PDB-5f4e: Crystal structure of the human sperm Izumo1 and egg Juno complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f4e

タイトル

Crystal structure of the human sperm Izumo1 and egg Juno complex

要素

Izumo sperm-egg fusion protein 1
Sperm-egg fusion protein Juno

キーワード

CELL ADHESION / glycoprotein / membrane-bound / cysteine-rich / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / protein complex involved in cell-cell adhesion / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterotypic cell-cell adhesion / microvillus membrane / single fertilization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Aydin, H. / Sultana, A. / Lee, J.E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Molecular architecture of the human sperm IZUMO1 and egg JUNO fertilization complex.
著者: Aydin, H. / Sultana, A. / Li, S. / Thavalingam, A. / Lee, J.E.

履歴

登録	2015年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	5f4e_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f4qC 5f4tC 5f4vC 4lrhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jke-2 5jkc-d 5jke-1 5jkd-d 5gw0-1 6rj0-d 3sr2-5 5gw0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Izumo sperm-egg fusion protein 1

B: Sperm-egg fusion protein Juno

ヘテロ分子

52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.000, 55.800, 81.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-113- TRP

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Oocyte binding/fusion factor / OBF / Sperm-specific protein izumo 分子量: 27139.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-254 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IZUMO1 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q8IYV9
#2: タンパク質	Sperm-egg fusion protein Juno / Folate receptor 4 / Folate receptor delta / FR-delta / IZUMO1 receptor protein JUNO 分子量: 24575.932 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IZUMO1R, FOLR4, JUNO 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: A6ND01

#1: タンパク質

Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Oocyte binding/fusion factor / OBF / Sperm-specific protein izumo

分子量: 27139.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-254 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IZUMO1
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8IYV9

#2: タンパク質

Sperm-egg fusion protein Juno / Folate receptor 4 / Folate receptor delta / FR-delta / IZUMO1 receptor protein JUNO

分子量: 24575.932 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IZUMO1R, FOLR4, JUNO
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A6ND01

-
糖 , 1種, 1分子

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 27分子

#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES [pH 6.5], 20% (w/v) PEG 4000 and 0.6 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.77 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日

放射

モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.77 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→47.962 Å / Num. obs: 25587 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 49.43 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 184910

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.4-2.49	7.2	0.679	2.8	18998	2624	0.954	0.27	99.8
8.98-47.96	6.6	0.055	33.6	3469	526	0.996	0.023	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.8	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LRH

4lrh

解像度: 2.4→47.962 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	1254	4.92 %
R_work	0.1801	-	-
obs	0.1822	25503	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.962 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3458	0	21	25	3504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.183	4928
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.231	1307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	524
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	631

