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- PDB-5fet: Crystal Structure of PVX_084705 in presence of Compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fet
タイトルCrystal Structure of PVX_084705 in presence of Compound 2
要素cGMP-dependent protein kinase, putative
キーワードTRANSFERASE / AGC kinase / PKG / structural genomics / malaria / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / cGMP binding / endoplasmic reticulum membrane / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Jelly Rolls / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1TR / cGMP-dependent protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Walker, J.R. / He, H. / Seitova, A. / Hills, T. / Neculai, A.M. / Baker, D.A. / Flueck, C. / Kettleborough, C.A. ...Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Walker, J.R. / He, H. / Seitova, A. / Hills, T. / Neculai, A.M. / Baker, D.A. / Flueck, C. / Kettleborough, C.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A. / El Bakkouri, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of PVX_084705 in presence of Compound 2
著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Walker, J.R. / He, H. / Seitova, A. / Hills, T. / Neculai, A.M. / Baker, D.A. / Flueck, C. / Kettleborough, C.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Walker, J.R. / He, H. / Seitova, A. / Hills, T. / Neculai, A.M. / Baker, D.A. / Flueck, C. / Kettleborough, C.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A. / El Bakkouri, M.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年1月13日ID: 5F0D
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.22024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0892
ポリマ－96,7271
非ポリマー3621
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.520, 117.250, 67.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 cGMP-dependent protein kinase, putative


分子量: 96726.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_084705
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: A5K0N4
#2: 化合物 ChemComp-1TR / 4-[7-[(dimethylamino)methyl]-2-(4-fluorophenyl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]pyrimidin-2-amine


分子量: 362.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19FN6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 5000 MME, 5% TACSIMATE, 0.1 M HEPES, 15 MM SPERMIDINE, 25% GLYCEROL, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, TEMPERATURE 293.0K
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→45 Å / Num. obs: 27515 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 81.23 Å2 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3.07→3.18 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.07→44.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8796 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8666 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.946 / SU Rfree Blow DPI: 0.35
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 1377 5.01 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.229 27508 99.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 79.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.9449 Å20 Å212.737 Å2
2--11.7081 Å20 Å2
3---9.2368 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.07→44.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6234 0 27 61 6322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00712419HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.822377HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2746SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1910HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12419HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion860SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12339SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.07→3.19 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2786 139 4.9 %
Rwork0.2432 2697 -
all0.245 2836 -
obs--98.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85961.4573-1.09021.1256-0.78490.5131-0.0098-0.2322-0.05930.11320.06140.05440.0586-0.0782-0.0516-0.21240.0658-0.1567-0.03860.1568-0.1566-8.3982-26.4744.7785
20.31171.3724-0.156200.83660.30810.11430.0726-0.27190.01860.0694-0.5170.00980.0748-0.18370.15170.0659-0.1162-0.2152-0.06370.0804-34.0988-32.413711.7978
30.84020.4404-1.22385.76180.81246.126-0.02150.09720.0107-0.16380.00910.0890.085-0.17710.01240.12780.04380.0094-0.175-0.018-0.1099-48.951-17.498-12.1042
42.3057-0.38360.60042.0353-1.55282.98740.21740.19240.0543-0.0841-0.3151-0.4325-0.3670.44880.09770.047-0.0730.1503-0.22160.0168-0.0711-31.727112.962411.1486
51.8159-0.32510.10592.399-1.63733.18960.0279-0.1472-0.00070.225-0.1261-0.08150.12230.47340.09830.09510.00620.015-0.1046-0.0046-0.1746-36.0341-6.720531.9508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - 142}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|143 - 316}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|317 - 398}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|399 - 621}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|622 - 816}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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