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- PDB-5ffv: Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ffv
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex with H3K14ac histone peptide
要素
  • Histone H3
  • Peregrin
キーワードTRANSCRIPTION / Peregrin / MOZ-MORF complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyltransferase activator activity / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / histone acetyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening ...acetyltransferase activator activity / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / histone acetyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / chromatin remodeling / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BRPF1, PHD domain / Peregrin, ePHD domain / : / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. ...BRPF1, PHD domain / Peregrin, ePHD domain / : / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Histone-fold / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Peregrin / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Tallant, C. / Nunez-Alonso, G. / Savitsky, P. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex with H3K14ac histone peptide
著者: Tallant, C. / Nunez-Alonso, G. / Savitsky, P. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S.
履歴
登録2015年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peregrin
B: Peregrin
C: Histone H3
D: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9987
ポリマ－29,8124
非ポリマー1863
水4,936274
1
A: Peregrin
C: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0304
ポリマ－14,9062
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
2
B: Peregrin
D: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9683
ポリマ－14,9062
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.266, 74.354, 49.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Peregrin / Bromodomain and PHD finger-containing protein 1 / Protein Br140


分子量: 13703.698 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 626-740 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRPF1, BR140 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55201
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 1202.384 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 10-20 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K7EMV3, UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 % / 解説: Rod
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M bis-tris pH 5.5 / PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→29.73 Å / Num. all: 67343 / Num. obs: 67343 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 13.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LC2

4lc2


解像度: 1.3→29.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.364 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20636 3307 4.9 %RANDOM
Rwork0.18997 ---
obs0.19077 63980 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å2-0 Å20 Å2
2---0.34 Å2-0 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 12 274 2224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.9872693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77634470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0765235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33623.832107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.48315360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2591519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0461.435946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0431.433945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6422.1371179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6422.1391180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7311.6241059
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7311.6241059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7162.3661515
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.79912.5182619
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.59711.8322443
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.299→1.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 247 -
Rwork0.226 3938 -
obs--83.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7360.255-0.02610.6890.01760.1151-0.01280.0309-0.0254-0.0263-0.0219-0.04210.0380.0250.03470.01630.00520.01450.02030.00740.0139Chain A62.410510.569631.3339
20.6174-0.1631-0.12690.60940.09090.1389-0.0299-0.01490.08940.04520.0296-0.0261-0.0058-0.0550.00030.00630.0113-0.00720.036-0.01310.0164Chain B46.683423.951843.1319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A630 - 737
2X-RAY DIFFRACTION2B630 - 737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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