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4001-2.4962	0.3455	141	0.2832	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4962-2.6098	0.3216	126	0.2437	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6098-2.7473	0.3075	127	0.225	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7473-2.9195	0.2829	141	0.23	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9195-3.1448	0.2935	126	0.2237	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1448-3.4612	0.2663	140	0.1984	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4612-3.9619	0.2104	139	0.1708	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9619-4.9907	0.1674	140	0.1365	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9907-47.9715	0.1957	174	0.1652	2758	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7772	-0.0018	0.823	3.9791	-0.9195	5.8431	-0.057	-0.3957	0.7379	0.4277	-0.1873	0.2586	-0.5552	-0.6065	0.1977	0.6823	0.0208	-0.1871	0.5828	-0.0732	0.5224	-16.1441	37.6937	95.6955
2	2.3542	-1.5839	-2.5651	2.835	-0.3851	5.2802	0.1334	-0.9903	-1.1163	0.2104	0.0121	0.2831	0.3923	-0.6066	-0.0358	0.8248	-0.1558	-0.2585	0.7033	0.1181	0.8397	-16.6379	27.8788	95.6414
3	9.5846	0.8032	-0.1931	5.0882	3.2967	2.3276	0.5893	1.2191	-2.1813	-0.5142	-0.4322	-0.5397	1.0507	0.5486	-0.2813	0.8936	-0.0314	-0.2463	0.7344	-0.0629	0.8111	6.0653	24.1199	92.9719
4	3.6204	-3.8911	3.4247	5.2621	-2.6787	4.1968	-0.2369	0.0689	0.4183	-0.7003	-0.2064	0.1842	-0.5037	0.0619	0.3476	0.9341	-0.0348	-0.2188	0.5619	0.0213	0.557	-9.6911	39.042	87.1416
5	8.3159	-1.7731	3.6679	2.0512	-0.888	2.8425	-0.325	0.7357	-0.0563	-0.4778	0.0743	0.0864	-0.3466	0.366	0.1879	0.6482	-0.0993	-0.0513	0.454	0.0384	0.4212	2.2025	30.0275	92.0457
6	5.8563	4.8711	-6.3916	5.6156	-4.0717	7.9477	-0.6533	-0.2688	-0.4623	-1.056	-0.2519	-0.7744	-0.0292	1.2927	0.7329	0.6825	-0.3032	0.0408	1.0256	0.2278	0.9531	37.5772	31.4684	92.933
7	5.9511	3.1658	-1.793	3.0939	0.3683	3.9382	0.1489	-0.4598	0.7374	-0.1132	0.0047	0.0519	-0.0831	0.5017	-0.1037	0.7612	-0.2977	-0.097	0.9799	0.1853	0.9532	39.2989	40.9299	98.5303
8	4.9512	3.0649	-0.7931	2.5184	-0.4516	6.0033	-0.2898	-2.1275	1.0726	0.5094	-0.2467	0.2403	0.5364	0.6104	0.566	0.6827	-0.2748	0.1765	1.0983	0.1197	0.8707	32.8949	34.9712	103.5915
9	8.1958	1.7667	-2.8621	5.8341	-2.7185	4.2707	0.5612	-2.0565	-1.0067	-1.1905	-0.5124	-0.423	0.0003	1.7257	-0.0953	0.6624	-0.1406	0.1051	1.0159	0.0491	0.8234	43.6702	35.0208	93.4688
10	8.8193	0.9233	-4.4867	7.6332	-1.0575	8.9259	-0.2042	0.3184	-0.6945	0.1211	-0.5406	-1.1507	1.0978	1.384	0.8845	0.5322	0.1275	-0.0266	0.5111	0.0991	0.8316	31.8888	6.9967	117.4141
11	6.1383	0.9802	-0.0457	3.7971	0.9076	7.7673	-0.0206	0.2886	0.7213	-1.1435	-0.1173	-1.1401	-0.8657	1.1788	0.0027	0.532	-0.1389	0.0727	0.6188	0.1262	0.7344	29.2596	22.9424	113.2382
12	3.4462	-1.2341	1.5487	6.8797	-1.8487	5.5324	0.0525	0.7769	-0.1416	-0.4556	-0.1228	-0.4992	0.1836	0.7642	0.079	0.3787	-0.0275	0.0547	0.4718	0.0422	0.3932	20.8251	15.815	110.3015
13	7.9971	-5.6487	2.2907	9.3155	-4.1146	6.6881	0.1925	0.3889	-1.1258	-0.1041	0.0237	-0.3081	1.6326	0.2162	-0.3893	0.6796	-0.0155	-0.0526	0.4765	-0.0799	0.6812	19.8835	-0.2181	118.8689
14	5.5724	0.1671	0.3793	5.013	-0.1061	8.3215	0.2998	0.4157	-0.6319	-0.4171	0.1731	0.2813	1.2856	-0.6946	-0.3602	0.6065	-0.1139	-0.153	0.4834	0.0959	0.5528	4.7038	14.8701	108.6139
15	8.5484	-0.3836	2.8543	6.8344	-2.1495	2.2028	-0.0112	0.2386	-0.3679	-0.4062	0.0894	0.0904	0.3678	-0.4326	-0.2593	0.5231	-0.0063	-0.0206	0.5154	0.0642	0.5613	10.6878	11.4646	120.55
16	7.4764	-2.1933	0.0346	6.7857	-5.6043	5.1397	-0.1792	0.0022	0.4887	0.1791	-0.2712	-0.3001	-0.3031	0.5151	0.4269	0.6465	-0.015	-0.1358	0.5108	-0.0669	0.4168	22.6277	13.5194	128.5535

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 104 through 160 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 161 through 173 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 174 through 228 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 229 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 244 through 254 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 39 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 40 through 50 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 51 through 109 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 110 through 132 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 133 through 181 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 182 through 201 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 202 through 233 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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