PDB-5f4m: Protruding domain of GII.17 norovirus Kawasaki323

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f4m

タイトル

Protruding domain of GII.17 norovirus Kawasaki323

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / capsid protein / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus 13-BH-1/2013/GII.17 (ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural Evolution of the Emerging 2014-2015 GII.17 Noroviruses.
著者: Singh, B.K. / Koromyslova, A. / Hefele, L. / Gurth, C. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f4m.cif.gz	258.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f4m.ent.gz	208.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f4jC 5f4oC 4oosS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x0c-d 1uvn-2 4wze-d 5lkg-d 5kon-d 5iyp-d 6jyo-1 4z4y-d 5j3o-d 5iyr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.510, 121.510, 156.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLY	GLY	chain A	A	A	221 - 528	1 - 308
2	SER	SER	chain B	B	B	224 - 528	4 - 308

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34085.926 Da / 分子数: 2 / 断片: P DOMAIN (UNP residues 225-530) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus 13-BH-1/2013/GII.17 (ウイルス) プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7CJV4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Magnesium Chloride, PEG8000, Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月12日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54179 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.24→19.61 Å / Num. obs: 106195 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.73 Å² / R_merge F obs: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_rim(I) all: 0.176 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 7.76 / Num. measured all: 495136

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.24-2.3		0.696	0.879	1.7	28676	7981	6893	1.001	86.4
2.3-2.36		0.801	0.675	2.35	35581	7725	7723	0.764	100
2.36-2.43		0.792	0.658	2.4	34842	7533	7532	0.743	100
2.43-2.51		0.831	0.588	2.68	33911	7308	7306	0.664	100
2.51-2.59		0.872	0.482	3.27	33158	7119	7117	0.544	100
2.59-2.68		0.9	0.416	3.77	32053	6871	6869	0.47	100
2.68-2.78		0.93	0.338	4.56	30776	6566	6565	0.381	100
2.78-2.9		0.955	0.273	5.59	30009	6391	6388	0.308	100
2.9-3.02		0.965	0.22	6.76	28770	6112	6112	0.248	100
3.02-3.17		0.977	0.175	8.27	27440	5822	5821	0.197	100
3.17-3.34		0.984	0.144	9.9	26226	5572	5571	0.162	100
3.34-3.55		0.987	0.127	10.97	24735	5250	5249	0.143	100
3.55-3.79		0.99	0.102	13.54	23126	4900	4900	0.115	100
3.79-4.09		0.991	0.092	14.82	21825	4617	4617	0.103	100
4.09-4.48		0.992	0.08	16.52	20102	4235	4234	0.09	100
4.48-5.01		0.993	0.076	17.44	18128	3805	3805	0.086	100
5.01-5.79		0.993	0.076	16.55	16339	3393	3393	0.086	100
5.79-7.09		0.994	0.073	16.67	13770	2846	2846	0.082	100
7.09-10.03		0.995	0.06	19.26	10611	2194	2194	0.067	100
	10.03	0.996	0.054	21.37	5058	1226	1060	0.061	86.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.61 Å	19.61 Å
Translation	6.61 Å	19.61 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: homology model based on 4OOS

4oos

解像度: 2.27→19.606 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	2732	5 %
R_work	0.1594	51920	-
obs	0.1608	54652	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.92 Å² / B_iso mean: 38.856 Å² / B_iso min: 11.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.27→19.606 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4793	0	8	344	5145
B_iso mean	-	-	35.76	38.32	-
残基数	-	-	-	-	613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4942
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	6755
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	725
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.018	1783

