PDB-5ffa: CopM (with an N-terminal His-tag) in the apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ffa

タイトル

CopM (with an N-terminal His-tag) in the apo form

要素

CopM

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / copper binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Zhao, S. / Wang, X. / Liu, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural basis for copper/silver binding by the Synechocystis metallochaperone CopM.
著者: Zhao, S. / Wang, X. / Niu, G. / Dong, W. / Wang, J. / Fang, Y. / Lin, Y. / Liu, L.

履歴

登録	2015年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ffa.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ffa.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ffa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ffa_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ffa_full_validation.pdf.gz	424.2 KB	表示
XML形式データ	5ffa_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	5ffa_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/5ffa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/5ffa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fejC 5ffbC 5ffcC 5ffdC 5ffeC 3b5tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ffc-2 3ztz-d 2xlo-d 5ffe-1 3zqy-d 1cgn-d 5a1q-d 2bgf-d 4cdv-d 3iwx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CopM

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.133, 86.019, 32.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CopM 分子量: 23790.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: pcopM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6QDN6, UniProt: Q6YRW5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 21.55 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES 7.0, 0.1 M Lithium sulphate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 23853 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B5T

3b5t

解像度: 1.501→27.574 Å / FOM work R set: 0.8138 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	1210	5.14 %
R_work	0.1893	22330	-
obs	0.1908	23540	95.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.28 Å² / B_iso mean: 22.5 Å² / B_iso min: 11.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.501→27.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1124	0	0	229	1353
B_iso mean	-	-	-	34.51	-
残基数	-	-	-	-	135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	1614
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	166
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.051	468

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5014-1.5615	0.2652	121	0.2351	2471	2592	98
1.5615-1.6326	0.2652	127	0.1852	2560	2687	100
1.6326-1.7187	0.197	136	0.1726	2562	2698	100
1.7187-1.8263	0.2456	139	0.1765	2554	2693	100
1.8263-1.9673	0.2936	119	0.2575	2473	2592	95
1.9673-2.1652	0.2245	152	0.1899	2567	2719	100
2.1652-2.4783	0.2078	125	0.1949	2160	2285	83
2.4783-3.1217	0.2142	158	0.1789	2600	2758	100
3.1217-27.5783	0.1863	133	0.1738	2383	2516	86

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -13.3343 Å / Origin y: 5.6535 Å / Origin z: -7.1996 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1237 Å²	0.0092 Å²	-0.0034 Å²	-	0.1554 Å²	-0.0039 Å²	-	-	0.1192 Å²
L	0.8677 °²	-0.4177 °²	0.1085 °²	-	3.4331 °²	-0.109 °²	-	-	0.2628 °²
S	0.0486 Å °	0.0436 Å °	-0.0017 Å °	-0.1474 Å °	-0.0609 Å °	0.0792 Å °	-0.0115 Å °	-0.0023 Å °	0.011 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	44 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	201 - 429

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)