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- PDB-5fm7: Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)Rvb2(ADP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fm7
タイトルDouble-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)Rvb2(ADP)
要素
  • RVB1
  • RVB2
キーワードATP BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / chromatin organization / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RuvB-like helicase / RuvB-like helicase
類似検索 - 構成要素
生物種CHAETOMIUM THERMOPHILUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Silva-Martin, N. / Dauden, M.I. / Glatt, S. / Hoffmann, N.A. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2016
タイトル: The Combination of X-Ray Crystallography and Cryo-Electron Microscopy Provides Insight into the Overall Architecture of the Dodecameric Rvb1/Rvb2 Complex.
著者: Noella Silva-Martin / María I Daudén / Sebastian Glatt / Niklas A Hoffmann / Panagiotis Kastritis / Peer Bork / Martin Beck / Christoph W Müller /
要旨: The Rvb1/Rvb2 complex is an essential component of many cellular pathways. The Rvb1/Rvb2 complex forms a dodecameric assembly where six copies of each subunit form two heterohexameric rings. However, ...The Rvb1/Rvb2 complex is an essential component of many cellular pathways. The Rvb1/Rvb2 complex forms a dodecameric assembly where six copies of each subunit form two heterohexameric rings. However, due to conformational variability, the way the two rings pack together is still not fully understood. Here, we present the crystal structure and two cryo-electron microscopy reconstructions of the dodecameric, full-length Rvb1/Rvb2 complex, all showing that the interaction between the two heterohexameric rings is mediated through the Rvb1/Rvb2-specific domain II. Two conformations of the Rvb1/Rvb2 dodecamer are present in solution: a stretched conformation also present in the crystal, and a compact conformation. Novel asymmetric features observed in the reconstruction of the compact conformation provide additional insight into the plasticity of the Rvb1/Rvb2 complex.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_detector.type
改定 1.22024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RVB1
B: RVB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7754
ポリマ－103,9212
非ポリマー8542
水00
1
A: RVB1
B: RVB2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)628,65224
ポリマ－623,52512
非ポリマー5,12612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
Buried area76100 Å2
ΔGint-432 kcal/mol
Surface area225600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.770, 208.770, 138.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 RVB1


分子量: 50579.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CHAETOMIUM THERMOPHILUM (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: G0RYI5
#2: タンパク質 RVB2


分子量: 53340.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CHAETOMIUM THERMOPHILUM (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: G0RYC2
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
配列の詳細N-TERMINAL GA STEMS FROM TEV CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M MES PH 6.0,1 M SUCCINATE, 1.2% MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 25695 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 118.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FM6

5fm6


解像度: 2.901→48.632 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2822 1283 5 %
Rwork0.2586 --
obs0.2598 25670 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→48.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6486 0 54 0 6540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6148939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1452557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9011-3.01730.44251440.38992681X-RAY DIFFRACTION100
3.0173-3.15460.44991350.42082684X-RAY DIFFRACTION100
3.1546-3.32090.35171440.38372683X-RAY DIFFRACTION100
3.3209-3.52890.31551420.32542690X-RAY DIFFRACTION100
3.5289-3.80120.35351440.33232717X-RAY DIFFRACTION100
3.8012-4.18360.34661400.27412692X-RAY DIFFRACTION100
4.1836-4.78850.24561430.24282714X-RAY DIFFRACTION100
4.7885-6.03120.35331420.26322719X-RAY DIFFRACTION100
6.0312-48.63890.20071490.19712807X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03871.05690.23342.8843-0.48746.2238-0.1580.0560.29-0.17240.12890.0349-0.7569-1.24890.01610.75150.2465-0.06820.8951-0.14031.1023181.203525.848239.7512
21.73660.38894.330.25360.48267.701-0.4076-0.21580.3697-0.12080.07840.276-1.5622-0.68620.26111.37240.3262-0.08191.408-0.1141.3133173.345329.3897-0.1917
32.44520.5525-0.01571.31130.16961.4802-0.3587-0.2805-0.0881-0.06130.01450.1375-0.2261-0.65190.33550.82990.1485-0.02850.9865-0.14461.1069180.995915.699945.7587
41.6506-1.4434-0.02032.0313-2.02823.50310.1181-0.04480.39860.4951-0.10860.2354-0.75450.1023-0.00791.2598-0.1699-0.10440.6715-0.05611.1443219.518139.595445.1616
52.0118-2.76390.60172.9189-0.90031.27010.19710.0930.1352-0.413-0.2649-0.0396-0.8332-0.06280.01621.6112-0.0575-0.13660.7809-0.02211.3392207.080845.52427.343
62.3502-0.20080.30871.8574-0.34421.78810.07760.06520.1219-0.3073-0.2702-0.3358-0.14750.12140.17671.0457-0.0903-0.00740.5704-0.03971.1383216.282731.201930.6828
75.17290.2876-1.35880.7955-0.08811.7640.4204-0.0520.43330.0287-0.34860.3543-1.0482-0.0597-0.06011.36480.0398-0.05120.6501-0.19391.1557201.909639.709555.7664
82.32091.5241-2.17421.0809-2.41915.6195-0.61930.3466-0.25540.6763-0.2754-0.561-0.5599-0.59870.71971.2613-0.0677-0.00991.2539-0.04791.5683191.096719.904668.6861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 132 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 133 THROUGH 247 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 248 THROUGH 450 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 8 THROUGH 108 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 109 THROUGH 206 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 207 THROUGH 339 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 340 THROUGH 434 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 435 THROUGH 455 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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