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- PDB-5f78: Crystal structure of Mutant N87T of adenosine/Methylthioadenosine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f78
タイトルCrystal structure of Mutant N87T of adenosine/Methylthioadenosine phosphorylase from Schistosoma mansoni in APO form
要素Methylthioadenosine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8518 Å
データ登録者Torini, J.R.S. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/14223-9 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)474402/2013-4 ブラジル
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway.
著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D.
履歴
登録2015年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylthioadenosine phosphorylase
B: Methylthioadenosine phosphorylase
C: Methylthioadenosine phosphorylase
D: Methylthioadenosine phosphorylase
E: Methylthioadenosine phosphorylase
F: Methylthioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,05512
ポリマ－211,4796
非ポリマー5766
水33,3821853
1
A: Methylthioadenosine phosphorylase
B: Methylthioadenosine phosphorylase
C: Methylthioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0286
ポリマ－105,7393
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area33970 Å2
手法PISA
2
D: Methylthioadenosine phosphorylase
E: Methylthioadenosine phosphorylase
F: Methylthioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0286
ポリマ－105,7393
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area33810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.193, 82.232, 150.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Trimer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質
Methylthioadenosine phosphorylase


分子量: 35246.484 Da / 分子数: 6 / 断片: Enzyme / 変異: N87T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5 / PH範囲: 6.1-6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→28.05 Å / Num. all: 161035 / Num. obs: 161035 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L5Y

