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- PDB-5f8a: Crystal structure of the ternary EcoRV-DNA-Lu complex with unclea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f8a
タイトルCrystal structure of the ternary EcoRV-DNA-Lu complex with uncleaved DNA substrate. Lanthanide binding to EcoRV-DNA complex inhibits cleavage.
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*T)-3')
  • Type-2 restriction enzyme EcoRV
キーワードHYDROLASE/DNA / Hydrolase / Protein-DNA complex / Lutetium / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Sangani, S.S. / Kehr, A.D. / Sinha, K. / Rule, G.S. / Jen-Jacobson, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM029207 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Metal Ion Binding at the Catalytic Site Induces Widely Distributed Changes in a Sequence Specific Protein-DNA Complex.
著者: Sinha, K. / Sangani, S.S. / Kehr, A.D. / Rule, G.S. / Jen-Jacobson, L.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*T)-3')
A: Type-2 restriction enzyme EcoRV
B: Type-2 restriction enzyme EcoRV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,95910
ポリマ－64,4394
非ポリマー5206
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9970 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.430, 52.860, 65.310
Angle α, β, γ (deg.)70.61, 73.24, 81.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 CDAB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3660.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Type-2 restriction enzyme EcoRV / R.EcoRV / Endonuclease EcoRV / Type II restriction enzyme EcoRV


分子量: 28559.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ecoRVR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease

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非ポリマー , 4種, 307分子

#3: 化合物 ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU


分子量: 174.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 4.5 mg/mL (monomer), protein(dimer):DNA - 1:1, Enzyme:Well - 3uL:3uL, Well - 500uL of 100 mM HEPES pH 7.4, 8% Ethylene glycol, 4% Polyethylene glycol 8000, 10% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→36.673 Å / Num. obs: 51697 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.698 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.76→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
iMOSFLM7.2.1データ削減
SCALACCP4interface 6.5.019データスケーリング
PHASERCCP4interface 6.5.019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B95

1b95


解像度: 1.76→36.673 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.494 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19914 5000 9.7 %RANDOM
Rwork0.16026 ---
obs0.16402 46685 92.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å2-0.78 Å20.85 Å2
2--1.36 Å2-0.66 Å2
3----1.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→36.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4046 486 12 301 4845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0184732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.8486507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05639845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5985496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.75224.299214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43415743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1221522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6722.4961963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6662.4951962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.523.7292454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5213.7292455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8062.8652769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8062.8652770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3934.1514050
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.46821.7225898
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.46821.7185896
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.759→1.805 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 366 -
Rwork0.262 3227 -
obs--88.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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