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- PDB-5f4w: Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f4w
タイトルTagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes in complex with TBP
要素Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
キーワードLYASE / Covalent intermediate / Acidic pH / Substrate / Aldolase / Class I
機能・相同性
機能・相同性情報


tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity
類似検索 - 分子機能
Tagatose 1,6-diphosphate aldolase / : / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-D-tagatose / Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.663 Å
データ登録者LowKam, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NON-STEREOSPECIFIC SUBSTRATE CLEAVAGE BY TAGATOSE-BISPHOSPHATE CLASS I ALDOLASE
著者: LowKam, C. / Liotard, B. / Sygusch, J.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,29414
ポリマ-146,4824
非ポリマー81210
26,2481457
1
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9028
ポリマ-73,2412
非ポリマー6616
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3926
ポリマ-73,2412
非ポリマー1514
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.955, 107.373, 237.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 / D-tagatose-1 / 6-bisphosphate aldolase 2 / Tagatose-bisphosphate aldolase 2


分子量: 36620.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: lacD2, lacD.2, SPy_1919, M5005_Spy1635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63705, tagatose-bisphosphate aldolase

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非ポリマー , 5種, 1467分子

#2: 化合物 ChemComp-P6T / 1,6-di-O-phosphono-D-tagatose / D-タガト-ス1,6-ビスりん酸


分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O12P2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / : C3H7O6P
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1457 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris Acetate, Calcium Acetate, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.663→50 Å / Num. obs: 170703 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Net I/σ(I): 15.98
反射 シェル解像度: 1.94→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MHF
解像度: 1.663→49.876 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 1764 1.17 %
Rwork0.1733 --
obs0.1737 150379 78.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.663→49.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10246 0 36 1460 11742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01210666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28814428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0074004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6634-1.70830.5376290.53442199X-RAY DIFFRACTION15
1.7083-1.75860.4829610.43425498X-RAY DIFFRACTION38
1.7586-1.81540.3777880.3798049X-RAY DIFFRACTION56
1.8154-1.88030.33131220.31259975X-RAY DIFFRACTION69
1.8803-1.95550.3261450.260911496X-RAY DIFFRACTION79
1.9555-2.04450.26241540.220712423X-RAY DIFFRACTION86
2.0445-2.15230.20951510.194412961X-RAY DIFFRACTION89
2.1523-2.28720.20691650.181613479X-RAY DIFFRACTION92
2.2872-2.46380.20691630.172813883X-RAY DIFFRACTION95
2.4638-2.71170.22351640.170914152X-RAY DIFFRACTION97
2.7117-3.1040.18651670.166414478X-RAY DIFFRACTION98
3.104-3.91050.17251750.139714790X-RAY DIFFRACTION100
3.9105-49.89790.1741800.141715232X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.55680.34561.32628.8983-1.36915.32170.1649-0.0396-0.1632-0.114-0.1605-0.00640.18290.0082-0.05030.11110.03780.04130.2856-0.03130.153861.965755.242935.2684
26.88213.15693.52991.5021.86253.5711-0.03260.8541.7133-1.1143-0.59531.4782-1.23360.13730.55511.10430.2517-0.27370.5953-0.0040.838961.376784.644328.2934
33.63680.21530.93221.8435-0.79482.678-0.04950.34470.3988-0.0115-0.0882-0.2448-0.34650.37520.14970.2771-0.03460.03020.30550.05060.271266.178368.222928.3091
42.8114-0.5678-0.70431.88330.85372.63050.05560.20660.1503-0.11520.02630.0729-0.0985-0.0929-0.08480.19560.00590.0030.27040.05710.196647.739961.771127.4396
