PDB-5f76: Crystal structure of Mutant S12T of Adenosine/Methylthioadenosine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f76

タイトル

Crystal structure of Mutant S12T of Adenosine/Methylthioadenosine Phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with Methylthioadenosine

要素

Methylthioadenosine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Torini, J.R.S. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway.
著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2015年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f76.cif.gz	354.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f76.ent.gz	286.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f76_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f76_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5f76_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	5f76_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l5aSC 4l5cC 4l5yC 4l6iC 5f73C 5f77C 5f78C 5f7jC 5f7oC 5f7xC 5f7zC 5fakC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fak-2 5fak-1 4l6i-1 4l5a-2 4l5y-2 5f7j-2 5f77-d 5f7z-2 5f7j-1 4l5y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylthioadenosine phosphorylase

B: Methylthioadenosine phosphorylase

C: Methylthioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.810, 73.910, 81.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methylthioadenosine phosphorylase 分子量: 35273.508 Da / 分子数: 3 / 断片: Enzyme / 変異: S12T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン分子量: 297.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5 / PH範囲: 6.1-6.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→49.46 Å / Num. obs: 62658 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Rejects	% possible all
1.95-2	4	0.618	1	0	96.9
8.72-49.46	3.9	0.036	1	0	97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4L5A

4l5a

解像度: 1.95→49.459 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	3172	5.06 %	Random selection
R_work	0.1663	-	-	-
obs	0.1677	62633	96.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.459 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6550	0	75	742	7367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849	9209
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.634	4026
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1172

