PDB-5f77: Crystal structure of Mutant S12T of adenosine/Methylthioadenosine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f77

タイトル

Crystal structure of Mutant S12T of adenosine/Methylthioadenosine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with Adenine

要素

Methylthioadenosine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Torini, J.R.S. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway.
著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2015年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f77.cif.gz	354.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f77.ent.gz	287.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f77	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4l5aC 4l5cC 4l5yC 4l6iSC 5f73C 5f76C 5f78C 5f7jC 5f7oC 5f7xC 5f7zC 5fakC 5f75 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f7z-2 5f7o-d 5f73-1 5fak-2 4l5y-2 5fak-1 4l6i-2 5f7z-1 4l5a-2 5f76-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methylthioadenosine phosphorylase

B: Methylthioadenosine phosphorylase

C: Methylthioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.460, 84.650, 75.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.280, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Trimer confirmed by gel filtration

#1: タンパク質	Methylthioadenosine phosphorylase 分子量: 35273.508 Da / 分子数: 3 / 断片: Enzyme / 変異: S12T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5 / PH範囲: 6.1-6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→72.88 Å / Num. all: 58891 / Num. obs: 58891 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4L6I

4l6i

解像度: 2.02→72.876 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2151	2982	5.07 %	Random selection
R_work	0.1682	55886	-	-
obs	0.1706	58868	99.11 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.02 Å² / B_iso mean: 33.8822 Å² / B_iso min: 13.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.02→72.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6542	0	45	647	7234
B_iso mean	-	-	43.42	39.41	-
残基数	-	-	-	-	858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6721
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.618	9122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1051
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.459	4003