54.4071-1.26512.29832.2824-1.86717.7412-0.0408-0.24861.433-0.19980.05220.5313-0.6586-1.02080.04910.31340.0580.01850.2837-0.02360.482341.135677.598342.3395
62.8836-0.357-0.95153.25052.71085.51730.0911-0.04970.18060.0496-0.1220.12360.086-0.23530.03990.14380.03110.01750.18940.03840.14944.760260.552940.1941
76.4127-2.6941-2.11362.53470.98956.09370.0695-1.07040.77530.632-0.192-0.2144-0.508-0.5727-0.01620.29070.05150.00830.5262-0.17970.340647.140873.606655.98
84.77422.89180.68744.10350.65392.99460.065-0.30780.33580.0845-0.10330.1689-0.1007-0.22660.0180.15940.0430.00230.2183-0.01110.18555.713765.050146.8326
94.81291.9716-0.36796.3399-3.60525.2931-0.1334-0.09410.55310.3923-0.1866-0.6329-1.33560.59460.36840.7729-0.1666-0.10120.38590.00980.527873.776679.705336.8961
106.20572.74642.24879.19855.48124.2035-0.1476-0.2920.088-0.23880.0312-0.3161-0.0777-0.09260.05670.19710.0356-0.02230.24690.00660.126464.835160.734548.3822
115.8426-1.68590.92095.22.54896.15470.1950.2247-0.3446-0.03960.1013-0.1460.9745-0.1159-0.28830.3886-0.1001-0.00970.48530.00070.211739.296139.33279.1911
122.2272-0.14723.01998.6479-3.03116.6004-0.2775-0.52880.8552-0.15610.16071.2334-0.8837-1.48320.11320.59040.2219-0.11391.1525-0.01990.659818.810158.9966.1431
132.96111.53550.28382.23690.89272.36920.04580.13150.17440.0378-0.00270.29170.1133-0.6579-0.0350.25990.0082-0.04520.56570.05550.212131.763450.912910.0168
142.07591.1008-0.24192.4725-1.1563.5841-0.0430.26470.091-0.1260.1144-0.0236-0.04960.007-0.0670.23580.0202-0.01320.41760.00980.189446.030454.177110.903
152.98040.74493.16051.53281.78794.1094-0.5590.46620.7101-0.66230.2840.078-1.02680.50990.23440.6633-0.1326-0.08270.66820.14020.364444.049464.4154-9.9272
160.3120.6569-0.25662.1717-0.74526.0088-0.09890.55440.0267-0.33930.2164-0.02310.0540.5033-0.08070.2951-0.04760.00180.58210.00110.212550.347851.676-1.2769
171.3814-0.8436-1.02855.6172-1.06424.5105-0.12540.5148-0.085-0.78910.40.353-0.0930.354-0.29380.5553-0.1757-0.07330.8760.04140.268744.103951.1702-20.3068
182.99771.11852.37562.024-0.26056.3465-0.01640.40860.04-0.18030.1170.04550.0249-0.1341-0.12820.4368-0.026-0.04540.6085-0.0180.220441.662644.1165-7.0345
198.8378-2.1633.83034.0051-1.25622.0522-0.27340.07-0.097-0.4157-0.27280.88220.0976-1.5186-0.19910.50010.0025-0.14391.27440.03570.386616.201146.4675-0.523
206.495-0.74553.64925.22851.92929.47790.00460.512-0.78320.06950.2176-0.00960.7031-0.1991-0.22460.5938-0.1389-0.03990.50770.00320.226137.196835.0757-4.2128
212.41851.0753-1.65398.2250.57095.15770.22080.03380.1739-0.0117-0.1778-0.0563-0.45710.155-0.06250.1073-0.0149-0.02850.29050.01660.183230.503854.765147.4308
223.1994-0.6331.0814.8343-1.18445.0335-0.206-0.3262-0.9306-0.1462-0.0852-0.34721.07760.3480.27670.50850.04220.19140.38350.12370.542132.910626.503858.1812
232.1604-0.37520.2954.2113-3.31936.9304-0.0697-0.2213-0.2687-0.0171-0.1621-0.26630.19650.42120.24230.16790.02370.01550.27680.03770.261437.739840.666253.7444
241.9211-0.08810.12282.8039-0.73354.04710.1151-0.4854-0.37390.0132-0.2983-0.05210.01990.25660.17510.17930.0715-0.010.1650.05180.198626.531842.507155.2741
255.63752.29151.86562.20751.47713.50940.0429-0.2619-0.18040.1511-0.05430.01830.1819-0.10260.03320.19260.02650.01680.14480.03660.211516.530943.364457.0292
264.96985.97271.31828.40712.06523.30750.0001-0.25640.09710.0084-0.1170.174-0.1104-0.1190.12310.16790.00850.00530.16920.03280.145514.902152.184957.4284
272.291.1160.24014.61.57862.7172-0.07370.1738-0.2995-0.02420.00130.13710.1495-0.14990.07150.1439-0.00880.02250.2057-0.00240.195512.363342.311843.6898
283.24020.3085-0.5383.54181.13453.688-0.13310.4717-0.3406-0.2488-0.11380.08240.3491-0.18790.18360.2389-0.01350.0420.2502-0.0270.207619.94840.636432.7079
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302.96841.43521.34574.1263-2.09963.359-0.13760.4175-0.1805-0.0217-0.0742-0.08750.1735-0.0180.19710.20530.00160.040.36280.00490.147633.244146.539235.8678
