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- PDB-5f4y: Structure of the SD2 domain of Human Shroom2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f4y
タイトルStructure of the SD2 domain of Human Shroom2
要素Protein Shroom2
キーワードPROTEIN BINDING / coiled-coil / Rock-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


eye pigment granule organization / establishment of melanosome localization / cellular pigment accumulation / ligand-gated sodium channel activity / lens morphogenesis in camera-type eye / ear development / camera-type eye morphogenesis / melanosome organization / apical protein localization / camera-type eye development ...eye pigment granule organization / establishment of melanosome localization / cellular pigment accumulation / ligand-gated sodium channel activity / lens morphogenesis in camera-type eye / ear development / camera-type eye morphogenesis / melanosome organization / apical protein localization / camera-type eye development / apical junction complex / bicellular tight junction / actin filament organization / adherens junction / brain development / beta-catenin binding / actin filament binding / cell migration / actin binding / microtubule / cytoskeleton / apical plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apx/Shrm Domain 1 / Apx/Shroom domain ASD1 / ASD1 domain profile. / Apx/Shrm Domain 2 / Shroom family / Apx/Shroom domain ASD2 / ASD2 domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...Apx/Shrm Domain 1 / Apx/Shroom domain ASD1 / ASD1 domain profile. / Apx/Shrm Domain 2 / Shroom family / Apx/Shroom domain ASD2 / ASD2 domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.293 Å
データ登録者Mo, J.H. / Zalewski, J.K. / Heroux, A. / VanDemark, A.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097204 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Shroom-Rho Kinase Complex Reveals a Binding Interface with Monomeric Shroom That Regulates Cell Morphology and Stimulates Kinase Activity.
著者: Zalewski, J.K. / Mo, J.H. / Heber, S. / Heroux, A. / Gardner, R.G. / Hildebrand, J.D. / VanDemark, A.P.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Shroom2
B: Protein Shroom2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1082
ポリマ－42,1082
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.887, 110.000, 118.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein Shroom2 / Apical-like protein / Protein APXL


分子量: 21053.957 Da / 分子数: 2 / 断片: ASD2 domain residues 1427-1610 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHROOM2, APXL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q13796

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.13 % / 解説: Thin, square plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 200 mM Magnesium Chloride, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.293→50 Å / Num. obs: 8522 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 3.293→3.36 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2219)精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3THF

3thf


解像度: 3.293→14.932 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2989 1018 12.07 %Random selection
Rwork0.2466 ---
obs0.2531 8431 91.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.293→14.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2575 0 0 0 2575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4533478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1411024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.293-3.46460.39061500.308939X-RAY DIFFRACTION85
3.4646-3.67860.3881050.28851089X-RAY DIFFRACTION92
3.6786-3.95780.34891530.26261110X-RAY DIFFRACTION95
3.9578-4.34710.29371530.25061042X-RAY DIFFRACTION94
4.3471-4.95590.27821530.22431059X-RAY DIFFRACTION92
4.9559-6.16980.34291530.30181065X-RAY DIFFRACTION92
6.1698-14.93210.25731510.21121109X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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