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- PDB-5fum: Mus musculus acetylcholinesterase in complex with AL200 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fum
タイトルMus musculus acetylcholinesterase in complex with AL200
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / ACETYLCHOLINESTERASE / VECTOR CONTROL / INSECTICIDE / SELECTIVE / MALARIA / DENGUE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / synaptic cleft / side of membrane / laminin binding / collagen binding / synapse assembly / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / nuclear envelope / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / synapse / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family ...Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SOF / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Knutsson, S. / Engdahl, C. / Ekstrom, F. / Linusson, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Selective Inhibitors Targeting Acetylcholinesterase 1 from Disease-Transmitting Mosquitoes.
著者: Engdahl, C. / Knutsson, S. / Ekstrom, F.J. / Linusson, A.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 2.02018年1月17日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
B: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,23810
ポリマ－120,4682
非ポリマー1,7708
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-11.5 kcal/mol
Surface area37760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.660, 110.757, 227.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ACETYLCHOLINESTERASE


分子量: 60233.984 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 32-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase
#2: 化合物 ChemComp-SOF / 2-(biphenyl-4-yloxy)-1-[4-(4-ethylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]ethanone


分子量: 407.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H33N3O2
#3: 化合物
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.034
検出器検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.034 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.08 Å / Num. obs: 69320 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 14.69
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 1.584 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 99.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→29.076 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: PH 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 1387 2 %
Rwork0.1958 --
obs0.1965 69061 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8327 0 123 129 8579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89211899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2263204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041558
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58930.39171450.31116602X-RAY DIFFRACTION99
2.5893-2.69290.31511500.2816642X-RAY DIFFRACTION99
2.6929-2.81540.34331320.26756676X-RAY DIFFRACTION99
2.8154-2.96370.32211390.2686672X-RAY DIFFRACTION99
2.9637-3.14920.29931520.24856712X-RAY DIFFRACTION99
3.1492-3.3920.25011150.23266770X-RAY DIFFRACTION100
3.392-3.73270.23361490.19356779X-RAY DIFFRACTION100
3.7327-4.27140.17751320.16816823X-RAY DIFFRACTION100
4.2714-5.37590.17091320.15066878X-RAY DIFFRACTION100
5.3759-29.07830.18111410.16537120X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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