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- PDB-5fgy: Structure of human adenovirus 2 protease with cofactor pVIC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fgy
タイトルStructure of human adenovirus 2 protease with cofactor pVIC
要素
  • Protease
  • pVIC
キーワードHYDROLASE / protease / cofactor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenain / nuclear capsid assembly / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / cysteine-type peptidase activity / virion component / viral capsid / host cell ...adenain / nuclear capsid assembly / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / cysteine-type peptidase activity / virion component / viral capsid / host cell / host cell cytoplasm / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C5, adenain / Adenovirus endoprotease / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protease / Pre-protein VI
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus C serotype 2 (ヒトアデノウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Davis, R.R. / Martinez, P. / Hollis, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human adenovirus 2 protease with cofactor pVIC
著者: Davis, R.R. / Martinez, P. / Hollis, T.
履歴
登録2015年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: pVIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4682
ポリマ－24,4682
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.420, 112.420, 49.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protease / Adenain / Adenovirus protease / AVP / Adenovirus proteinase / Endoprotease


分子量: 23114.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus C serotype 2 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03252, adenain
#2: タンパク質・ペプチド pVIC


分子量: 1353.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03274*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Grew over one week at 4 degrees Celsius in 0.1 M sodium citrate pH 6.4, 1.7 M sodium acetate, 1 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→97.36 Å / Num. obs: 20733 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.54 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.46 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AVP

1avp


解像度: 2.1→97.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.185 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19691 1033 5 %RANDOM
Rwork0.17554 ---
obs0.17663 19700 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å2-0 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→97.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1707 0 0 164 1871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.9422373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99633731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8775212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9922.61984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38215288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8331515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2421.075854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2421.075853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8471.6031064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8461.6031065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9291.3901
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9291.3901
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9561.8591309
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.40210.352133
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.0679.5082054
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 69 -
Rwork0.187 1436 -
obs--95.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0706-0.14090.00831.57690.13851.8490.03010.0536-0.0957-0.0056-0.02330.00040.28680.0348-0.00680.10940.0045-0.02030.0153-0.00790.0946-55.46814.9673.915
27.3454-4.1694-9.70362.55125.322513.07690.0459-0.2630.1693-0.09810.1134-0.16310.01010.52-0.15930.14130.00990.00890.2759-0.00770.1856-42.98523.435-0.985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2B205 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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