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- PDB-5f9e: Structure of Protein Kinase C theta with compound 10: 2,2-dimethy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f9e
タイトルStructure of Protein Kinase C theta with compound 10: 2,2-dimethyl-7-(2-oxidanylidene-3~{H}-imidazo[4,5-b]pyridin-1-yl)-1-(phenylmethyl)-3~{H}-quinazolin-4-one
要素Protein kinase C theta type
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T-helper 2 cell activation / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / protein kinase C / Netrin-1 signaling / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Effects of PIP2 hydrolysis / regulation of platelet aggregation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T-helper 17 type immune response ...positive regulation of T-helper 2 cell activation / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / protein kinase C / Netrin-1 signaling / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Effects of PIP2 hydrolysis / regulation of platelet aggregation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / aggresome / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of interleukin-4 production / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere maintenance / membrane protein ectodomain proteolysis / immunological synapse / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / axon guidance / cell chemotaxis / regulation of cell growth / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / centriolar satellite / positive regulation of T cell activation / FCERI mediated NF-kB activation / RAS processing / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / G alpha (z) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Downstream TCR signaling / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5VS / Protein kinase C theta type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Klein, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and optimization of 1,7-disubstituted-2,2-dimethyl-2,3-dihydroquinazolin-4(1H)-ones as potent and selective PKC theta inhibitors.
著者: Katoh, T. / Takai, T. / Yukawa, T. / Tsukamoto, T. / Watanabe, E. / Mototani, H. / Arita, T. / Hayashi, H. / Nakagawa, H. / Klein, M.G. / Zou, H. / Sang, B.C. / Snell, G. / Nakada, Y.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C theta type
B: Protein kinase C theta type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7094
ポリマ－83,9102
非ポリマー7992
水2,954164
1
A: Protein kinase C theta type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3552
ポリマ－41,9551
非ポリマー3991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein kinase C theta type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3552
ポリマ－41,9551
非ポリマー3991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.603, 76.786, 149.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C theta type / nPKC-theta


分子量: 41955.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKCQ, PRKCT / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q04759, protein kinase C
#2: 化合物 ChemComp-5VS / 2,2-dimethyl-7-(2-oxidanylidene-3~{H}-imidazo[4,5-b]pyridin-1-yl)-1-(phenylmethyl)-3~{H}-quinazolin-4-one


分子量: 399.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes pH 7, 0.2M lithium citrate, and 18% PEG M.W. 3,350, 1% hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 59517 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 29.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→41.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 7.979 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23333 2929 5.1 %RANDOM
Rwork0.19681 ---
obs0.19862 54956 97.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.729 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.74 Å20 Å20 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5248 0 60 164 5472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195499
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.9737417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.784311958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2645641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54924.014279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.338151007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3341530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 192 -
Rwork0.299 3328 -
obs--82.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30980.4868-0.17541.7655-0.08711.66860.05370.0250.0296-0.1174-0.01780.16790.036-0.1571-0.03580.15160.004-0.00640.01990.01920.093432.67474.92430.2966
21.1108-0.39650.43182.9367-1.03892.93420.05030.0362-0.05880.0633-0.1405-0.4380.41830.36180.09010.23720.1107-0.09960.30610.03560.25729.744684.1102-8.8861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A374 - 709
2X-RAY DIFFRACTION1A1001
3X-RAY DIFFRACTION2B375 - 700
4X-RAY DIFFRACTION2B1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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