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万見
- PDB-5fmu: MmIFT54 CH-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fmu
タイトルMmIFT54 CH-domain
要素TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN / IFT / TUBULIN-BINDING DOMAIN / TRAF3IP1 / MIP-T3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of DNA binding / intraciliary transport particle B / Intraflagellar transport / neural tube patterning / negative regulation of defense response to virus / embryonic camera-type eye development / intraciliary transport / ciliary transition zone / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein ...negative regulation of smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of DNA binding / intraciliary transport particle B / Intraflagellar transport / neural tube patterning / negative regulation of defense response to virus / embryonic camera-type eye development / intraciliary transport / ciliary transition zone / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / morphogenesis of a polarized epithelium / ciliary tip / post-anal tail morphogenesis / negative regulation of interferon-beta production / embryonic heart tube development / negative regulation of type I interferon production / ciliary base / embryonic digit morphogenesis / axoneme / cilium assembly / negative regulation of protein-containing complex assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / tubulin binding / ciliary basal body / negative regulation of protein phosphorylation / kidney development / cilium / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / signaling receptor binding / centrosome / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cytosol
類似検索 - 分子機能
Microtubule-binding protein MIP-T3 / TRAF3-interacting protein 1, N-terminal / TRAF3-interacting protein 1, C-terminal domain / TRAF3-interacting protein 1, N-terminal domain superfamily / Microtubule-binding protein MIP-T3 CH-like domain / Microtubule-binding protein MIP-T3 C-terminal region / TRAF3-interacting protein 1 / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRAF3-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.593 Å
データ登録者Weber, K. / Lorentzen, E.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: Intraflagellar Transport Proteins 172, 80, 57, 54, 38, and 20 Form a Stable Tubulin-Binding Ift-B2 Complex.
著者: Taschner, M. / Weber, K. / Mourao, A. / Vetter, M. / Awasthi, M. / Stiegler, M. / Bhogaraju, S. / Lorentzen, E.
履歴
登録2015年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1
B: TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1
C: TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1
D: TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6985
ポリマ－60,5034
非ポリマー1951
水7,800433
1
A: TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1261
ポリマ－15,1261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1261
ポリマ－15,1261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3212
ポリマ－15,1261
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1261
ポリマ－15,1261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.930, 59.390, 61.180
Angle α, β, γ (deg.)109.17, 105.15, 89.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
TRAF3-INTERACTING PROTEIN 1 / INTRAFLAGELLAR TRANSPORT PROTEIN 54 HOMOLOG / MICROTUBULE-IN TERACTING PROTEIN ASSOCIATED WITH ...INTRAFLAGELLAR TRANSPORT PROTEIN 54 HOMOLOG / MICROTUBULE-IN TERACTING PROTEIN ASSOCIATED WITH TRAF3 / MIP-T3 / MMIFT54 CH-DOMAIN


分子量: 15125.798 Da / 分子数: 4 / 断片: TUBULIN-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q149C2
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50MM MES PH 5.8, 200MM AMMONIUM ACETATE, 4% MPD, 32%PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.593→36.47 Å / Num. obs: 60996 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.45
反射 シェル解像度: 1.59→1.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FMT

5fmt


解像度: 1.593→36.471 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2144 1226 2.01 %
Rwork0.1829 --
obs0.1836 60975 94.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.593→36.471 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3994 0 12 433 4439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9915600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8941631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5935-1.65730.31181160.28886143X-RAY DIFFRACTION86
1.6573-1.73270.29241460.26656566X-RAY DIFFRACTION94
1.7327-1.82410.28781360.2336616X-RAY DIFFRACTION94
1.8241-1.93840.2391320.20686708X-RAY DIFFRACTION95
1.9384-2.0880.2451430.196770X-RAY DIFFRACTION96
2.088-2.29810.19561310.17886734X-RAY DIFFRACTION96
2.2981-2.63060.20291460.1826784X-RAY DIFFRACTION96
2.6306-3.31390.21151380.17656721X-RAY DIFFRACTION95
3.3139-36.48090.18731380.15636707X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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