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9791	0.2803	147	0.2436	2576	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9791-2.01	0.2445	126	0.2154	2588	X-RAY DIFFRACTION	97
2.01-2.043	0.2285	127	0.2056	2574	X-RAY DIFFRACTION	97
2.043-2.0782	0.2249	138	0.2011	2608	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0782-2.116	0.2779	133	0.199	2600	X-RAY DIFFRACTION	97
2.116-2.1567	0.2199	146	0.1953	2550	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1567-2.2007	0.2489	130	0.1958	2576	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2007-2.2486	0.2196	126	0.1853	2343	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2486-2.3009	0.224	145	0.1781	2506	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3009-2.3584	0.1797	132	0.1709	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3584-2.4222	0.2198	138	0.1699	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4222-2.4935	0.1988	135	0.1787	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4935-2.5739	0.2242	127	0.174	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5739-2.6659	0.2096	139	0.1708	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6659-2.7727	0.1693	116	0.175	2631	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7727-2.8988	0.2044	144	0.1692	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8988-3.0517	0.2202	166	0.178	2597	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0517-3.2428	0.1927	133	0.1762	2459	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2428-3.4931	0.2016	136	0.1615	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4931-3.8445	0.1692	140	0.1446	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8445-4.4006	0.1693	149	0.1313	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4006-5.5431	0.1474	161	0.1336	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5431-49.4748	0.1565	138	0.1544	2610	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8953	-1.8229	0.0193	2.0035	-0.1033	2.481	0.0548	0.3164	-0.328	-0.2751	-0.0444	-0.3555	0.1073	0.4081	0.0153	0.1566	-0.0345	0.0529	0.2158	-0.0808	0.3232	40.7321	-16.907	8.3327
2	5.1299	2.1877	-1.4795	2.6575	-0.7736	2.369	0.0619	0.5006	0.0457	-0.2865	0.1913	-0.3888	-0.033	0.3596	-0.1964	0.2266	-0.022	0.0737	0.2643	-0.0736	0.3076	37.548	-24.7841	3.2229
3	0.8327	0.1234	-0.0145	1.4223	-0.0201	1.0044	-0.0423	0.0251	-0.0865	-0.0626	0.0633	-0.0925	-0.0332	0.1286	-0.0234	0.1203	-0.0068	0.0057	0.1455	-0.0387	0.1302	34.3848	-10.9494	14.4857
4	2.0159	-0.169	0.0379	1.0195	-0.2045	1.0046	-0.02	0.0685	0.022	-0.0875	0.0811	-0.0749	-0.0347	0.1063	-0.0513	0.1393	-0.0355	0.0117	0.1195	-0.0555	0.1349	31.8238	-9.2462	13.8368
5	1.2021	2.0496	-0.7404	3.5412	-1.5385	2.1262	-0.0129	-0.2534	-0.2201	0.1226	-0.0346	-0.2853	0.2651	0.2803	0.072	0.2314	0.0286	-0.0003	0.2383	0.0159	0.1162	11.3164	-30.3857	47.5654
6	0.664	0.2129	0.0247	0.7251	-0.1638	0.9374	0.0111	-0.0576	-0.0163	0.0708	0.0282	0.0236	-0.0281	-0.038	-0.039	0.1545	0.027	0.0155	0.1411	0.0328	0.129	10.8173	-18.3941	38.7065
7	0.479	-0.2051	0.2723	1.1007	-0.1939	1.876	-0.0126	-0.0351	-0.1063	0.1371	0.0695	0.001	-0.0148	0.0512	-0.0818	0.2173	0.0197	0.0266	0.1506	0.0173	0.1355	11.991	-17.8322	43.5843
8	0.7782	-0.1339	0.6039	1.3685	-0.0123	2.3047	-0.0657	0.4517	-0.3899	0.0351	0.0087	0.1439	0.1409	-0.5679	0.0323	0.1703	-0.0633	0.0369	0.3386	-0.0453	0.2793	-9.6749	-15.943	2.73
9	1.6987	0.0372	0.0658	1.8415	0.4001	1.1845	0.0103	0.3124	-0.111	-0.0455	-0.0005	0.2245	0.0835	-0.2664	-0.0146	0.1498	-0.0288	-0.0054	0.2519	0.0089	0.1898	-5.4099	-13.5072	4.7842
10	1.9796	-0.2672	-1.0518	1.6367	0.8256	1.4973	0.0331	0.0873	0.0292	0.0534	0.0334	-0.0127	0.0136	-0.0334	-0.0662	0.1369	0.0024	-0.0322	0.1197	0.04	0.1488	7.1819	-7.7459	10.0482
11	2.1947	-0.254	-0.268	1.5017	-0.0064	1.8056	0.0567	0.2179	0.7817	0.036	-0.0808	0.1941	-0.228	0.1189	-0.065	0.2155	0.0295	0.0251	0.2367	0.1385	0.4447	-5.9502	9.1935	7.3935
12	2.9615	-0.861	0.8683	1.3982	-1.3316	1.2626	-0.0386	-0.0932	0.3147	0.2257	-0.0003	0.1323	-0.2225	-0.0553	0.0392	0.1875	0.0321	0.0266	0.1361	-0.0043	0.2046	0.8244	0.0892	22.8156
13	1.6586	0.2234	0.0907	1.5956	0.2836	1.6423	0.002	-0.1066	0.1002	0.2043	0.0391	0.1636	-0.117	-0.1271	-0.0226	0.1899	0.0168	0.0147	0.1562	0.0312	0.2063	0.3491	-4.5173	15.3689
14	2.8883	-0.0328	-3.0039	1.0584	0.198	3.7629	-0.0359	0.1891	0.3281	-0.0019	-0.0008	-0.0286	0.4689	-0.3794	0.0678	0.1662	0.0218	-0.0143	0.2013	0.0243	0.3172	-15.5297	-2.1625	12.0081
15	6.2259	-2.9329	3.4656	4.0595	-2.8976	3.4408	0.1985	0.8053	0.0517	-0.4323	-0.1379	-0.0915	-0.0198	0.1926	-0.0469	0.3156	-0.0168	0.0386	0.2909	0.0198	0.1479	8.9184	-5.0747	-7.6477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 182 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 183 through 292 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 23 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 220 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 221 through 291 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 3 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 39 through 91 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 92 through 139 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 140 through 164 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 165 through 198 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 199 through 242 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 243 through 270 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 271 through 291 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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