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Yorodumi- PDB-5f4w: Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes in... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5f4w | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes in complex with TBP | ||||||
Components | Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 | ||||||
Keywords | LYASE / Covalent intermediate / Acidic pH / Substrate / Aldolase / Class I | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.663 Å | ||||||
Authors | LowKam, C. | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: NON-STEREOSPECIFIC SUBSTRATE CLEAVAGE BY TAGATOSE-BISPHOSPHATE CLASS I ALDOLASE Authors: LowKam, C. / Liotard, B. / Sygusch, J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5f4w.cif.gz | 783.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5f4w.ent.gz | 664 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5f4w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5f4w_validation.pdf.gz | 898.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5f4w_full_validation.pdf.gz | 908.9 KB | Display | |
| Data in XML | 5f4w_validation.xml.gz | 63.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5f4w_validation.cif.gz | 96 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4w | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5f2gC ![]() 5f2iC ![]() 5f2lC ![]() 5f2mC ![]() 5f4sC ![]() 5ff7C ![]() 3mhfS ![]() 5f2j C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 36620.457 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria)Gene: lacD2, lacD.2, SPy_1919, M5005_Spy1635 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1467 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-P6T / | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-13P / | #5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.85 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Tris Acetate, Calcium Acetate, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.663→50 Å / Num. obs: 170703 / % possible obs: 92.9 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Net I/σ(I): 15.98 |
| Reflection shell | Resolution: 1.94→1.98 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 88 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3MHF Resolution: 1.663→49.876 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 28.1 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.663→49.876 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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