PDB-5fm8: Structure of the C-terminally extended domain My4 of human myomes...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fm8

タイトル

Structure of the C-terminally extended domain My4 of human myomesin (space group P65)

要素

MYOMESIN-1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / SARCOMERE / M-BAND / FIBRONECTIN DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

extraocular skeletal muscle development / striated muscle myosin thick filament / : / M band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / positive regulation of protein secretion / kinase binding / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Pernigo, S. / Steiner, R.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Binding of Myomesin to Obscurin-Like-1 at the Muscle M-Band Provides a Strategy for Isoform-Specific Mechanical Protection.
著者: Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Beedle, A.E. / Holt, M. / Round, A. / Pandini, A. / Garcia-Manyes, S. / Gautel, M. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2015年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fm8.cif.gz	173.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fm8.ent.gz	141.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fm8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/5fm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/5fm8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fm4C 5fm5SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kgr-1 2pbc-2 5o5i-d 3rgh-1 5g3q-2 3g74-6 5dft-3 1tiu-d 3kgr-3 6c6m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (3) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MYOMESIN-1

B: MYOMESIN-1

C: MYOMESIN-1

D: MYOMESIN-1

ヘテロ分子

49 kDa, 4 ポリマー
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1

A: MYOMESIN-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: MYOMESIN-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: MYOMESIN-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: MYOMESIN-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.410, 97.410, 106.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	MYOMESIN-1 / 190 KDA CONNECTIN-ASSOCIATED PROTEIN / 190 KDA TITIN-ASSOCIATED PROTEIN / MYOMESIN FAMILY MEMBER 1 / MYOMESIN 分子量: 12186.966 Da / 分子数: 4 断片: MY4 EXTENDED AT ITS C-TERMINUS, UNP RESIDUES 510-618 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P52179
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FIRST THREE N-TERMINAL RESIDUES ARE DERIVED FROM THE CLONING STRATEGY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.18 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.8 詳細: 21 % (W/V) PEG 2000 MME, 10 MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH 8.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97949

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.67
1	1	K, H, -L	2	0.33

反射

解像度: 2.05→84.36 Å / Num. obs: 35371 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 20 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 20 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FM5

