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- PDB-5ffp: Crystal structure of CdiI from Burkholderia dolosa AUO158 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ffp
タイトルCrystal structure of CdiI from Burkholderia dolosa AUO158
要素Immunity 23 family protein
キーワードANTITOXIN / immunity protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / UC4CDI
生物種Burkholderia dolosa AU0158 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102318 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CdiI from Burkholderia dolosa AUO158
著者: Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunity 23 family protein
B: Immunity 23 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9983
ポリマ－38,7592
非ポリマー2381
水905
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.298, 116.298, 70.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 155 / Label seq-ID: 1 - 155

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN AT THIS STAGE

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要素

#1: タンパク質 Immunity 23 family protein


分子量: 19379.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia dolosa AU0158 (バクテリア)
遺伝子: AK34_4389 / プラスミド: pMCSG58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 sodium acetate pH 5.6, 30% PEG 4000, cryo saturated sucrose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.572
11K, H, -L20.428
反射解像度: 2.5→30.01 Å / Num. obs: 18768 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→30.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.105 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Refinement performed against intensities.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20492 1861 9.9 %thin resolution shells
Rwork0.19044 ---
obs0.19191 16893 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.4 Å20 Å20 Å2
2--14.4 Å20 Å2
3----28.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 0 15 5 2440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.9563372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98735160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9475308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2724120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.08215366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0621514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02594
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6831.2831238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6821.2821237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.181.9191544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1791.9191545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5791.4371253
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5451.4381253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0482.0941829
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.22610.272707
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.22610.2962708
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8312 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.636 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 283 -
Rwork0.435 2392 -
obs--98.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39270.3806-1.56032.0280.27559.28850.0646-0.08060.0710.09410.03-0.1583-0.45330.3203-0.09460.22070.0646-0.03830.0631-0.05350.216955.16213.146328.2626
214.417-8.4488-7.56416.50253.96775.17170.0090.21630.2545-0.0950.0296-0.0975-0.0172-0.3878-0.03860.4610.018-0.01890.20040.03030.274352.170422.780929.2818
32.1286-1.1854-0.39316.028-5.2785.80040.06770.06340.374-0.01690.64390.5726-0.2479-0.803-0.71160.85960.2877-0.09960.2902-0.05460.530940.875520.502324.2668
44.95720.7942-0.57458.29381.95358.28290.0411-0.03860.05490.4882-0.10950.4222-0.1455-0.71180.06840.41220.21240.06090.19640.02560.216542.12815.483331.3924
513.0303-1.2627-1.42813.7150.8113.41030.0781-0.52090.2005-0.0942-0.0261-0.2082-0.56960.2202-0.05210.45740.0294-0.01360.1078-0.00810.180656.464914.97235.885
614.093-1.5978-4.21087.9914-5.02995.14170.01490.15980.29920.2123-0.077-0.2393-0.15420.0010.06210.04590.0295-0.02950.13270.06560.094436.134842.7405-7.6683
73.8424-0.00870.21511.2860.70527.47-0.0923-0.2129-0.1159-0.02880.01710.09270.041-0.15670.07530.00630.02060.01120.12540.05690.063130.428544.66194.0303
84.8442-3.3243-1.07814.67050.27920.4659-0.2399-0.4139-0.02840.4710.2418-0.5120.25240.1752-0.00190.56860.1751-0.2220.3388-0.00590.290244.011331.34690.7967
91.8072-0.53041.77372.1521-2.93967.74230.2601-0.3936-0.7920.1896-0.0150.12151.01180.2017-0.24510.47410.1412-0.03050.34150.11420.482840.430425.50195.3775
106.06840.0751-1.49265.88362.0786.87180.02060.169-0.4501-0.36290.0604-0.34130.4980.2536-0.0810.16220.1092-0.03830.196-0.01610.133939.925233.2977-4.5317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4A108 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5A136 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 11
7X-RAY DIFFRACTION7B12 - 43
8X-RAY DIFFRACTION8B44 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9B77 - 117
10X-RAY DIFFRACTION10B118 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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