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- PDB-5fr3: X-ray crystal structure of aggregation-resistant protective antig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fr3
タイトルX-ray crystal structure of aggregation-resistant protective antigen of Bacillus anthracis (mutant S559L T576E)
要素PROTECTIVE ANTIGEN
キーワードTOXIN / ANTHRAX PROTECTIVE ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / negative regulation of MAPK cascade / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding ...positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / negative regulation of MAPK cascade / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Toxin - Anthrax Protective Antigen; domain 1 / Toxin - Anthrax Protective Antigen;domain 1 / Protective antigen, heptamerisation domain / Immunoglobulin-like - #810 / Ubiquitin-like (UB roll) - #110 / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain ...Toxin - Anthrax Protective Antigen; domain 1 / Toxin - Anthrax Protective Antigen;domain 1 / Protective antigen, heptamerisation domain / Immunoglobulin-like - #810 / Ubiquitin-like (UB roll) - #110 / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Jelly Rolls / Roll / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.935 Å
データ登録者Ganesan, A. / Siekierska, A. / Beerten, J. / Brams, M. / van Durme, J. / De Baets, G. / van der Kant, R. / Gallardo, R. / Ramakers, M. / Langenberg, T. ...Ganesan, A. / Siekierska, A. / Beerten, J. / Brams, M. / van Durme, J. / De Baets, G. / van der Kant, R. / Gallardo, R. / Ramakers, M. / Langenberg, T. / Wilkinson, H. / De Smet, F. / Ulens, C. / Rousseau, F. / Schymkowitz, J.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Structural Hot Spots for the Solubility of Globular Proteins
著者: Ganesan, A. / Siekierska, A. / Beerten, J. / Brams, M. / Van Durme, J. / De Baets, G. / Van Der Kant, R. / Gallardo, R. / Ramakers, M. / Langenberg, T. / Wilkinson, H. / De Smet, F. / Ulens, ...著者: Ganesan, A. / Siekierska, A. / Beerten, J. / Brams, M. / Van Durme, J. / De Baets, G. / Van Der Kant, R. / Gallardo, R. / Ramakers, M. / Langenberg, T. / Wilkinson, H. / De Smet, F. / Ulens, C. / Rousseau, F. / Schymkowitz, J.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年3月9日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTECTIVE ANTIGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5165
ポリマ－81,2511
非ポリマー2644
水12,016667
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.547, 94.714, 100.627
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTECTIVE ANTIGEN / PA / ANTHRAX TOXINS TRANSLOCATING PROTEIN / PA-83 / PA83 / ANTHRAX PROTECTIVE ANTIGEN


分子量: 81251.227 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P13423
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20 MM MGCL2, 100 MM HEPES PH 7.5, 22% POLY(ACRYLIC ACID SODIUM SALT) 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.92045
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→44.45 Å / Num. obs: 203741 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ACC

1acc


解像度: 1.935→44.433 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 2016 3.3 %
Rwork0.1781 --
obs0.1798 60664 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.935→44.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5444 0 14 667 6125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9537599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0252103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004992
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.935-1.98340.30591460.273905X-RAY DIFFRACTION95
1.9834-2.03710.31881440.24014139X-RAY DIFFRACTION100
2.0371-2.0970.26161270.21994192X-RAY DIFFRACTION100
2.097-2.16470.29291530.2124157X-RAY DIFFRACTION100
2.1647-2.24210.23611360.19854135X-RAY DIFFRACTION100
2.2421-2.33180.23881340.19074185X-RAY DIFFRACTION100
2.3318-2.43790.24241580.18884162X-RAY DIFFRACTION100
2.4379-2.56650.26251340.18494200X-RAY DIFFRACTION100
2.5665-2.72720.24161520.18754196X-RAY DIFFRACTION100
2.7272-2.93780.2541460.17914196X-RAY DIFFRACTION100
2.9378-3.23330.21731460.17654207X-RAY DIFFRACTION100
3.2333-3.7010.21691430.15764239X-RAY DIFFRACTION100
3.701-4.66210.17121450.1434290X-RAY DIFFRACTION100
4.6621-44.4450.21211520.17294445X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93291.32150.54453.08290.5184.51570.01540.4872-0.3944-0.09870.17360.01570.49070.0087-0.14010.31840.0933-0.04220.414-0.07190.2244-4.2084-42.166-23.8495
20.6680.0167-0.4460.6276-0.17793.66180.05160.01660.00290.0014-0.0212-0.00340.26830.0383-0.02410.1730.080.00120.13490.00580.1883-1.5792-29.226916.006
31.2634-0.4335-1.05950.94291.15122.4691-0.0407-0.03030.2447-0.0173-0.12950.1338-0.0451-0.0990.10840.16780.0441-0.02810.1428-0.04550.2948-8.1462-5.084827.2328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 14:177)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 178:521)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 522:735)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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