317.25372.895-2.27937.9877-0.19787.7881-0.0481-0.2170.2747-0.08760.1397-0.4771-0.72970.3232-0.08810.33170.00280.02870.2866-0.06310.2488.620569.564173.8604
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334.6729-2.84530.01794.15480.69272.99620.1471-0.126-0.0947-0.0778-0.12230.4158-0.2185-0.5966-0.01680.226-0.01530.0540.3512-0.00350.1967-3.566459.998973.1084
342.5798-1.48751.60053.2154-2.19195.8687-0.0076-0.2426-0.13340.1802-0.0357-0.04820.16820.21570.01920.1693-0.0320.05070.25320.02190.194110.820349.807372.6693
353.8148-3.91140.44538.3265-1.29324.14480.0551-0.22610.03190.1036-0.0923-0.0548-0.10360.4640.04410.1339-0.06470.01050.2549-0.00040.144616.969754.58669.4593
361.86910.9439-1.2284.9178-2.1416.64990.037-0.572-0.30220.55040.021-0.04430.18980.3868-0.05410.35220.02490.00750.52860.03140.225315.830649.483688.5172
370.2372-0.45520.0251.47611.2563.3239-0.0657-0.6307-0.03850.40290.1380.11950.28090.1311-0.06310.33350.00060.0360.66450.04180.208712.363556.292992.5166
380.4757-0.5179-0.22830.5402-0.19233.75670.1082-0.62520.11670.22130.0068-0.00410.00690.0437-0.0930.4747-0.10810.05620.6095-0.06670.26959.059862.680891.1826
395.03630.0639-0.34431.58320.38013.2460.1622-0.76120.30880.4503-0.31850.61230.2696-0.85650.14840.5019-0.04490.16070.6186-0.04880.325-11.014764.60385.7663
404.4032-1.11053.29123.3341.95665.0101-0.14450.00481.084-0.42420.602-0.7958-2.01042.8437-0.48890.7828-0.35640.05110.6912-0.14480.49515.615973.988280.4307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:30)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 31:44)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 45:97)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 98:169)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 170:180)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 181:210)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 211:233)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 234:284)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 285:306)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 307:324)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 3:29)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 30:52)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 53:110)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 111:168)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 169:179)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 180:211)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 212:233)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 234:280)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 281:307)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 308:324)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 2:27)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 28:51)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 52:82)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 83:97)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 98:138)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 139:159)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 160:210)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 211:276)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 277:303)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 304:326)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 1:27)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 28:51)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 52:97)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 98:137)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 138:161)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 162:196)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 197:225)
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 226:284)
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 285:320)
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 321:326)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る