PDB-5f44: Crystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosus GG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f44

タイトル

Crystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosus GG

要素

Cell surface protein SpaA

キーワード

CELL ADHESION / Pilin / spaA / probiotic / isopeptide / SpaCBA pili / adhesin

機能・相同性

機能・相同性情報

Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.904 Å

データ登録者

Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: New insights about pilus formation in gut-adapted Lactobacillus rhamnosus GG from the crystal structure of the SpaA backbone-pilin subunit
著者: Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V.

履歴

登録	2015年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f44.cif.gz	325.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f44.ent.gz	264.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5faaC 5fgrC 5fgsC 5fieC 5hbbC 5hdlC 5htsC 5j4mC 3phsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hts-1 5hts-2 5j4m-1 5hts-4 5hbb-2 5j4m-2 5hdl-3 5hdl-1 5hdl-2 5hbb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell surface protein SpaA

B: Cell surface protein SpaA

C: Cell surface protein SpaA

ヘテロ分子

92.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell surface protein SpaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cell surface protein SpaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cell surface protein SpaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	227.970, 63.200, 104.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-745- HOH
2	1	C-740- HOH

#1: タンパク質	Cell surface protein SpaA / shaft Pilin spaA 分子量: 30723.498 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-302 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア) 株: GG / 遺伝子: LRHM_0426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: C7T9P4
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.54 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.35 M trisodium citrate, 14% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.904→31.16 Å / Num. obs: 105419 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 17.91
反射シェル	解像度: 1.904→1.972 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / % possible all: 63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		data processing
Coot		モデル構築
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PHS

3phs

解像度: 1.904→31.156 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2165	4223	5.02 %	Random selection
R_work	0.1743	-	-	-
obs	0.1764	84062	72.48 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.904→31.156 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5971	0	12	844	6827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6124
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	8330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.037	2140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	938
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1087

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9042-1.9259	0.3403	5	0.2009	106	X-RAY DIFFRACTION	3
1.9259-1.9485	0.2035	21	0.2202	335	X-RAY DIFFRACTION	9
1.9485-1.9723	0.395	38	0.2208	714	X-RAY DIFFRACTION	19
1.9723-1.9972	0.2683	51	0.2288	962	X-RAY DIFFRACTION	27
1.9972-2.0235	0.2657	44	0.2308	1230	X-RAY DIFFRACTION	33
2.0235-2.0512	0.2789	76	0.226	1433	X-RAY DIFFRACTION	39
2.0512-2.0805	0.2512	91	0.2048	1605	X-RAY DIFFRACTION	44
2.0805-2.1116	0.2524	84	0.2106	1794	X-RAY DIFFRACTION	49
2.1116-2.1446	0.2472	109	0.207	1906	X-RAY DIFFRACTION	53
2.1446-2.1797	0.2366	131	0.2024	2113	X-RAY DIFFRACTION	57
2.1797-2.2173	0.2607	113	0.2061	2320	X-RAY DIFFRACTION	63
2.2173-2.2576	0.2435	158	0.2066	2390	X-RAY DIFFRACTION	66
2.2576-2.301	0.2443	138	0.2147	2610	X-RAY DIFFRACTION	72
2.301-2.348	0.2675	146	0.219	2815	X-RAY DIFFRACTION	76
2.348-2.399	0.2441	168	0.2275	2978	X-RAY DIFFRACTION	82
2.399-2.4548	0.2348	170	0.2236	3142	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4548-2.5161	0.2697	176	0.226	3406	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5161-2.5841	0.2553	211	0.2194	3565	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5841-2.6601	0.2642	199	0.2171	3670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6601-2.746	0.2744	192	0.2218	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.746-2.844	0.2762	213	0.2184	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.844-2.9578	0.2532	178	0.207	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9578-3.0923	0.2877	178	0.1961	3689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0923-3.2552	0.2242	169	0.1839	3674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2552-3.4589	0.2329	181	0.1623	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4589-3.7256	0.1784	184	0.1428	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7256-4.0997	0.1627	206	0.1252	3671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0997-4.6912	0.1432	191	0.1082	3724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6912-5.9039	0.1381	204	0.1097	3734	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9039-31.1601	0.1556	198	0.1333	3811	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1547	0.0623	1.1379	0.4665	0.0589	1.7344	-0.0968	-0.0451	-0.0555	-0.017	0.0202	0.0862	-0.072	-0.1457	0.0609	0.0289	0.053	0.0023	0.1425	-0.0175	0.0906	-22.3953	21.7648	51.0249
2	1.0953	-0.4057	0.8621	0.7973	-0.836	2.8563	-0.1153	-0.0136	0.2295	0.0806	-0.0335	-0.0969	-0.4446	0.2139	0.1263	0.249	-0.0146	-0.0717	0.0409	0.0039	0.1482	-38.9383	38.4641	19.7504
3	1.421	0.7544	0.8378	1.4561	0.7981	2.8759	-0.0152	-0.1107	0.1675	-0.1226	-0.0202	0.0626	-0.3029	-0.0132	0.0327	0.1479	-0.0706	-0.0014	0.0774	-0.0593	0.1017	-59.0657	13.962	15.6891
4	1.0233	0.1783	0.7544	1.2875	0.9785	5.2967	-0.0122	-0.2077	-0.0672	0.2442	0.0257	0.1019	0.2812	-0.4815	-0.011	0.1187	0.0059	0.0192	0.2634	-0.0447	0.1076	-53.6507	16.1652	54.4878
5	2.3704	-0.3792	1.5416	1.096	-0.0481	4.0926	0.1006	0.0042	-0.1737	0.0145	0.0611	-0.0356	0.1365	0.2786	-0.1062	0.2472	0.0714	-0.0543	0.2295	-0.0745	0.1122	-28.6686	21.4303	-13.6878
6	1.3992	0.0633	1.3877	0.7622	-0.1203	3.8806	0.0517	-0.025	-0.0571	-0.187	-0.0811	-0.0205	0.0867	0.0274	0.0212	0.1186	0.0379	0.0266	0.2234	-0.0464	0.0719	-4.6364	17.767	17.4407

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 175 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 176 through 302 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 39 through 175 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 176 through 302 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 39 through 175 )	C
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 176 through 302 )	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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