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- PDB-5fpv: Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fpv
タイトルCrystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
キーワードOXIDOREDUCTASE / JMJD2A / KDM4A
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of autophagy / response to nutrient levels / HDMs demethylate histones / fibrillar center / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MMK / : / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Gileadi, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of Human Kdm5B Guides Histone Demethylase Inhibitor Development.
著者: Johansson, C. / Velupillai, S. / Tumber, A. / Szykowska, A. / Hookway, E.S. / Nowak, R.P. / Strain-Damerell, C. / Gileadi, C. / Philpott, M. / Burgess-Brown, N. / Wu, N. / Kopec, J. / Nuzzi, ...著者: Johansson, C. / Velupillai, S. / Tumber, A. / Szykowska, A. / Hookway, E.S. / Nowak, R.P. / Strain-Damerell, C. / Gileadi, C. / Philpott, M. / Burgess-Brown, N. / Wu, N. / Kopec, J. / Nuzzi, A. / Steuber, H. / Egner, U. / Badock, V. / Munro, S. / Lathangue, N.B. / Westaway, S. / Brown, J. / Athanasou, N. / Prinjha, R. / Brennan, P.E. / Oppermann, U.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月1日Group: Database references
改定 1.32016年6月29日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
C: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
D: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
E: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
F: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
G: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
H: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,13147
ポリマ－334,8378
非ポリマー4,29439
水16,051891
1
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4577
ポリマ－41,8551
非ポリマー6036
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3996
ポリマ－41,8551
非ポリマー5445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3996
ポリマ－41,8551
非ポリマー5445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4577
ポリマ－41,8551
非ポリマー6036
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2814
ポリマ－41,8551
非ポリマー4273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2814
ポリマ－41,8551
非ポリマー4273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3405
ポリマ－41,8551
非ポリマー4854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5168
ポリマ－41,8551
非ポリマー6617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.346, 103.509, 157.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4A / JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 3A / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2A


分子量: 41854.617 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 4-354 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O75164, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

-
非ポリマー , 5種, 930分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-MMK / 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid


分子量: 306.360 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N4O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 891 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.9
詳細: 0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→106.83 Å / Num. obs: 438854 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 35.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.44→2.57 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4URA

4ura


解像度: 2.44→85.327 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 --
Rwork0.1955 --
obs-125508 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→85.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21899 0 207 891 22997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13630917
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.918171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053951
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.46770.29492220.26354008X-RAY DIFFRACTION99
2.4677-2.49680.33092330.2763972X-RAY DIFFRACTION99
2.4968-2.52720.33232000.25834035X-RAY DIFFRACTION99
2.5272-2.55920.30942100.26513920X-RAY DIFFRACTION99
2.5592-2.59290.30262020.25414021X-RAY DIFFRACTION99
2.5929-2.62840.28382060.24513978X-RAY DIFFRACTION100
2.6284-2.6660.29192050.24424072X-RAY DIFFRACTION100
2.666-2.70580.28842100.23453975X-RAY DIFFRACTION100
2.7058-2.7480.29672150.23983976X-RAY DIFFRACTION100
2.748-2.79310.28712020.23924015X-RAY DIFFRACTION99
2.7931-2.84130.27242070.23223970X-RAY DIFFRACTION99
2.8413-2.89290.24582090.22814039X-RAY DIFFRACTION99
2.8929-2.94860.27281860.22113963X-RAY DIFFRACTION99
2.9486-3.00880.27292000.22063996X-RAY DIFFRACTION99
3.0088-3.07420.25622030.21343916X-RAY DIFFRACTION98
3.0742-3.14570.25231900.20323895X-RAY DIFFRACTION96
3.1457-3.22440.25432060.20213786X-RAY DIFFRACTION94
3.2244-3.31160.19281850.20953818X-RAY DIFFRACTION94
3.3116-3.4090.23752140.21034009X-RAY DIFFRACTION99
3.409-3.5190.2152180.1964001X-RAY DIFFRACTION100
3.519-3.64480.20171920.18564019X-RAY DIFFRACTION99
3.6448-3.79070.23362220.18264004X-RAY DIFFRACTION99
3.7907-3.96330.20271910.17414005X-RAY DIFFRACTION99
3.9633-4.17220.21032140.16524011X-RAY DIFFRACTION99
4.1722-4.43360.19261870.15834022X-RAY DIFFRACTION99
4.4336-4.77590.16182220.14623984X-RAY DIFFRACTION99
4.7759-5.25650.17682580.15613987X-RAY DIFFRACTION99
5.2565-6.01690.20452080.17683997X-RAY DIFFRACTION98
6.0169-7.57990.22071840.18263837X-RAY DIFFRACTION94
7.5799-85.37960.20622080.18134068X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 67.1046 Å / Origin y: 16.421 Å / Origin z: 39.3987 Å
111213212223313233
T0.2234 Å20.0103 Å20.0108 Å2-0.2169 Å2-0.0153 Å2--0.2036 Å2
L0.0139 °2-0.0142 °20.0208 °2-0.1207 °2-0.0771 °2--0.0722 °2
S0.0174 Å °0.0112 Å °0.0003 Å °-0.0359 Å °-0.0183 Å °-0.0177 Å °-0.0188 Å °0.0222 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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