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- PDB-5fhx: CRYSTAL STRUCTURE OF CODV IN COMPLEX WITH IL4 AT 2.55 Ang. RESOLUTION. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fhx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CODV IN COMPLEX WITH IL4 AT 2.55 Ang. RESOLUTION.
要素
  • Antibody fragment light chain
  • Interleukin-4
  • antibody fragment heavy-chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / cross-over dual variable immunoglobulin multifunctional biotherapeutic drug / CODV
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / regulation of isotype switching / Interleukin-18 signaling / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation ...interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / regulation of isotype switching / Interleukin-18 signaling / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation / neuroinflammatory response / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / myeloid dendritic cell differentiation / macrophage activation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of amyloid-beta clearance / type 2 immune response / activation of Janus kinase activity / regulation of phosphorylation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of ATP biosynthetic process / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / cholesterol metabolic process / B cell differentiation / T cell activation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of cell migration / immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins ...Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Interleukin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Vallee, F. / Dupuy, A. / Rak, A.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: CODV-Ig, a universal bispecific tetravalent and multifunctional immunoglobulin format for medical applications.
著者: Steinmetz, A. / Vallee, F. / Beil, C. / Lange, C. / Baurin, N. / Beninga, J. / Capdevila, C. / Corvey, C. / Dupuy, A. / Ferrari, P. / Rak, A. / Wonerow, P. / Kruip, J. / Mikol, V. / Rao, E.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-4
H: antibody fragment heavy-chain
L: Antibody fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0285
ポリマ－87,8383
非ポリマー1902
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area37280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.210, 73.330, 91.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-4 / IL-4 / B-cell stimulatory factor 1 / BSF-1 / Binetrakin / Lymphocyte stimulatory factor 1 / Pitrakinra


分子量: 14390.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05112
#2: 抗体 antibody fragment heavy-chain


分子量: 37281.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Antibody fragment light chain


分子量: 36166.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 3350 20%, K-Acetate 0.20M / PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.967 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→23.15 Å / Num. obs: 30823 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 58.53 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.1 % / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→23.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9165 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8779 / SU R Cruickshank DPI: 0.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.454 / SU Rfree Blow DPI: 0.277 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.285
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1545 5.01 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
obs0.1872 30823 99.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.5531 Å20 Å2-11.573 Å2
2--13.4662 Å20 Å2
3---6.087 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→23.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6117 0 10 128 6255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016265HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.238510HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2112SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes138HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes908HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6265HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion838SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6816SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 151 5.06 %
Rwork0.2145 2831 -
all0.2178 2982 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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