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万見
- PDB-5fg8: Drosophila CaMKII-wt in complex with a fragment of the Eag potass... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fg8
タイトルDrosophila CaMKII-wt in complex with a fragment of the Eag potassium channel and Mg2+/ADP
要素
  • Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II alpha chain
  • Potassium voltage-gated channel protein eag
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / potassium channel / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perineurial glial growth / regulation of ovulation / Ca2+ pathway / Ion transport by P-type ATPases / HSF1-dependent transactivation / RAF activation / Ion homeostasis / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / behavioral response to ether ...perineurial glial growth / regulation of ovulation / Ca2+ pathway / Ion transport by P-type ATPases / HSF1-dependent transactivation / RAF activation / Ion homeostasis / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / behavioral response to ether / Voltage gated Potassium channels / courtship behavior / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / male courtship behavior / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of filopodium assembly / voltage-gated monoatomic cation channel activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cytokine production / regulation of heart contraction / neuromuscular junction development / presynaptic active zone / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / voltage-gated potassium channel activity / long-term memory / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / cellular response to starvation / regulation of membrane potential / learning / potassium ion transport / sensory perception of smell / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / learning or memory / calmodulin binding / neuron projection / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, EAG / : / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...Potassium channel, voltage-dependent, EAG / : / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II alpha chain / Potassium voltage-gated channel protein eag
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.955 Å
データ登録者Castro-Rodrigues, A.F. / Morais-Cabral, J.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2018
タイトル: The Interaction between the Drosophila EAG Potassium Channel and the Protein Kinase CaMKII Involves an Extensive Interface at the Active Site of the Kinase.
著者: Castro-Rodrigues, A.F. / Zhao, Y. / Fonseca, F. / Gabant, G. / Cadene, M. / Robertson, G.A. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2015年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II alpha chain
B: Potassium voltage-gated channel protein eag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2266
ポリマ－37,5912
非ポリマー6364
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.503, 59.223, 70.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II alpha chain / CaM-kinase II alpha chain


分子量: 32181.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Constitutively active CaMKII kinase domain construct
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CaMKII, CaM, CG18069 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q00168, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: タンパク質 Potassium voltage-gated channel protein eag / Ether-a-go-go protein


分子量: 5408.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Eag construct including the CaMKII-binding motif
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: eag, CG10952 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02280

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非ポリマー , 4種, 69分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 26% w/v PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 5 mM magnesium chloride, 0.8 mM ADP, 0.1 mM sodium citrate pH 5.0.
PH範囲: 5.0 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98403 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98403 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→30.194 Å / Num. all: 23764 / Num. obs: 23764 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 35.65 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.05 / Net I/av σ(I): 8.702 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 77000
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.88-1.952.40.6811.1511120990.520.6811.588
1.95-2.022.90.4241.8657422330.2960.4242.596.9
2.02-2.13.40.2822.7762122160.1790.2824.299.4
2.1-2.23.40.2083.6731021290.1330.2085.599.7
2.2-2.33.40.1584.7688920240.1010.1586.999.4
2.3-2.433.40.1166.4668819460.0740.1168.999.7
2.43-2.573.40.0898.2619918160.0570.08910.599.4
2.57-2.753.40.06610.6574516960.0420.06613.799.4
2.75-2.973.40.05112.7543916080.0320.05117.799.4
2.97-3.263.30.04414.5489514650.0280.0442299.3
3.26-3.643.30.03716.1445013380.0240.03726.497.7
3.64-4.23.30.03715.9378811510.0240.03729.697.9
4.2-5.153.10.03816.931189900.0260.03830.297.6
5.15-7.283.10.03318.424147730.0220.03329.596.7
7.28-30.1942.70.033187592800.0240.0332863.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.955→30.194 Å / FOM work R set: 0.7871 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 1096 5.14 %random selection
Rwork0.1909 20232 --
obs0.1924 21328 97.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.22 Å2 / Biso mean: 57.66 Å2 / Biso min: 16.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.955→30.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2271 0 40 69 2380
Biso mean--60.08 45.3 -
残基数----284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1713282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.492894
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9553-2.04430.30311470.29862538268598
2.0443-2.15210.3571350.266225332668100
2.1521-2.28690.26981290.24242569269899
2.2869-2.46340.22911160.22412566268299
2.4634-2.71110.25291460.22352518266498
2.7111-3.10310.24141560.20152552270899
3.1031-3.90820.19851470.1762518266598
3.9082-30.19730.17911200.15272438255892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1881.97910.62387.19954.14824.9130.34530.29740.15960.6098-0.254-1.1692-0.5190.6757-0.02210.59640.0193-0.0560.50250.2090.53998.77566.36052.2287
20.7189-0.16890.10136.13141.1667.0303-0.0459-0.2022-0.18760.8055-0.46160.02240.1861-0.06910.41480.2297-0.06050.08680.36960.00980.4033-0.090310.585-9.0173
32.25871.5409-0.89057.68960.93276.914-0.17860.05860.0033-1.3117-0.34990.8012-0.4006-0.70390.28540.33080.109-0.14020.2943-0.07810.374-4.638812.9177-26.2448
46.7597-2.0803-2.53134.96314.16099.20110.041-0.4194-0.0856-0.67690.1777-1.5249-0.64560.8448-0.44010.3786-0.11130.02830.39920.14010.45867.092717.4417-21.5072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 38 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 129 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 275 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 780 through 794 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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