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- PDB-5f6q: Crystal Structure of Metallothiol Transferase from Bacillus anthr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6q
タイトルCrystal Structure of Metallothiol Transferase from Bacillus anthracis str. Ames
要素Metallothiol transferase FosB 2
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta fold / PSI-Biology / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / response to antibiotic / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metallothiol transferase FosB / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallothiol transferase FosB 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Metallothiol Transferase from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2015年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallothiol transferase FosB 2
B: Metallothiol transferase FosB 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,48815
ポリマ－33,6422
非ポリマー84613
水4,324240
1
A: Metallothiol transferase FosB 2
ヘテロ分子

A: Metallothiol transferase FosB 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,35112
ポリマ－33,6422
非ポリマー70910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
2
B: Metallothiol transferase FosB 2
ヘテロ分子

B: Metallothiol transferase FosB 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,62418
ポリマ－33,6422
非ポリマー98216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-269 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.873, 84.793, 109.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-424-

HOH

21B-415-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallothiol transferase FosB 2 / Fosfomycin resistance protein 2


分子量: 16821.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: fosB2, fosB-2, BA_4109, GBAA_4109, BAS3818 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic
参照: UniProt: Q81W73, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

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非ポリマー , 6種, 253分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate; 0.1M BIS-TRIS pH 6.5; 25% PEG 3350
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 60636 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JDI

4jdi


解像度: 1.52→27.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.728 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16941 3077 5.1 %RANDOM
Rwork0.14517 ---
obs0.1464 57550 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.358 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.89 Å20 Å20 Å2
2--1.86 Å20 Å2
3---16.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.52→27.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 36 240 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9563409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89235514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3665300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.49224.676139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.70515468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9311515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.072.3971173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0412.3961172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4033.5991482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4133.5991483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8012.7971348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8032.7971348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1444.0481928
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.56720.292950
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.38719.7192838
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.76434916
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.388567
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.32655041
LS精密化 シェル解像度: 1.519→1.558 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 216 -
Rwork0.233 3851 -
obs--90.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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