[日本語] English
万見
- PDB-5fcr: MOUSE COMPLEMENT FACTOR D -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fcr
タイトルMOUSE COMPLEMENT FACTOR D
要素Complement factor D
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Alternative complement activation / complement factor D / Platelet degranulation / complement activation, alternative pathway / Neutrophil degranulation / response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor D
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Mac Sweeney, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Small-molecule factor D inhibitors targeting the alternative complement pathway.
著者: Maibaum, J. / Liao, S.M. / Vulpetti, A. / Ostermann, N. / Randl, S. / Rudisser, S. / Lorthiois, E. / Erbel, P. / Kinzel, B. / Kolb, F.A. / Barbieri, S. / Wagner, J. / Durand, C. / Fettis, K. ...著者: Maibaum, J. / Liao, S.M. / Vulpetti, A. / Ostermann, N. / Randl, S. / Rudisser, S. / Lorthiois, E. / Erbel, P. / Kinzel, B. / Kolb, F.A. / Barbieri, S. / Wagner, J. / Durand, C. / Fettis, K. / Dussauge, S. / Hughes, N. / Delgado, O. / Hommel, U. / Gould, T. / Mac Sweeney, A. / Gerhartz, B. / Cumin, F. / Flohr, S. / Schubart, A. / Jaffee, B. / Harrison, R. / Risitano, A.M. / Eder, J. / Anderson, K.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Complement factor D
B: Complement factor D
C: Complement factor D
D: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,76810
ポリマ－101,9474
非ポリマー8216
水15,133840
1
A: Complement factor D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4871
ポリマ－25,4871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8173
ポリマ－25,4871
非ポリマー3302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8213
ポリマ－25,4871
非ポリマー3342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6433
ポリマ－25,4871
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.271, 52.866, 84.278
Angle α, β, γ (deg.)90.46, 98.04, 90.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA16 - 2441 - 230
21GLYGLYBB16 - 2441 - 230
12THRTHRAA16 - 2421 - 228
22THRTHRCC16 - 2421 - 228
13GLYGLYAA16 - 2441 - 230
23GLYGLYDD16 - 2441 - 230
14THRTHRBB16 - 2421 - 228
24THRTHRCC16 - 2421 - 228
15GLYGLYBB16 - 2441 - 230
25GLYGLYDD16 - 2441 - 230
16THRTHRCC16 - 2421 - 228
26THRTHRDD16 - 2421 - 228

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Complement factor D / 28 kDa adipocyte protein / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D


分子量: 25486.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cfd, Adn, Df / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03953, complement factor D

-
非ポリマー , 5種, 846分子

#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Mouse FD was crystallized by the sitting drop vapour diffusion method. A 1 uL FD solution (14.4 mg/mL FD, 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl) was mixed with 1 uL reservoir solution (0.1 M HEPES ...詳細: Mouse FD was crystallized by the sitting drop vapour diffusion method. A 1 uL FD solution (14.4 mg/mL FD, 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl) was mixed with 1 uL reservoir solution (0.1 M HEPES pH 7.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0) and equilibrated against 200 uL reservoir solution.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→88.35 Å / Num. obs: 215515 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / % possible all: 75.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FCK

5fck


解像度: 1.25→83.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.308 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19599 10776 5 %RANDOM
Rwork0.14979 ---
obs0.15209 204735 88.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.735 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.31 Å2-0 Å2
2---0.14 Å2-0.08 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→83.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6947 0 49 840 7836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0197375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0180.026815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.71.94810120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.304315711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.375987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49423.491318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.587151140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1451558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1850.21136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0218527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.431.453762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4271.4493761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4482.1964721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4482.1964722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it71.9213613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.9961.9183609
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.622.7025364
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.87713.9878874
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.87713.9878875
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.679314190
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.9925216
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded21.176514604
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A266160.1
12B266160.1
21A270900.07
22C270900.07
31A268020.09
32D268020.09
41B263460.1
42C263460.1
51B267960.08
52D267960.08
61C267300.09
62D267300.09
LS精密化 シェル解像度: 1.247→1.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 568 -
Rwork0.278 10792 -
obs--62.94 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る