1817	0.2509	145	0.2405	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1817-4.3717	0.2581	143	0.223	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3717-4.6016	0.2591	144	0.2218	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6016-4.8892	0.2599	143	0.225	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8892-5.2654	0.2569	144	0.2383	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2654-5.793	0.283	146	0.2434	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
5.793-6.6259	0.2384	142	0.2327	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6259-8.3278	0.2068	142	0.198	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
8.3278-34.1258	0.203	144	0.1765	2714	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.013	0.0197	0.0135	-0.0224	0.0745	0.0029	-0.1287	-0.0275	-0.1544	0.1123	-0.0194	0.2883	0.2988	0.0196	-0	0.4546	0.0292	0.0265	0.4563	0.0283	0.9579	26.4365	23.6023	-19.5642
2	0.0455	0.0898	-0.075	0.1388	0.0686	0.0617	-0.1488	-0.1006	-0.4348	0.1597	0.1295	0.1042	-0.4379	-0.1252	-0	0.2825	-0.3339	-0.5891	-2.2903	-3.0742	-3.3287	65.0947	24.6924	-17.9613
3	0.1673	-0.0614	-0.1021	0.0586	-0.0381	0.1069	0.1567	0.008	-0.0359	0.1924	-0.0299	0.0498	-0.0895	-0.3539	0	0.354	0.0233	-0.0053	0.2609	0.0631	0.2312	52.8999	22.2677	-2.61
4	-0.0073	-0.0605	-0.0779	0.0519	0.0215	0.0942	-0.1662	0.0873	-0.2779	-0.1049	-0.1261	-0.1036	0.0421	0.0613	-0	0.3584	-0.049	-0.0075	0.2523	-0.1182	0.2883	69.4718	19.5068	-16.321
5	0.246	0.0483	0.003	0.1639	-0.0273	0.0681	-0.2786	-0.0081	0.0914	-0.0215	0.0924	-0.2395	-0.0468	-0.1583	0	0.326	0.0279	-0.0926	0.2634	-0.0451	0.2867	88.8851	53.9759	-13.5515
6	0.117	0.0787	-0.0938	0.0328	-0.0741	0.0855	-0.2896	-0.4027	-0.0708	-0.1053	0.0676	-0.0374	0.0397	-0.2067	-0	0.36	0.1248	-0.1532	0.3453	-0.0177	0.3037	82.6453	42.5225	1.3599
7	0.0374	0.0279	-0.0524	0.0055	-0.0232	0.013	0.0083	0.1188	-0.0693	0.0108	-0.0616	-0.0719	-0.2745	0.4115	-0	0.4047	-0.0037	-0.0926	0.3628	-0.0455	0.5008	95.5773	55.3483	-11.0228
8	0.1919	0.273	0.2863	0.067	0.0279	0.1332	0.0809	-0.2443	0.0946	-0.3629	0.1244	-0.2604	0.1649	-0.2621	0	0.235	-0.0325	0.0058	0.3417	0.1173	0.3023	75.0098	87.635	-8.8576
9	0.0295	0.0087	0.0382	0.1487	-0.0501	0.046	0.3079	-0.3161	-0.1617	-0.417	0.2704	-0.2121	0.1741	-0.2941	-0	-0.1472	-0.2327	-0.7032	0.56	0.2048	-0.0422	77.1158	75.9339	4.9185
10	0.0076	-0.0002	0.0251	0.0516	-0.1099	0.0279	0.0302	0.016	0.0708	-0.1324	-0.055	-0.0102	-0.5403	-0.002	0	0.3352	-0.0066	0.0373	0.4135	-0.0701	0.5335	75.1238	95.158	-6.861
11	0.1906	-0.1993	0.0474	0.267	0.0014	0.0434	0.0977	-0.1067	0.0036	-0.0189	-0.1579	-0.0277	0.237	0.1062	0	0.3533	0.0551	0.0431	0.2591	0.0281	0.1952	36.9836	94.6654	-11.756
12	0.036	-0.0588	0.0384	-0.0012	-0.0526	-0.0607	-0.6226	-0.0803	-0.4209	0.4312	-0.4978	-0.3626	-0.2066	0.1782	0	-1.4556	0.2259	-2.3004	0.4803	0.3662	-1.1459	48.7947	93.5296	4.1998
13	0.0901	-0.1599	0.1077	0.0874	-0.0514	0.0122	0.0752	0.0222	-0.1322	-0.0235	-0.2181	0.0081	-0.1743	-0.0665	-0	-0.1537	-0.4054	0.0776	-0.1172	-0.1	0.6045	32.718	99.755	-9.2161
14	0.1312	0.0069	-0.0495	0.0898	0.061	0.0531	-0.3829	-0.6672	-0.1739	-0.2717	-0.2529	0.4626	0.1598	0.0971	0	0.611	0.0383	-0.2903	-0.4139	-0.1384	1.8028	13.9529	65.0283	-11.2448
15	0.0133	0.0078	0.0189	0.0059	-0.0342	0.0223	-0.0794	0.0201	0.1453	0.1471	-0.1312	-0.1481	-0.1353	0.2584	-0	0.8058	-0.0173	0.0106	0.6057	-0.0462	0.9133	26.0182	71.667	1.0485
