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- PDB-5f5a: Crystal Structure of human JMJD2D complexed with KDOAM16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f5a
タイトルCrystal Structure of human JMJD2D complexed with KDOAM16
要素Lysine-specific demethylase 4D
キーワードOXIDOREDUCTASE / DOUBLE-STRANDED BETA HELIX / DEMETHYLASE / OXYGENASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chromatin binding / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / regulation of protein phosphorylation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / HDMs demethylate histones ...positive regulation of chromatin binding / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / regulation of protein phosphorylation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / HDMs demethylate histones / double-strand break repair via homologous recombination / chromatin DNA binding / site of double-strand break / regulation of gene expression / blood microparticle / damaged DNA binding / chromatin remodeling / inflammatory response / chromatin / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls ...JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5V0 / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Krojer, T. / Vollmar, M. / Crawley, L. / Bradley, A.R. / Szykowska, A. / Ruda, G.F. / Yang, H. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P. / Bountra, C. ...Krojer, T. / Vollmar, M. / Crawley, L. / Bradley, A.R. / Szykowska, A. / Ruda, G.F. / Yang, H. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Oppermann, U. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. / Velupillai, S. / Krojer, T. / England, K.S. / Sejberg, J. / Thai, C. / Donovan, A. / Pal, A. / Scozzafava, G. / Bennett, J.M. / Kawamura, A. / Johansson, C. / Szykowska, A. / Gileadi, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Walters, Z. / Shipley, J. / Raynaud, F.I. / Westaway, S.M. / Prinjha, R.K. / Fedorov, O. / Burke, R. / Schofield, C.J. / Westwood, I.M. / Bountra, C. / Muller, S. / van Montfort, R.L. / Brennan, P.E. / Blagg, J.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Structure summary
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,56521
ポリマ－40,0171
非ポリマー1,54720
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.280, 71.280, 150.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4D / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3D / Jumonji domain-containing protein 2D


分子量: 40017.348 Da / 分子数: 1 / 断片: Oxidoreductase-2OG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4D, JHDM3D, JMJD2D / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 6種, 364分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-5V0 / 2-[(furan-2-ylmethylamino)methyl]pyridine-4-carboxylic acid


分子量: 232.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG3350 , 0.1M HEPES pH 7.0 , 0.25M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→50.4 Å / Num. obs: 75484 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 986424
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
1.41-1.4512.80.7223.77025554770.9010.207
6.31-50.412.20.06740.11231310100.9990.02

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D6Q

4d6q


解像度: 1.41→50.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.502 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1647 3769 5 %RANDOM
Rwork0.1311 ---
obs0.1328 71618 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.88 Å2 / Biso mean: 19.075 Å2 / Biso min: 6.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.41→50.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2650 0 91 344 3085
Biso mean--31.53 35.78 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.944076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.992.9936302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2875372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89323.706143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96215474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8311516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.611.5931425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.611.5941426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1372.3991816
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.73435736
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.7315103
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.88355891
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.447 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 289 -
Rwork0.154 5183 -
all-5472 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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