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Yorodumi- PDB-5f2m: Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f2m | ||||||
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Title | Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes in complex with competitive inhibitor hexitol-1,6-bisphosphate | ||||||
Components | Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 | ||||||
Keywords | LYASE/LYASE INHIBITOR / Covalent intermediate / Substrate / Aldolase / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | LowKam, C. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: NON-STEREOSPECIFIC SUBSTRATE CLEAVAGE BY TAGATOSE-BISPHOSPHATE CLASS I ALDOLASE Authors: LowKam, C. / Liotard, B. / Sygusch, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f2m.cif.gz | 782.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f2m.ent.gz | 663.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f2m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5f2gC 5f2iC 5f2lC 5f4sC 5f4wC 5ff7C 3mhfS 5f2j C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36620.457 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) Gene: lacD2, lacD.2, SPy_1919, M5005_Spy1635 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63705, tagatose-bisphosphate aldolase #2: Chemical | ChemComp-M2P / | #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Tris Acetate, Calcium Acetate, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.015 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.015 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→45.204 Å / Num. obs: 120096 / % possible obs: 94.98 % / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→2.07 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 86.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3MHF Resolution: 1.92→45.204 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 21.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→45.204 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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