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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fl4 | ||||||
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タイトル | Three dimensional structure of human carbonic anhydrase IX in complex with 5-(1-naphthalen-1-yl-1,2,3-triazol-4-yl)thiophene-2-sulfonamide | ||||||
要素 | CARBONIC ANHYDRASE 9 | ||||||
キーワード | LYASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Leitans, J. / Tars, K. / Zalubovskis, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: An Efficient Expression and Crystallization System of the Cancer Asociated Carbonic Anhydrase Isoform Ix. 著者: Leitans, J. / Kazaks, A. / Balode, A. / Ivanova, J. / Zalubovskis, R. / Supuran, C.T. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fl4.cif.gz | 232.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fl4.ent.gz | 187.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fl4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5fl4_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5fl4_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5fl4_validation.xml.gz | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5fl4_validation.cif.gz | 73 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5fl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5fl4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 28172.684 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 137-391 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 5種, 1068分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-9FK / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-ACY / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE) VAPOR ...詳細: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE) VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.91922 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日 / 詳細: MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→61.55 Å / Num. obs: 133470 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3IAI 解像度: 1.82→61.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.349 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.758 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→61.56 Å
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拘束条件 |
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