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- PDB-5fl4: Three dimensional structure of human carbonic anhydrase IX in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fl4
タイトルThree dimensional structure of human carbonic anhydrase IX in complex with 5-(1-naphthalen-1-yl-1,2,3-triazol-4-yl)thiophene-2-sulfonamide
要素CARBONIC ANHYDRASE 9
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / molecular function activator activity / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / molecular function activator activity / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9FK / ACETIC ACID / Carbonic anhydrase 9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Leitans, J. / Tars, K. / Zalubovskis, R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: An Efficient Expression and Crystallization System of the Cancer Asociated Carbonic Anhydrase Isoform Ix.
著者: Leitans, J. / Kazaks, A. / Balode, A. / Ivanova, J. / Zalubovskis, R. / Supuran, C.T. / Tars, K.
履歴
登録2015年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE 9
B: CARBONIC ANHYDRASE 9
C: CARBONIC ANHYDRASE 9
D: CARBONIC ANHYDRASE 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,10722
ポリマ－112,6914
非ポリマー2,41618
水18,9161050
1
A: CARBONIC ANHYDRASE 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8076
ポリマ－28,1731
非ポリマー6345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CARBONIC ANHYDRASE 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7475
ポリマ－28,1731
非ポリマー5744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CARBONIC ANHYDRASE 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8677
ポリマ－28,1731
非ポリマー6946
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CARBONIC ANHYDRASE 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6874
ポリマ－28,1731
非ポリマー5143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.290, 152.290, 172.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CARBONIC ANHYDRASE 9 / CARBONATE DEHYDRATASE IX / CARBONIC ANHYDRASE IX / CA-IX / CAIX / MEMBRANE ANTIGEN MN / P54/58N / ...CARBONATE DEHYDRATASE IX / CARBONIC ANHYDRASE IX / CA-IX / CAIX / MEMBRANE ANTIGEN MN / P54/58N / RENAL CELL CARCINOMA-ASSOCIATED ANTIGEN G250 / RCC-ASSOCIATED ANTIGEN G250 / PMW1


分子量: 28172.684 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 137-391 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 1068分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-9FK / 5-(1-naphthalen-1-yl-1,2,3-triazol-4-yl)thiophene-2-sulfonamide / 5-[1-(1-ナフチル)-1H-1,2,3-トリアゾ-ル-4-イル]チオフェン-2-スルホンアミド


分子量: 356.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N4O2S2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1050 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 % / 解説: NONE
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE) VAPOR ...詳細: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE) VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.91922
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日 / 詳細: MULTILAYER
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→61.55 Å / Num. obs: 133470 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IAI

3iai


解像度: 1.82→61.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.349 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22431 6944 5.2 %RANDOM
Rwork0.19034 ---
obs0.19215 126519 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.758 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20.27 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→61.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7738 0 148 1050 8936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0198156
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.98511146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.911317386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.83851012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84222.967364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.359151170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1971570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7623.0054030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7583.0014023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7444.4955026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1623.2624126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 496 -
Rwork0.323 9382 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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