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- PDB-5ft1: Crystal structure of gp37(Dip) from bacteriophage phiKZ bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ft1
タイトルCrystal structure of gp37(Dip) from bacteriophage phiKZ bound to RNase E of Pseudomonas aeruginosa
要素
  • GP37
  • RIBONUCLEASE E
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / DIP / PHIKZ / BACTERIOPHAGE / RNASE E / RIBONUCLEASE INHIBITOR / RNA DEGRADOSOME / PSEUDOMONAS AERUGINOSA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease E / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding ...ribonuclease E / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gp37/Dip protein / gp37/Dip protein / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain ...Gp37/Dip protein / gp37/Dip protein / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHIKZ037 / Ribonuclease E
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PHAGE PHIKZ (ファージ)
PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Van den Bossche, A. / Hardwick, S.W. / Ceyssens, P.J. / Hendrix, H. / Voet, M. / Dendooven, T. / Bandyra, K.J. / De Maeyer, M. / Aertsen, A. / Noben, J.P. ...Van den Bossche, A. / Hardwick, S.W. / Ceyssens, P.J. / Hendrix, H. / Voet, M. / Dendooven, T. / Bandyra, K.J. / De Maeyer, M. / Aertsen, A. / Noben, J.P. / Luisi, B.F. / Lavigne, R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural elucidation of a novel mechanism for the bacteriophage-based inhibition of the RNA degradosome.
著者: Van den Bossche, A. / Hardwick, S.W. / Ceyssens, P.J. / Hendrix, H. / Voet, M. / Dendooven, T. / Bandyra, K.J. / De Maeyer, M. / Aertsen, A. / Noben, J.P. / Luisi, B.F. / Lavigne, R.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP37
B: GP37
C: RIBONUCLEASE E
D: RIBONUCLEASE E
E: GP37
F: RIBONUCLEASE E
G: GP37
H: RIBONUCLEASE E
I: GP37
J: RIBONUCLEASE E
K: GP37
L: RIBONUCLEASE E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,17212
ポリマ－208,17212
非ポリマー00
水181
1
A: GP37
C: RIBONUCLEASE E
E: GP37
F: RIBONUCLEASE E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3914
ポリマ－69,3914
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-26.4 kcal/mol
Surface area32390 Å2
手法PQS
2
B: GP37
D: RIBONUCLEASE E
G: GP37
H: RIBONUCLEASE E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3914
ポリマ－69,3914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-27.2 kcal/mol
Surface area32050 Å2
手法PQS
3
I: GP37
J: RIBONUCLEASE E
K: GP37
L: RIBONUCLEASE E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3914
ポリマ－69,3914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-23.2 kcal/mol
Surface area32230 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.610, 84.650, 84.600
Angle α, β, γ (deg.)107.86, 107.88, 107.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GP37 / PHIKZ037


分子量: 31991.303 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHIKZ (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q8SDC5
#2: タンパク質・ペプチド
RIBONUCLEASE E / RNASE E


分子量: 2704.057 Da / 分子数: 6 / Fragment: RESIDUES 756-775 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HZM8, ribonuclease E
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
解説: DATA PROCESSED IN LOW SYMMETRY P1 SPACE GROUP AS REFINEMENT STATISTICS AND ELECTRON DENSITY FOR BOUND PEPTIDE WERE MARGINALLY BETTER THAN IN RECOMMENDED H32 SPACE GROUP
結晶化詳細: 100 MM KH2PO4, 100 MM NAH2PO4, 100 MM MES PH 6.0, 300 MM NACL, 0.2 M SODIUM THIOCYANATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -L,-K,-H / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.75→72.2 Å / Num. obs: 39553 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.84 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FT0

5ft0


解像度: 2.75→72.188 Å / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.82 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 2305 5.8 %
Rwork0.2629 --
obs0.266 39553 79.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→72.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11560 0 0 1 11561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70916094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.56929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7508-2.81460.3668800.38141384X-RAY DIFFRACTION42
2.8146-2.88490.34331000.35681612X-RAY DIFFRACTION49
2.8849-2.96270.3921490.36981724X-RAY DIFFRACTION53
2.9627-3.04970.32841450.36561919X-RAY DIFFRACTION58
3.0497-3.14790.32441050.36892260X-RAY DIFFRACTION66
3.1479-3.26010.48711000.33382375X-RAY DIFFRACTION73
3.2601-3.39020.2731040.34562604X-RAY DIFFRACTION80
3.3902-3.5440.38421750.33862782X-RAY DIFFRACTION84
3.544-3.730.37682040.29792912X-RAY DIFFRACTION89
3.73-3.96260.27651120.28062983X-RAY DIFFRACTION91
3.9626-4.26670.29971560.26152931X-RAY DIFFRACTION89
4.2667-4.69260.27241810.2213007X-RAY DIFFRACTION90
4.6926-5.36390.20721860.23032912X-RAY DIFFRACTION90
5.3639-6.72860.4781580.27623059X-RAY DIFFRACTION93
6.7286-22.71250.2581950.20982929X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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