16	0.0036	-0.0119	0.0172	-0.0202	-0.0084	0.0005	-0.1439	-0.1419	0.0602	0.0201	-0.2614	0.1442	0.0626	0.0127	-0	1.0716	-0.0378	-0.0844	0.8548	-0.0011	0.9677	18.6445	73.1383	11.5066
17	0.0766	0.0424	-0.0049	0.0435	-0.0184	-0.0226	0.2035	0.163	0.2168	-0.0153	0.2465	0.3578	0.3752	-0.2095	0	0.8125	0.2335	-0.0872	0.8514	-0.0132	0.9969	11.96	52.9176	-15.7588
18	0.0362	0.0406	-0.003	0.0414	0.0065	0.066	-0.1262	0.2747	0.3268	-0.1774	-0.1607	-0.0186	-0.1757	0.1704	0	0.4589	0.0235	-0.0765	0.4427	0.0109	0.4878	29.2584	31.4194	-22.2719
19	0.0089	-0.0408	0.0065	-0.0017	0.0875	0.0837	-0.0116	-0.7217	0.2212	0.4384	0.036	0.3082	-0.019	-0.0228	-0	0.871	0.0004	0.0565	0.8972	-0.039	0.762	22.6694	34.1941	-1.8948
20	0.0275	0.06	0.0491	0.0189	0.1196	0.0875	0.204	-0.0215	-0.017	0.4269	-0.0177	0.1995	0.6097	-0.1016	0	0.3895	0.0221	0.0828	0.3807	-0.0321	0.529	18.7006	39.1279	-57.2118
21	0.1318	0.0597	0.0409	0.1022	0.0557	0.1019	-0.2742	-0.764	-1.0943	0.1102	0.365	0.3407	-0.1313	-0.1619	0	0.2717	-0.1584	-0.3621	-0.6099	-1.3219	-1.1179	54.8591	28.1211	-60.3921
22	0.0792	-0.0703	-0.0899	0.0876	0.0545	0.0201	-0.0311	-0.3634	0.1852	-0.0771	0.0275	0.2876	-0.0901	-0.0834	-0	0.346	-0.0575	-0.0024	0.376	-0.1019	0.3968	45.1264	31.6417	-45.2791
23	0.0151	-0.0094	-0.0454	0.0069	-0.0051	0.0725	-0.0338	-0.0158	-0.0529	-0.0839	-0.0007	-0.0642	0.3112	-0.0162	0	0.3598	0.0063	-0.0651	0.3238	-0.0404	0.3571	56.8653	21.4756	-60.5022
24	0.182	0.137	0.0307	0.1045	-0.12	0.0792	0.1928	-0.3905	0.317	-0.2927	-0.2485	-0.3675	-0.0133	-0.177	-0	0.3305	-0.0277	0.0827	0.5494	-0.106	0.4679	88.3689	47.4365	-56.2049
25	0.1215	0.0456	-0.0458	0.0359	0.0089	0.052	-0.0905	-0.8488	0.1144	0.135	-0.4704	0.1367	-0.0132	-0.1528	-0	0.3258	0.0433	0.1405	0.7057	-0.0837	-0.0657	75.7519	40.3793	-42.6614
26	0.0333	0.0005	-0.0319	0.0033	0.0366	0.039	-0.0447	-0.105	-0.1135	-0.0324	-0.009	-0.1055	-0.1057	0.2375	0	0.4202	0.0041	-0.0488	0.6428	0.1009	0.832	94.0944	46.9008	-52.4064
27	0.3828	0.0474	-0.2637	0.2483	0.0354	0.157	0.0271	-0.0007	0.0952	0.0158	0.0122	0.0133	0.2125	0.1023	0	0.4034	0.1069	0.0858	0.4853	0.0651	0.4321	86.9041	79.8516	-48.5387
28	0.0193	0.0177	0.0281	-0.0232	-0.0573	0.2545	-0.0595	0.3252	0.0339	-0.2882	0.1982	-0.1963	-0.3257	0.1605	-0	0.4624	0.0348	0.1196	0.495	-0.0331	0.6444	78.3671	98.0618	-56.5699
29	0.0969	0.0251	0.0431	0.1446	0.0217	0.0633	-0.0795	0.0864	0.0617	0.0133	-0.2173	-0.2199	0.2473	-0.1998	-0	0.3376	0.0739	-0.0109	0.352	0.0493	0.2689	50.0408	100.439	-51.4754
30	0.1058	-0.1567	0.0424	0.0755	-0.0782	0.1074	-0.0624	-0.1065	-0.1463	0.121	0.0667	-0.2017	0.1462	0.0986	0	0.4101	0.0107	-0.0719	0.2821	0.037	0.3395	62.0718	93.7356	-38.5078
31	0.0257	-0.053	-0.0112	0.0415	0.0233	0.0386	-0.1676	0.1245	-0.0039	0.1743	-0.0832	0.0872	-0.4042	-0.0035	-0	0.486	0.0207	0.0409	0.3776	-0.0535	0.5954	48.8293	107.5874	-49.0334
32	0.0633	-0.0035	0.0209	0.1226	0.0118	0.0031	0.0319	0.3006	0.1625	-0.1833	-0.231	0.3663	0.016	0.1667	-0	0.3213	0.2039	-0.2014	0.2046	-0.07	0.4799	19.7996	83.3325	-61.2151
33	0.0365	0.0177	-0.0011	0.0131	-0.0219	0.0183	0.2125	-0.3869	0.0611	0.5517	0.1518	-0.2101	-0.0459	0.074	-0	0.9953	0.0833	-0.12	0.3559	-0.222	0.4379	28.3054	80.9471	-40.9482
34	0.0135	0.0004	0.0411	0.0174	0.0177	0.0293	-0.0121	-0.1726	0.36	0.2426	-0.34	-0.1649	0.0139	-0.0062	-0	1.0066	-0.1215	0.1465	0.4026	-0.2896	0.5785	24.2103	91.8806	-37.809
35	0.0642	-0.0263	0.0404	0.0017	-0.0011	0.0389	-0.0342	0.2718	0.0594	0.0361	-0.2297	0.055	-0.0247	-0.0588	0	0.4519	0.1773	0.2372	0.2144	-0.1987	1.0614	13.1877	82.5377	-55.22
