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万見
- PDB-5f6m: Isotropic Trypsin Model for Comparison of Diffuse Scattering -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6m
タイトルIsotropic Trypsin Model for Comparison of Diffuse Scattering
要素Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE / serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Van Benschoten, A.H. / Wall, M.E. / Fraser, J.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Measuring and modeling diffuse scattering in protein X-ray crystallography.
著者: Van Benschoten, A.H. / Liu, L. / Gonzalez, A. / Brewster, A.S. / Sauter, N.K. / Fraser, J.S. / Wall, M.E.
履歴
登録2015年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32016年6月22日Group: Database references
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5814
ポリマ－23,3241
非ポリマー2563
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.810, 58.510, 67.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Lyophilized bovine pancreas trypsin was purchased from Sigma-Aldrich (T1005) and dissolved at a concentration of 30 mg/mL into 30mM HEPES pH 7.0, 5 mg/mL benzamidine and 3mM CaCl2. Crystals ...詳細: Lyophilized bovine pancreas trypsin was purchased from Sigma-Aldrich (T1005) and dissolved at a concentration of 30 mg/mL into 30mM HEPES pH 7.0, 5 mg/mL benzamidine and 3mM CaCl2. Crystals were obtained from a solution of 200mM Ammonium sulfate, 100mM Na cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000 and 15% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→26.837 Å / Num. obs: 70752 / % possible obs: 79.94 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 20.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IBG

4ibg


解像度: 1.1→26.837 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1545 3526 4.98 %
Rwork0.1448 67226 -
obs0.1453 70752 79.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.57 Å2 / Biso mean: 15.1088 Å2 / Biso min: 6.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→26.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 24 228 1881
Biso mean--20.79 29.56 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6162809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.609749
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1001-1.11510.3325260.241649652215
1.1151-1.13110.1795390.234885789626
1.1311-1.14790.1832540.20471083113732
1.1479-1.16590.2265620.2041339140140
1.1659-1.1850.2222740.19531584165848
1.185-1.20540.2031020.18691857195955
1.2054-1.22730.18271100.1832094220464
1.2273-1.25090.191050.17892446255172
1.2509-1.27650.17071200.16762898301886
1.2765-1.30420.18641630.16743151331495
1.3042-1.33460.17131770.16113247342497
1.3346-1.36790.17861710.15763190336197
1.3679-1.40490.17151850.15583227341296
1.4049-1.44630.16011630.14923194335796
1.4463-1.49290.14841820.14283243342597
1.4929-1.54630.15981840.14353259344397
1.5463-1.60820.13631880.14283274346297
1.6082-1.68140.15241550.13773270342597
1.6814-1.770.14011860.1383322350898
1.77-1.88090.14171950.13793296349199
1.8809-2.02610.14231850.13243353353899
2.0261-2.22990.14431700.13293343351398
2.2299-2.55230.15941790.14663369354898
2.5523-3.21480.15891580.15393343350196
3.2148-26.84530.14441930.12993491368497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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