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万見
- PDB-5fcm: CrBld10-N 1-70 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fcm
タイトルCrBld10-N 1-70
要素Basal body protein
キーワードCELL CYCLE / Centriole / Centrosome / CEP135 / Bld10 / Cartwheel
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary pro-basal body / ciliary basal body organization / regulation of cell division / cytoskeleton organization / centriole / microtubule binding / microtubule / ciliary basal body / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ISOPROPYL ALCOHOL / Basal body protein 10 / Basal body protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.229 Å
データ登録者Kraatz, S.H.W. / Steinmetz, M.O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_138659 スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: The Human Centriolar Protein CEP135 Contains a Two-Stranded Coiled-Coil Domain Critical for Microtubule Binding.
著者: Kraatz, S. / Guichard, P. / Obbineni, J.M. / Olieric, N. / Hatzopoulos, G.N. / Hilbert, M. / Sen, I. / Missimer, J. / Gonczy, P. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basal body protein
B: Basal body protein
C: Basal body protein
D: Basal body protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,34112
ポリマ－31,8244
非ポリマー5178
水46826
1
A: Basal body protein
B: Basal body protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0925
ポリマ－15,9122
非ポリマー1803
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9650 Å2
手法PISA
2
C: Basal body protein
D: Basal body protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2487
ポリマ－15,9122
非ポリマー3365
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.740, 92.740, 164.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-60-

GLU

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要素

#1: タンパク質
Basal body protein


分子量: 7956.003 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: BLD10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q764P7, UniProt: A8ID55*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M phosphate citrate, 5% 2-propanol, 0.2 M lithium sulfate
PH範囲: pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.06642 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.06642 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.229→47.11 Å / Num. obs: 17823 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 103.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1071 / Net I/σ(I): 50.27
反射 シェル解像度: 2.229→2.309 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 2.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1965精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.229→47.109 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 1667 5.03 %
Rwork0.2142 --
obs0.2154 33164 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.229→47.109 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 33 26 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.562891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2293-2.29490.42771300.46252474X-RAY DIFFRACTION94
2.2949-2.36890.3851380.332628X-RAY DIFFRACTION100
2.3689-2.45360.29621400.27612641X-RAY DIFFRACTION100
2.4536-2.55180.31431390.25992629X-RAY DIFFRACTION100
2.5518-2.6680.30841390.25542649X-RAY DIFFRACTION100
2.668-2.80860.31171410.25082648X-RAY DIFFRACTION100
2.8086-2.98460.26341400.23172628X-RAY DIFFRACTION100
2.9846-3.21490.26941410.22862634X-RAY DIFFRACTION100
3.2149-3.53840.23461410.21252635X-RAY DIFFRACTION100
3.5384-4.05010.21221410.17992648X-RAY DIFFRACTION100
4.0501-5.10180.19321380.16422634X-RAY DIFFRACTION100
5.1018-47.11920.19431390.21282649X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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