36	0.03	0.0167	0.0103	0.1077	0.0257	0.0769	-0.0383	0.4144	0.0906	0.3733	-0.0382	0.1322	-0.188	0.0368	-0	0.2901	0.0689	-0.0064	0.3785	-0.0793	0.2711	20.6292	44.94	-63.5403
37	0.0071	0.0937	0.0215	0.0731	0.1792	0.0998	0.0322	0.1799	0.5173	1.1454	-0.2049	0.1157	0.5443	0.1695	-0	0.8182	0.175	0.1899	-0.3701	-1.196	-0.9616	23.3744	53.4961	-42.8885

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 5 THROUGH 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 37 THROUGH 147 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 148 THROUGH 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 4 THROUGH 36 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 37 THROUGH 147 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 148 THROUGH 251 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND (RESID 4 THROUGH 36 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 37 THROUGH 163 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESID 164 THROUGH 250 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND (RESID 4 THROUGH 36 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND (RESID 37 THROUGH 147 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESID 148 THROUGH 252 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN E AND (RESID 4 THROUGH 36 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN E AND (RESID 37 THROUGH 147 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN E AND (RESID 148 THROUGH 216 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN E AND (RESID 217 THROUGH 251 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN F AND (RESID 4 THROUGH 54 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN F AND (RESID 55 THROUGH 125 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN F AND (RESID 126 THROUGH 250 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN G AND (RESID 4 THROUGH 36 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN G AND (RESID 37 THROUGH 163 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN G AND (RESID 164 THROUGH 251 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN H AND (RESID 1 THROUGH 36 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN H AND (RESID 37 THROUGH 147 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN H AND (RESID 148 THROUGH 251 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN I AND (RESID 4 THROUGH 36 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN I AND (RESID 37 THROUGH 250 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN J AND (RESID 4 THROUGH 54 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN J AND (RESID 55 THROUGH 147 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN J AND (RESID 148 THROUGH 251 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN K AND (RESID 4 THROUGH 36 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN K AND (RESID 37 THROUGH 125 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN K AND (RESID 126 THROUGH 204 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN K AND (RESID 205 THROUGH 252 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN L AND (RESID 4 THROUGH 36 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN L AND (RESID 37 THROUGH 125 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN L AND (RESID 126 THROUGH 250 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)