5fm5

解像度: 2.05→84.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 6.655 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21687	1774	5 %	RANDOM
R_work	0.19242	-	-	-
obs	0.19364	33912	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.102 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	22.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	22.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-45.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→84.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3084	0	10	140	3234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	1.97	4412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.457	3	7135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.098	5	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.841	23.893	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.772	15	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.223	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.074	2.412	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.069	2.408	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.689	3.611	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.982	2.479	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.053→2.106 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	88	-
R_work	0.268	2495	-
obs	-	-	99.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4463	0.1678	0.4828	7.3225	-5.0726	4.3319	0.0513	0.0853	-0.121	-0.127	-0.2325	-0.511	0.1676	0.2513	0.1812	0.0908	0.0197	0.0539	0.2161	0.0132	0.3984	-13.9705	33.0405	-1.4716
2	1.7767	-3.2783	2.9154	7.5236	-5.0719	4.8501	0.17	0.1846	0.1077	0.2131	-0.323	-0.3585	0.397	0.3219	0.153	0.2315	-0.0314	-0.013	0.2145	-0.041	0.3486	-19.2195	21.6065	13.759
3	1.9784	-0.9138	1.7089	2.1392	1.6123	5.7462	0.1122	0.2697	0.1766	-0.5415	0.0437	-0.6703	0.0362	0.394	-0.1559	0.5822	-0.1274	0.4296	0.1166	-0.037	0.716	-10.2021	36.99	-0.941
4	2.2583	2.0757	-0.8637	6.5575	-0.9659	1.3983	0.0938	-0.2179	0.0402	0.0414	-0.1691	0.1442	0.0663	-0.0626	0.0752	0.0493	-0.0157	0.0047	0.0908	-0.024	0.302	-22.6035	34.9665	5.7752
5	0.3891	-0.6869	0.3703	1.7162	0.5163	3.1837	-0.0483	0.0911	0.0843	0.1132	-0.0473	-0.1164	0.171	0.5043	0.0956	0.0676	0.0446	0.0001	0.1773	-0.0496	0.404	-21.3368	27.9962	9.179
6	0.8551	-0.0681	-1.2812	13.1358	-1.0337	2.3526	0.1055	-0.0075	0.137	-0.152	-0.0453	-0.0976	-0.059	0.2482	-0.0602	0.1189	0.0014	0.0158	0.2281	0.0342	0.3371	-15.7377	44.1642	1.0186
7	0.9481	1.1033	-1.1355	6.8882	-0.3312	2.7062	-0.0481	0.1066	-0.0884	-0.6106	-0.1799	-0.1408	0.3311	0.0937	0.228	0.1867	0.0896	0.0157	0.156	-0.0183	0.3486	-21.2671	26.6176	2.2653
8	0.7716	-0.0962	0.9199	6.5864	4.7728	5.9014	0.0688	-0.0391	0.048	-0.1824	-0.2834	0.3765	-0.305	-0.2845	0.2146	0.0943	-0.0254	0.0461	0.1675	0.063	0.3958	-30.9806	58.3791	6.1408
9	4.0516	0.8001	-0.8028	2.2138	-1.3354	2.0052	-0.1034	0.1521	0.0283	-0.2675	0.0872	0.3702	-0.1307	-0.3272	0.0162	0.1222	0.0548	-0.0288	0.0741	-0.0349	0.4372	-32.8876	50.7732	3.3762
10	3.8078	2.4186	-0.9864	8.2262	-2.6284	2.7217	-0.0745	0.432	-0.0133	-0.209	0.1102	-0.517	0.0087	-0.1034	-0.0357	0.1054	-0.0212	0.0169	0.1357	-0.0258	0.3482	-18.6702	55.4969	5.029
11	8.6807	-8.3721	-1.2911	10.0275	-0.1559	1.2096	-0.0544	-0.0448	0.2033	0.075	0.1549	-0.0324	-0.0443	-0.0793	-0.1005	0.243	-0.0326	0.0129	0.2468	0.02	0.3977	-34.1478	48.9803	11.0997
12	2.1994	-0.0903	-0.0922	2.1805	-1.0701	0.5467	-0.0369	-0.0562	-0.1135	0.1529	-0.0461	-0.0945	-0.1229	0.0276	0.0831	0.2489	0.0177	0.0309	0.0079	0.0448	0.4134	-24.0861	57.0419	8.2054
13	3.3071	2.4321	-0.1481	8.9599	-4.6665	2.9877	-0.1956	0.4733	-0.0923	-0.4587	0.2844	0.2215	0.1397	-0.0725	-0.0888	0.1132	0.0262	-0.0482	0.2042	-0.0753	0.3805	-29.6488	45.521	-2.5054
14	1.3554	1.7629	0.2314	6.8317	0.7097	1.1858	-0.0343	-0.0354	0.017	-0.0203	-0.2597	0.2907	-0.1322	-0.2007	0.294	0.1335	-0.0077	-0.0177	0.1148	0.0093	0.4064	-25.2755	67.6841	8.2465
15	10.3883	-4.0263	-3.313	5.2774	0.8226	6.5444	-0.5362	-0.4594	-0.6085	0.2755	0.2247	0.2987	0.6256	0.1059	0.3116	0.2606	-0.1028	-0.0316	0.2063	-0.0359	0.3419	-21.8567	25.5343	35.6859