4l5y


解像度: 1.8518→28.05 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1995 8062 5.02 %Random selection
Rwork0.1712 152613 --
obs0.1726 160675 97.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.1 Å2 / Biso mean: 26.6607 Å2 / Biso min: 6.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8518→28.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13039 0 30 1853 14922
Biso mean--15.15 36.18 -
残基数----1721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56118098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0227990
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8518-1.87280.28852490.24275088533797
1.8728-1.89490.24822410.24355125536697
1.8949-1.9180.28332750.24825015529097
1.918-1.94220.27632750.24644981525696
1.9422-1.96780.23682720.21565035530796
1.9678-1.99470.25032550.20954841509693
1.9947-2.02320.20552510.19584816506792
2.0232-2.05340.22112830.18614946522996
2.0534-2.08550.22362840.20295206549099
2.0855-2.11970.20812640.1785118538299
2.1197-2.15620.20712640.17645170543499
2.1562-2.19540.23582880.17765146543499
2.1954-2.23760.20352960.1695123541999
2.2376-2.28330.21342830.1915094537798
2.2833-2.33290.20793250.17485103542899
2.3329-2.38710.21372840.16845131541598
2.3871-2.44680.1952790.16745092537198
2.4468-2.51290.20392750.16325150542598
2.5129-2.58680.2022610.16625065532697
2.5868-2.67020.18952530.16425074532796
2.6702-2.76560.17382510.16095024527596
2.7656-2.87620.20552560.16364768502492
2.8762-3.0070.2132850.17455039532496
3.007-3.16530.20022600.17465227548799
3.1653-3.36330.19882710.162552195490100
3.3633-3.62250.17772700.161252475517100
3.6225-3.98610.1752630.14685262552599
3.9861-4.56080.15522810.13435191547299
4.5608-5.73810.15932160.14874943515992
5.7381-28.05610.19192520.17245374562699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6035-1.36551.27243.0192-0.05141.82480.18920.9206-0.3289-0.8815-0.1751-0.53180.38220.8221-0.03840.310.05040.16650.36-0.01910.474142.0697-17.3170.7083
21.9201-1.2957-0.26023.2282-0.02393.769-0.003-0.0342-0.2099-0.1391-0.23970.10560.52320.21210.13460.33550.06670.15480.1309-0.05840.41734.172-29.2152.0838
31.0104-0.64970.1071.0510.42341.0706-0.12850.0917-0.1951-0.23590.0429-0.37530.17560.2640.04860.19480.03290.11770.1711-0.0280.384136.3033-20.20395.2106
41.65060.2037-0.42051.5657-0.17631.8199-0.0453-0.1926-0.1184-0.021-0.0166-0.2589-0.0140.27670.05870.1032-0.01090.02540.1375-0.01050.18934.784-9.21115.8719
52.9470.6022-0.45411.594-0.98461.23370.2439-0.27880.16360.1374-0.2346-0.1831-0.42240.39450.03470.2345-0.08560.05230.1609-0.04820.198935.84153.090811.9655
64.40351.16170.79351.92680.22293.9424-0.0052-0.08480.1022-0.07740.0893-0.2181-0.2722-0.0899-0.06010.1104-0.00990.03890.0732-0.00250.116617.3404-1.499311.0754
71.34340.67850.29081.8386-0.28212.20180.0342-0.0728-0.1298-0.0546-0.0885-0.18460.10430.11670.04950.1037-0.01240.03670.11970.00010.207730.3008-12.695614.9432
83.8982-1.45621.92413.3179-2.69675.0541-0.11730.1021-0.0447-0.02550.45640.4585-0.4918-0.3908-0.36940.2223-0.02230.06230.16360.04050.289828.1887-1.50742.8797
97.6729-3.79143.70513.9221-2.64955.2665-0.07350.82160.0751-0.3159-0.0711-0.3958-0.27590.48790.08210.2579-0.06790.12360.2576-0.0180.334939.6488-4.281-0.8298
104.4530.0276-0.37680.43560.72961.3021-0.2018-0.8714-1.0140.1423-0.1006-0.66050.51830.65940.1920.32070.1389-0.07650.42980.10250.551242.3058-23.850324.9567
110.64171.5135-0.19334.2273-1.62442.5353-0.2215-0.4676-0.58990.0946-0.026-0.49110.28610.270.25010.14540.0294-0.01160.25150.08610.223111.4623-32.233843.4042
122.7476-1.21873.38135.9417-5.41888.12230.1133-0.0641-0.5448-0.20990.07050.11481.0471-0.2067-0.16720.315-0.00910.03660.14690.01430.28738.107-38.556530.64
131.29590.49-0.86941.1328-0.57852.7617-0.0865-0.1423-0.287-0.0392-0.0808-0.11820.29390.12490.17120.147-0.00040.01150.11460.05620.164810.0747-30.387136.1401
142.15850.18780.92450.9666-0.28612.54010.0093-0.0535-0.0154-0.0061-0.0701-0.0657-0.00640.11020.04650.15920.00330.01920.08560.02890.09288.9308-16.721529.6549
151.5334-0.3947-0.17570.43710.03281.83170.15-0.44940.28830.3132-0.0507-0.1649-0.62470.2997-0.03740.341-0.1173-0.01840.2775-0.02060.165813.4229-10.823648.0543
164.7643-1.8996-1.44026.79121.58754.30930.0968-0.11650.14340.2883-0.1497-0.1369-0.150.34620.05780.1233-0.0384-0.00140.14470.03290.100625.3498-9.669926.3877
170.5202-0.22590.21040.6513-0.08920.80440.078-0.1126-0.0236-0.0132-0.1837-0.2997-0.12120.33140.00690.1402-0.0402-0.00230.21520.06870.174117.5496-17.105934.5525
186.1518-0.1189-1.50151.20490.01771.2508-0.1176-0.6814-0.06480.205-0.1306-0.38650.00490.69460.23470.232-0.0553-0.05580.48850.16640.259922.5151-23.510247.6651
191.7133-0.40821.06861.0773-0.79134.53730.0572-0.1427-0.02730.03660.13580.18230.0144-1.0678-0.15160.1214-0.01650.03320.24440.01450.1744-8.0212-20.505135.6116
201.8868-1.16241.93611.68670.16087.02640.18030.0862-0.2276-0.2196-0.00650.43930.3238-0.7218-0.13670.21550.0023-0.03380.1642-0.00760.1826-11.7836-9.16980.2839
210.9733-0.0957-0.12261.6890.28330.7990.04340.06340.0325-0.1052-0.0241-0.0073-0.0729-0.0761-0.01610.12540.00970.00360.08280.00460.0689-0.0717-5.60525.5386
220.67240.0799-0.23080.7222-0.15853.1111-0.0045-0.0627-0.01180.0332-0.0157-0.0931-0.04520.05740.03430.11230.0032-0.00490.06010.00640.10866.0897-6.274316.3361
232.26830.0813-0.62051.7413-0.0041.538-0.0677-0.072-0.0341-0.1396-0.00540.0797-0.00750.00220.05720.18490.0384-0.0010.0642-0.00960.1116-4.3497-2.59176.9742
242.21370.5824-0.03191.8083-0.44471.45760.0126-0.1869-0.18630.1337-0.06090.31290.1375-0.19210.05990.1047-0.02550.02070.12250.0050.185130.019617.681170.2784
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381.58530.4979-0.43411.0523-0.49021.03410.087-0.03210.0751-0.0121-0.0478-0.0579-0.11260.0946-0.0530.1078-0.0157-0.01970.082-0.00720.108762.168841.099163.5814
390.66070.172-0.34151.0471-0.08314.2784-0.01470.0335-0.0229-0.0989-0.0162-0.0763-0.044-0.03240.04350.0807-0.0112-0.01070.06710.00170.104658.983834.181556.1873
401.97660.03420.55011.5665-0.2120.187-0.01820.5967-0.0389-0.33650.0486-0.11550.2139-0.16670.0530.2222-0.06360.03970.2212-0.02190.145369.99437.126754.3108
413.6553-0.3375-3.19052.80642.3888.0633-0.03740.07640.0389-0.12-0.0661-0.3756-0.02250.28350.01390.111-0.0373-0.01480.1290.06060.197679.283940.287461.112
426.55794.2892.08644.89082.14021.840.4312-0.73230.23310.5588-0.46340.1841-0.0549-0.13530.06160.2555-0.05710.01720.2179-0.0250.103955.919637.105782.3839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 23 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 38 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 90 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 164 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 165 through 182 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 183 through 198 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 199 through 220 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 221 through 238 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 239 through 270 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 271 through 291 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 3 through 23 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 24 through 38 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 39 through 90 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 91 through 139 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 140 through 182 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 183 through 198 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 199 through 238 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 239 through 269 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 270 through 291 )B0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 3 through 23 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 24 through 182 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 183 through 220 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 221 through 291 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 3 through 90 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 91 through 220 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 221 through 291 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 3 through 23 )E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 24 through 90 )E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 91 through 164 )E0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 165 through 220 )E0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 221 through 240 )E0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 241 through 270 )E0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 271 through 291 )E0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 3 through 23 )F0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 24 through 38 )F0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 39 through 67 )F0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 68 through 89 )F0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 90 through 182 )F0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 183 through 220 )F0
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 221 through 241 )F0
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 242 through 269 )F0
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 270 through 291 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る