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.02-2.0531	0.3032	159	0.2578	2615	2774	99
2.0531-2.0885	0.2764	172	0.2312	2616	2788	100
2.0885-2.1265	0.3002	137	0.2216	2680	2817	100
2.1265-2.1674	0.2632	137	0.2257	2712	2849	100
2.1674-2.2117	0.2704	132	0.2015	2654	2786	100
2.2117-2.2598	0.2516	141	0.1944	2702	2843	100
2.2598-2.3123	0.2703	146	0.1944	2629	2775	100
2.3123-2.3701	0.2446	141	0.1882	2661	2802	100
2.3701-2.4342	0.2373	118	0.1748	2673	2791	100
2.4342-2.5059	0.2315	134	0.175	2691	2825	100
2.5059-2.5868	0.2498	137	0.1739	2652	2789	99
2.5868-2.6792	0.2317	130	0.1677	2668	2798	99
2.6792-2.7865	0.2482	130	0.1694	2609	2739	98
2.7865-2.9133	0.2257	145	0.1692	2569	2714	95
2.9133-3.0669	0.2278	140	0.181	2663	2803	100
3.0669-3.2591	0.2268	162	0.1759	2688	2850	100
3.2591-3.5107	0.2206	143	0.1673	2668	2811	100
3.5107-3.864	0.1897	153	0.1497	2663	2816	99
3.864-4.423	0.1713	147	0.1298	2683	2830	99
4.423-5.5722	0.1567	121	0.1348	2642	2763	97
5.5722-72.9233	0.1748	157	0.1596	2748	2905	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5056	-0.5137	0.1784	0.8888	-0.1942	0.4946	0.0302	-0.0788	-0.0319	-0.0672	0.0661	0.2591	-0.0733	-0.1394	-0	0.2631	0.0011	0.041	0.162	0.0019	0.1884	46.2456	24.0343	106.2819
2	0.5587	-0.3599	-0.2354	0.4773	0.5575	0.6376	0.0107	-0.0522	-0.093	0.0255	0.0395	-0.1532	0.0332	0.0947	0.0034	0.2137	-0.0164	0.0053	0.1815	-0.0097	0.1673	57.9962	10.0807	107.979
3	0.9036	-0.4218	-0.6432	0.2957	-0.0492	1.1027	0.047	0.0384	-0.0999	-0.0238	-0.0252	0.0885	-0.0111	-0.074	0.0006	0.203	-0.0311	0.0228	0.1523	-0.0099	0.1697	54.4347	11.5087	104.5843
4	0.4139	0.3375	-0.1416	0.57	0.1137	0.2018	0.1839	-0.1299	0.2052	0.0847	-0.1238	0.1888	-0.165	0.1483	0	0.2552	-0.0615	0.0278	0.2301	0.0004	0.2389	85.6409	33.5185	89.5055
5	0.4854	0.2585	-0.5067	0.5649	-0.1942	0.4399	0.0765	-0.1507	-0.1276	-0.0112	-0.1729	-0.0334	0.0349	0.158	-0.0064	0.1418	-0.0128	-0.0206	0.2241	0.037	0.2058	86.7829	15.4847	91.4185
6	0.5637	0.0859	-0.108	0.5582	0.0643	0.4627	0.0814	-0.1781	-0.0032	0.1153	-0.1109	0.1286	-0.0767	0.121	-0	0.1621	-0.0636	0.0099	0.2189	0.0259	0.1471	83.5664	19.1624	98.3794
7	0.0535	0.0851	0.008	0.1383	-0.0744	0.0906	-0.0452	0.6484	0.15	-0.0973	0.1022	-0.0597	-0.1634	0.3365	-0.0001	0.2565	0.0099	0.0232	0.3636	0.0478	0.2214	87.9678	21.0661	70.7076
8	0.0173	0.0193	0.0665	0.0107	0.0338	0.0937	-0.1257	0.2664	0.1153	-0.2495	0.0923	0.1125	0.1017	0.0725	-0	0.268	0.0056	-0.0679	0.3046	-0.0035	0.2807	57.7422	9.34	58.5263
9	0.0531	0.062	0.0468	0.0816	0.0844	0.1694	-0.1582	0.1243	0.4351	-0.1049	-0.03	0.078	-0.2182	0.1241	-0.0103	0.2847	0.0846	-0.0878	0.2659	0.0253	0.4178	52.5351	21.6395	64.3945
10	0.1183	0.0327	0.0086	0.4573	-0.3486	0.2428	0.013	0.0407	0.1613	0.0294	-0.0253	0.2067	0.0097	0.0271	-0.0006	0.1598	0.0251	-0.0522	0.1893	-0.0036	0.2461	56.6489	12.4173	66.1019
11	0.1053	0.028	-0.1134	0.0156	-0.0442	0.1967	0.0534	-0.0475	0.0836	0.0896	-0.0854	-0.0327	0.0591	0.004	-0	0.2067	0.0121	0.0056	0.1992	-0.0278	0.2174	67.5692	2.2146	78.17
12	0.1625	-0.0829	0.154	0.0272	-0.0747	0.2608	0.0448	-0.1453	0.1451	0.1157	-0.1587	0.4781	-0.0669	-0.2826	-0.0001	0.2128	0.0079	0.0213	0.2611	-0.1146	0.396	49.6056	13.5435	82.4025
13	0.0912	0.0738	-0.0541	0.309	-0.0591	0.1289	0.267	0.1769	-0.5556	-0.2045	-0.1447	0.5777	0.2212	0.1546	0.0412	0.2754	0.0542	-0.0697	0.261	-0.0574	0.2363	60.7637	-9.942	68.874
14	0.174	-0.0402	0.0465	0.0355	-0.0553	0.0328	0.0394	0.0393	-0.0684	0.1364	-0.0935	0.0744	0.1439	0.037	-0.0001	0.2079	0.0352	0.0037	0.2307	-0.0268	0.1858	69.14	-7.7072	73.5153
15	0.0541	0.0873	0.0386	0.1549	0.0977	0.0391	0.0615	-0.1339	-0.068	-0.0331	-0.0907	-0.1855	0.0357	0.1875	-0.0019	0.2163	0.0049	-0.034	0.1852	0.0002	0.1939	75.9184	7.9518	83.9415
16	0.0528	0.1112	0.0264	0.2344	0.0318	0.0561	0.1332	0.0958	-0.0117	0.0689	-0.1018	0.183	0.0058	0.0049	-0	0.1856	-0.0213	-0.0007	0.2114	-0.029	0.2521	59.8041	6.9407	78.1432
17	0.0275	0.0248	-0.002	0.2076	0.0631	-0.0083	0.2161	-0.0195	-0.0183	-0.065	-0.0827	-0.2667	0.1244	0.014	0	0.2311	0.0247	0.016	0.2614	-0.0495	0.3831	71.8244	1.9701	73.3412
18	0.0546	-0.0431	-0.0558	0.0383	0.0539	0.4311	-0.0172	0.1536	0.1319	-0.2984	-0.0242	-0.0629	0.0837	0.1084	0.0007	0.2528	0.0501	-0.0285	0.2327	-0.0052	0.2224	67.3474	0.6228	60.2902
19	0.0207	-0.0272	0.0246	0.0781	-0.0577	0.3032	0.1167	-0.2363	0.1399	0.0789	0.1621	0.362	0.0872	-0.4295	0.0253	0.2095	0.0067	-0.0133	0.324	-0.0198	0.528	40.7911	4.5471	77.5479
20	0.0512	0.0458	-0.0264	-0.0104	0.0114	0.0054	0.0126	-0.0561	-0.0035	-0.117	0.2453	-0.3184	-0.103	0.2163	-0.0003	0.5755	-0.0314	0.2296	0.4977	-0.1394	0.7071	67.4302	11.1218	90.9192

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 90 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 182 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 183 through 291 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 91 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 92 through 182 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 183 through 269 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 270 through 294 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 3 through 23 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 24 through 38 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 39 through 91 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 92 through 114 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 115 through 139 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 140 through 164 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 165 through 181 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 182 through 198 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 199 through 220 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 221 through 242 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 243 through 270 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 271 through 292 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain 'A' and resid 301) or (chain 'B' and resid 301) or (chain 'C' and resid 301)	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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