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2806	X-RAY DIFFRACTION	4.625	TORSIONAL
1	2	B	2806	X-RAY DIFFRACTION	4.625	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.27-2.3091	0.2769	135	0.2204	2547	2682
2.3091-2.351	0.2668	135	0.2024	2564	2699
2.351-2.3962	0.2093	134	0.1963	2554	2688
2.3962-2.445	0.2181	135	0.2023	2561	2696
2.445-2.498	0.2255	133	0.1947	2550	2683
2.498-2.556	0.2523	135	0.1912	2561	2696
2.556-2.6198	0.2149	135	0.1815	2557	2692
2.6198-2.6905	0.218	135	0.1794	2576	2711
2.6905-2.7694	0.2254	135	0.1743	2581	2716
2.7694-2.8586	0.1962	135	0.1748	2559	2694
2.8586-2.9604	0.209	138	0.1709	2609	2747
2.9604-3.0785	0.1908	134	0.1656	2554	2688
3.0785-3.218	0.1899	136	0.1573	2576	2712
3.218-3.3869	0.1744	137	0.1563	2602	2739
3.3869-3.5979	0.1906	136	0.148	2603	2739
3.5979-3.8737	0.1433	138	0.1352	2611	2749
3.8737-4.2599	0.1572	136	0.1279	2612	2748
4.2599-4.868	0.1579	140	0.129	2657	2797
4.868-6.1024	0.166	141	0.1602	2680	2821
6.1024-19.6072	0.1772	149	0.1547	2806	2955

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5389	0.167	0.513	1.2147	-0.754	1.1426	0.0822	-0.1454	0.1151	0.4655	0.1148	0.5074	-0.2339	0.0082	-0.188	0.3838	-0.0007	0.1317	0.2216	0.0135	0.3895	-35.4578	-1.7091	-9.1965
2	2.8199	-0.8188	1.1864	2.8505	-0.7474	3.8835	-0.1881	0.0734	-0.0466	-0.1825	0.0962	0.8852	0.1765	-0.3762	-0.1039	0.2634	-0.0504	-0.0466	0.24	0.0391	0.5706	-44.4922	-6.4416	-23.2688
3	1.25	-0.2814	-0.523	1.5842	0.0725	1.8444	0.0004	0.2461	0.1136	-0.5095	0.181	0.9411	0.0342	-0.373	-0.0816	0.3822	-0.0266	-0.2035	0.3351	0.1055	0.7224	-47.7893	-0.8376	-32.4458
4	1.6466	0.6072	1.0212	0.4478	1.0409	2.7407	0.0268	0.5508	0.1364	-0.9089	0.3135	0.735	-0.3478	0.0529	0.2429	0.6014	-0.0165	-0.2486	0.3407	0.1198	0.4995	-41.6269	1.7006	-37.8857
5	0.9448	0.2156	-0.3695	1.8251	-0.0522	0.5289	0.0543	-0.0717	0.1986	0.4655	0.0806	0.8825	-0.2187	-0.1187	-0.0874	0.3587	-0.0003	0.1286	0.236	0.0019	0.4964	-40.7097	4.396	-13.9637
6	0.3763	-0.031	0.5573	2.72	-0.0776	2.6531	0.0588	-0.1361	-0.011	1.0759	0.0172	0.2567	-0.265	0.184	-0.0521	0.6804	-0.0259	0.1491	0.3124	0.0051	0.3278	-30.723	-1.9115	1.877
7	0.8984	0.8538	-0.2833	3.4375	-0.8925	0.1958	-0.1023	0.0822	-0.091	-0.3481	0.0532	-0.0766	0.0994	0.0834	0.021	0.3416	-0.0057	0.0282	0.2679	0.0086	0.2283	-24.8027	-14.3588	-28.0449
8	1.7018	-0.3331	-0.5874	3.49	0.2458	1.2406	0.0188	0.0919	0.0587	-0.3624	-0.0335	-0.314	-0.0238	0.069	-0.0035	0.2691	-0.0228	0.0515	0.23	0.0321	0.1996	-18.1102	0.6025	-31.5156
9	2.7954	2.3453	0.7858	4.7076	0.2265	2.4764	-0.125	0.2673	0.3356	-0.7784	0.0809	0.3338	-0.0642	0.0472	0.0269	0.3672	0.0152	-0.0009	0.2362	0.0598	0.2549	-24.5493	5.273	-35.5987
10	0.6593	0.5384	-0.1163	3.4144	-0.8335	0.6623	-0.0686	0.1056	-0.1059	-0.4946	0.0699	0.0095	0.1486	-0.0317	-0.0168	0.3291	0.0032	0.0106	0.1989	-0.0258	0.2244	-27.9167	-25.3835	-28.5008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 221 through 267 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 268 through 293 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 294 through 371 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 372 through 391 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 392 through 462 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 463 through 528 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 224 through 299 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 300 through 371 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 372 through 391 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 392 through 528 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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