PDB-5fli: enzyme-substrate complex of Ni-quercetinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fli

タイトル

enzyme-substrate complex of Ni-quercetinase

要素

QUERCETINASE QUED

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / NICKEL / QUERCETIN / STREPTOMYCES / NI-QUUERCETINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

STREPTOMYCES SP. FLA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Jeoung, J.-H. / Nianios, D. / Fetzner, S. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2016
タイトル: Quercetin 2,4-Dioxygenase Activates Dioxygen in a Side-On O2-Ni Complex.
著者: Jeoung, J.H. / Nianios, D. / Fetzner, S. / Dobbek, H.

履歴

登録	2015年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.4	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fli.cif.gz	465.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fli.ent.gz	384.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fli_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fli_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	5fli_validation.xml.gz	89.7 KB	表示
CIF形式データ	5fli_validation.cif.gz	120.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5fli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5fli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5flhSC 5fljC 5fle S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5flj-1 5flj-3 5flj-4 5flj-5 5flj-6 5flj-2 5flh-d 3vcm-2 1x9y-2 1wvw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: QUERCETINASE QUED

B: QUERCETINASE QUED

C: QUERCETINASE QUED

D: QUERCETINASE QUED

E: QUERCETINASE QUED

F: QUERCETINASE QUED

G: QUERCETINASE QUED

H: QUERCETINASE QUED

I: QUERCETINASE QUED

J: QUERCETINASE QUED

K: QUERCETINASE QUED

L: QUERCETINASE QUED

ヘテロ分子

257 kDa, 12 ポリマー
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1

K: QUERCETINASE QUED

L: QUERCETINASE QUED

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 2 ポリマー
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2

E: QUERCETINASE QUED

F: QUERCETINASE QUED

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 2 ポリマー
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3

G: QUERCETINASE QUED

H: QUERCETINASE QUED

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 2 ポリマー
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4

I: QUERCETINASE QUED

J: QUERCETINASE QUED

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 2 ポリマー
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5

B: QUERCETINASE QUED

C: QUERCETINASE QUED

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 2 ポリマー
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6

A: QUERCETINASE QUED

D: QUERCETINASE QUED

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.396, 113.752, 105.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	QUERCETINASE QUED / NI-QUERECETINASE 分子量: 21093.562 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES SP. FLA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2VA43, quercetin 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-QUE / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / QUERCETIN / クエルセチン分子量: 302.236 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 0.1 M CACL2, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0, 10 - 13% PEG6000 AND 5% GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	検出器: CCD
放射	モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.5 Å / Num. obs: 128091 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FLH

5flh

解像度: 2.15→47.505 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2318	6405	5 %
R_work	0.1954	-	-
obs	0.1973	128091	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.505 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17664	0	254	896	18814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	18598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	25314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.367	6700
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	2484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3400

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1483-2.1727	0.3874	193	0.338	3677	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1727-2.1983	0.414	214	0.3407	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1983-2.2251	0.3534	212	0.3341	4035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2251-2.2533	0.3718	215	0.322	4098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2533-2.2829	0.3264	212	0.3076	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2829-2.3142	0.324	215	0.29	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3142-2.3473	0.3328	212	0.2855	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3473-2.3823	0.2992	215	0.2717	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3823-2.4195	0.3261	212	0.2528	4041	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4195-2.4592	0.3029	214	0.2503	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4592-2.5016	0.3318	214	0.2541	4062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5016-2.5471	0.3161	212	0.2513	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5471-2.5961	0.2875	213	0.2433	4044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5961-2.6491	0.2951	214	0.2377	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6491-2.7067	0.2805	215	0.2255	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7067-2.7696	0.2736	213	0.2197	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7696-2.8389	0.2675	214	0.2213	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8389-2.9156	0.3014	215	0.2184	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9156-3.0014	0.2524	213	0.2051	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0014-3.0982	0.2458	215	0.1977	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0982-3.209	0.2317	213	0.1919	4051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.209-3.3374	0.2229	215	0.1847	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3374-3.4893	0.2322	214	0.1848	4073	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4893-3.6732	0.2036	215	0.1749	4076	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6732-3.9032	0.1773	215	0.1657	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9032-4.2044	0.2135	215	0.162	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2044-4.6272	0.1656	215	0.1404	4087	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6272-5.296	0.1816	215	0.1525	4089	X-RAY DIFFRACTION	99
5.296-6.6694	0.2029	216	0.1753	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6694-47.5162	0.185	220	0.1726	4163	X-RAY DIFFRACTION	99

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