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- PDB-5fax: Structure of subtilase SubHal from Bacillus halmapalus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fax
タイトルStructure of subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
要素Subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
キーワードHYDROLASE / Protease / Subtilase / Calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


3.4.21.14 / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TagA/B/C/D, peptidase domain / Jelly Rolls - #380 / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. ...TagA/B/C/D, peptidase domain / Jelly Rolls - #380 / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enzyme subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halmapalus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dohnalek, J. / Brzozowski, A.M. / Svendsen, A. / Wilson, K.S.
引用Book title: Understanding enzymes; Function, Design, Engineering and Analysis
ジャーナル: Book / 年: 2016
タイトル: Stabilization of Enzymes by Metal Binding: Structures of Two Alkalophilic Bacillus Subtilases and Analysis of the Second Metal-Binding Site of the Subtilase Family
著者: Dohnalek, J. / McAuley, K.E. / Brzozowski, A.M. / Oestergaard, P.R. / Svendsen, A. / Wilson, K.S.
履歴
登録2015年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_abbrev / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
B: Subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9548
ポリマ－90,7142
非ポリマー2406
水11,926662
1
A: Subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4774
ポリマ－45,3571
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4774
ポリマ－45,3571
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.224, 99.935, 96.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Subtilase SubHal from Bacillus halmapalus


分子量: 45356.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal asparagine is naturally modified to N-carboxyasparagine. There is no associated Uniprot entry, however the sequence is available in patent WO 2004083362
由来: (組換発現) Bacillus halmapalus (バクテリア)
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A182DWC7*PLUS, 3.4.21.14
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % / 解説: Elongated plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein concentration 24 mg ml-1 in 50 mM sodium cacodylate buffer, pH 6.5, 2 mM CaCl2 and 100 mM NaCl. The enzyme was crystallised by hanging drop vapour diffusion in drops containing 1 ...詳細: Protein concentration 24 mg ml-1 in 50 mM sodium cacodylate buffer, pH 6.5, 2 mM CaCl2 and 100 mM NaCl. The enzyme was crystallised by hanging drop vapour diffusion in drops containing 1 microliter of protein and 1 microliter of reservoir solution over 0.5 ml of reservoir: Hampton Screen 2 no. 23 (10% dioxane, 0.1 M 2-(N-Morpholino)-ethanesulphonic acid (MES) buffer, pH 6.5, 1.6 M ammonium sulphate). Clusters of elongated plates appeared after several days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 41891 / Num. obs: 41891 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 49.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACK1.97.2データスケーリング
MOLREP位相決定
XFITモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Complex of SubHal with CI2A inhibitor, PDB ID 5FBZ

5fbz


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / SU B: 3.193 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 2140 5.1 %Random selection
Rwork0.215 ---
obs0.21522 41891 74.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å2-0.51 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6394 0 6 662 7062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0216536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6781.9328913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.951313270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.655864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2430.27449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1270.217
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.310.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2680.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7631.54283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16426849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04132251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8274.52064
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 104 4.8 %
Rwork0.199 2155 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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