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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f4w | ||||||
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タイトル | Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes in complex with TBP | ||||||
![]() | Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 | ||||||
![]() | LYASE / Covalent intermediate / Acidic pH / Substrate / Aldolase / Class I | ||||||
機能・相同性 | ![]() tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | LowKam, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NON-STEREOSPECIFIC SUBSTRATE CLEAVAGE BY TAGATOSE-BISPHOSPHATE CLASS I ALDOLASE 著者: LowKam, C. / Liotard, B. / Sygusch, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 783.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 664 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 898.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 908.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 96 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36620.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lacD2, lacD.2, SPy_1919, M5005_Spy1635 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1467分子 








#2: 化合物 | ChemComp-P6T / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-13P / | #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris Acetate, Calcium Acetate, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.663→50 Å / Num. obs: 170703 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Net I/σ(I): 15.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 88 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3MHF 解像度: 1.663→49.876 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.663→49.876 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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