[日本語] English
万見
- PDB-5ft0: Crystal structure of gp37(Dip) from bacteriophage phiKZ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ft0
タイトルCrystal structure of gp37(Dip) from bacteriophage phiKZ
要素GP37
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / GP37 / DIP / PHIKZ / BACTERIOPHAGE / RNASE E / RIBONUCLEASE INHIBITOR / RNA DEGRADOSOME
機能・相同性Gp37/Dip protein / gp37/Dip protein / ARGININE / : / PHIKZ037
機能・相同性情報
生物種PSEUDOMONAS PHAGE PHIKZ (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Van den Bossche, A. / Hardwick, S.W. / Ceyssens, P.J. / Hendrix, H. / Voet, M. / Dendooven, T. / Bandyra, K.J. / De Maeyer, M. / Aertsen, A. / Noben, J.P. ...Van den Bossche, A. / Hardwick, S.W. / Ceyssens, P.J. / Hendrix, H. / Voet, M. / Dendooven, T. / Bandyra, K.J. / De Maeyer, M. / Aertsen, A. / Noben, J.P. / Luisi, B.F. / Lavigne, R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural elucidation of a novel mechanism for the bacteriophage-based inhibition of the RNA degradosome.
著者: Van den Bossche, A. / Hardwick, S.W. / Ceyssens, P.J. / Hendrix, H. / Voet, M. / Dendooven, T. / Bandyra, K.J. / De Maeyer, M. / Aertsen, A. / Noben, J.P. / Luisi, B.F. / Lavigne, R.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GP37
B: GP37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9746
ポリマ－64,5452
非ポリマー4294
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-19.9 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.040, 65.020, 85.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 GP37 / PHIKZ037


分子量: 32272.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHIKZ (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q8SDC5
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM KH2PO4, 100 MM NAH2PO4, 100 MM MES PH 6.0, 800 MM NACL, 0.2 M SODIUM THIOCYANATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97851
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97851 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→68.6 Å / Num. obs: 38346 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIXAUTOSOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→46.025 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.83 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: UNKNOWN LIGAND CAUTIOUSLY MODELLED AS ARGININE CHAIN C
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 1925 5 %
Rwork0.1939 --
obs0.1952 38321 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4010 0 21 250 4281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6555671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6832473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.32081480.27862588X-RAY DIFFRACTION100
2.255-2.3160.29511210.26152598X-RAY DIFFRACTION100
2.316-2.38410.28121200.25052583X-RAY DIFFRACTION100
2.3841-2.46110.27251400.24532566X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.5490.29421160.22912628X-RAY DIFFRACTION100
2.549-2.65110.24851500.22512568X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.77170.24951500.21832591X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.91780.24491460.21342573X-RAY DIFFRACTION100
2.9178-3.10060.22521410.19782600X-RAY DIFFRACTION100
3.1006-3.340.22731250.18872607X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.67590.17211630.17132565X-RAY DIFFRACTION100
3.6759-4.20750.18841520.16372603X-RAY DIFFRACTION99
4.2075-5.29980.16831350.15452617X-RAY DIFFRACTION100
5.2998-46.03530.23121180.19532709X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る