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- PDB-5fhq: Crystal structure of (WT) Rat Catechol-O-Methyltransferase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fhq
タイトルCrystal structure of (WT) Rat Catechol-O-Methyltransferase in complex with AdoMet and 3,5-dinitrocatechol (DNC)
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase Regioselectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homocysteine metabolic process / response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / response to salt / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / short-term memory / response to angiotensin / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / prostaglandin metabolic process / response to pain / response to food / negative regulation of dopamine metabolic process / response to corticosterone / response to temperature stimulus / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / dopamine metabolic process / exploration behavior / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to cytokine / response to amphetamine / learning / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / kidney development / female pregnancy / visual learning / regulation of blood pressure / response to toxic substance / response to wounding / response to estrogen / memory / cognition / multicellular organism growth / cell body / response to oxidative stress / vesicle / response to lipopolysaccharide / methylation / gene expression / dendritic spine / postsynaptic membrane / learning or memory / response to hypoxia / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-DINITROCATECHOL / S-ADENOSYLMETHIONINE / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Levy, C.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Effects of Active-Site Modification and Quaternary Structure on the Regioselectivity of Catechol-O-Methyltransferase.
著者: Law, B.J. / Bennett, M.R. / Thompson, M.L. / Levy, C. / Shepherd, S.A. / Leys, D. / Micklefield, J.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6044
ポリマ－23,9821
非ポリマー6233
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.720, 50.720, 167.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-530-

HOH

21A-653-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 23981.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-DNC / 3,5-DINITROCATECHOL


分子量: 200.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O6
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 200 nL of protein with an equal volume of reservoir solution comprising (0.09 M [0.2 M sodium formate; 0.2 M ammonium acetate; 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2 M sodium potassium ...詳細: 200 nL of protein with an equal volume of reservoir solution comprising (0.09 M [0.2 M sodium formate; 0.2 M ammonium acetate; 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2 M sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2 M sodium oxamate] 0.1 M Tris / Bicine pH 8.5, 50% [40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000] Morpheus HT96 condition G9)
Temp details: Cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→38.902 Å / Num. obs: 31410 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 16.69
反射 シェル解像度: 1.63→1.688 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7007 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1977精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NWE

3nwe


解像度: 1.63→38.902 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1879 1504 5.02 %Random Selection
Rwork0.1546 ---
obs0.1562 29973 93.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→38.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1679 0 42 253 1974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4252381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.496648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6301-1.68270.28231310.26182220X-RAY DIFFRACTION83
1.6827-1.74280.24061110.22732380X-RAY DIFFRACTION86
1.7428-1.81260.27621290.19942459X-RAY DIFFRACTION90
1.8126-1.89510.24611560.182479X-RAY DIFFRACTION92
1.8951-1.9950.2141520.16712599X-RAY DIFFRACTION95
1.995-2.120.19761240.15532668X-RAY DIFFRACTION96
2.12-2.28370.18861450.14582661X-RAY DIFFRACTION97
2.2837-2.51350.19661520.14192688X-RAY DIFFRACTION97
2.5135-2.87710.18831370.14772722X-RAY DIFFRACTION98
2.8771-3.62440.16331300.15352775X-RAY DIFFRACTION96
3.6244-38.91290.16151370.14092818X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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