16	5.3078	2.0268	-3.7127	2.8571	-4.192	7.0566	-0.1351	0.084	-0.3307	0.0361	-0.0504	0.0436	0.3366	0.1477	0.1855	0.2536	-0.0636	0.0347	0.2467	-0.0676	0.4071	-14.2834	25.2409	23.9316
17	3.8346	4.424	0.0548	5.2815	-0.8828	8.9762	-0.0561	-0.1617	-0.0695	-0.146	-0.0825	-0.0245	0.0174	0.03	0.1385	0.2584	-0.0325	0.0315	0.2799	-0.0117	0.3873	-32.849	25.045	36.249
18	7.2119	1.192	-1.1676	2.4054	-0.1004	2.4545	-0.073	0.0827	0.5651	-0.0712	0.0472	0.1163	-0.1127	-0.2638	0.0258	0.1614	-0.0207	-0.0095	0.21	-0.0079	0.3898	-18.0547	35.8762	28.4666
19	0.0698	-0.5191	0.26	7.3228	1.0233	3.5153	-0.0188	-0.0508	-0.0068	-0.0873	0.1139	0.0763	-0.2226	-0.3977	-0.0951	0.1959	-0.0681	-0.0647	0.3465	-0.0414	0.4676	-24.7107	24.3571	23.3216
20	5.1685	3.2111	-3.3459	2.4214	-1.9794	2.6318	-0.0949	0.3831	0.4482	0.0774	0.1178	0.2153	0.2265	-0.3008	-0.0229	0.1187	-0.0197	-0.0275	0.2226	-0.0389	0.43	-13.8176	33.5604	26.1475
21	7.6311	-0.6779	-4.0315	1.4843	-0.511	3.085	-0.1301	-0.143	-0.1347	0.1192	-0.0626	0.146	0.0987	0.0198	0.1927	0.1586	-0.0809	-0.0367	0.1242	-0.0839	0.375	-14.9732	29.8717	30.7963
22	6.0201	-2.949	1.6361	3.1367	-1.8822	4.18	-0.5172	-0.263	0.4171	0.5948	0.2195	-0.2322	-0.3206	0.0592	0.2976	0.3208	-0.0517	-0.0084	0.3371	0.01	0.4731	-24.6964	59.586	37.2133
23	8.4033	1.2312	3.5268	1.9074	1.2283	1.9159	-0.2444	0.0134	0.3561	-0.0097	0.0618	-0.0842	-0.2628	0.0457	0.1825	0.2591	-0.0489	0.0037	0.2205	0.0499	0.409	-32.444	60.1822	25.6745
24	5.3056	0.6231	2.2916	2.3902	0.7113	2.2754	0.1633	-0.2864	-0.3488	0.1974	-0.0138	-0.3199	-0.0449	0.3012	-0.1496	0.2266	-0.039	-0.0069	0.305	0.0556	0.5021	-25.6328	52.6356	32.7211
25	1.5156	-3.6217	2.7642	8.6604	-6.6115	5.0502	0.0961	0.1301	0.077	-0.2003	-0.3028	-0.2417	0.1617	0.2741	0.2067	0.281	-0.0301	0.0236	0.524	-0.0726	0.6195	-22.9807	49.1482	25.5955
26	1.7388	-4.1814	2.3148	10.0893	-5.5913	3.1006	-0.2335	-0.095	0.1261	0.4042	0.1484	-0.2359	-0.2021	-0.1053	0.0851	0.4381	0.0224	-0.0261	0.4691	-0.0199	0.6483	-22.1138	61.3025	24.3509
27	5.0148	1.5315	0.0334	1.8792	1.1693	1.1311	0.0133	-0.0151	-0.7704	0.1981	0.1409	-0.4878	0.0083	0.3082	-0.1542	0.1834	-0.094	-0.0049	0.3115	0.084	0.578	-28.8802	51.827	28.8284
28	7.3905	0.8331	5.7489	2.1426	1.2114	8.2883	-0.1495	-0.3196	0.1269	0.2752	-0.1601	-0.1774	-0.5083	-0.1716	0.3096	0.21	-0.0511	0.0455	0.161	0.0378	0.3715	-37.4157	55.9513	30.9669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	508 - 519
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	520 - 527
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	528 - 540
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	541 - 564
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	565 - 583
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	584 - 590
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	591 - 608
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	508 - 526
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	527 - 550
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	551 - 560
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	561 - 568
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	569 - 588
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	589 - 597
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	598 - 608
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	508 - 517
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	518 - 534
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	535 - 541
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	542 - 563
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	564 - 568
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	569 - 588
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	589 - 608
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	508 - 517
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	518 - 534
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	535 - 556
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	557 - 563
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	564 - 568
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	569 - 593
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	594 - 608

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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