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- PDB-5f3y: Crystal Structure of Myo7b N-MyTH4-FERM-SH3 in complex with Anks4b CEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f3y
タイトルCrystal Structure of Myo7b N-MyTH4-FERM-SH3 in complex with Anks4b CEN
要素
  • Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 4B
  • Unconventional myosin-VIIb
キーワードMOTOR PROTEIN/PROTEIN BINDING / MOTOR PROTEIN / PROTEIN BINDING / STRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / MOTOR PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apical cytoplasm / protein localization to microvillus / brush border assembly / myosin complex / cytoskeletal motor activity / brush border / microvillus / response to endoplasmic reticulum stress / actin binding / protein-containing complex assembly ...apical cytoplasm / protein localization to microvillus / brush border assembly / myosin complex / cytoskeletal motor activity / brush border / microvillus / response to endoplasmic reticulum stress / actin binding / protein-containing complex assembly / cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ANKS4B, SAM domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Myosin-X FERM PH domain-like / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. ...ANKS4B, SAM domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Myosin-X FERM PH domain-like / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Acyl-CoA Binding Protein / IQ calmodulin-binding motif / SAM domain (Sterile alpha motif) / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / SH3 Domains / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-domain like / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Kinesin motor domain superfamily / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 4B / Unconventional myosin-VIIb
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.409 Å
データ登録者Li, J. / He, Y. / Lu, Q. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2016
タイトル: Mechanistic Basis of Organization of the Harmonin/USH1C-Mediated Brush Border Microvilli Tip-Link Complex
著者: Li, J. / He, Y. / Lu, Q. / Zhang, M.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-VIIb
B: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 4B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5982
ポリマ－81,5982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.516, 197.516, 97.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Unconventional myosin-VIIb


分子量: 69985.125 Da / 分子数: 1 / 断片: N-MyTH4-FERM-SH3, UNP residues 962-1578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myo7b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99MZ6
#2: タンパク質 Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 4B / ANKS4B


分子量: 11613.118 Da / 分子数: 1 / 断片: CEN, UNP residues 252-352 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Anks4b, Harp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K3X6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25%(w/v) Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH), 0.1 M MES
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月14日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 24972 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 92.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.651 / Net I/av σ(I): 19.612 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 169291
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.4-3.464.90.88812620.6570.4190.9871.46495.7
3.46-3.525.10.70112510.7240.3250.7781.60495.5
3.52-3.595.20.49412750.690.2290.5481.70495.4
3.59-3.665.30.35312280.7480.1690.3952.12694.5
3.66-3.745.30.3112490.8340.1480.3461.96993.9
3.74-3.835.30.3312270.8670.1540.3661.68694.2
3.83-3.925.90.43612470.8960.1880.4781.66693.9
3.92-4.036.30.32312500.9480.1340.3521.694.3
4.03-4.156.40.26812390.970.1090.2911.63193.7
4.15-4.286.70.22612110.9760.0910.2441.60491.3
4.28-4.446.80.16712320.9740.070.1822.01893
4.44-4.617.10.12512250.9860.050.1361.72791.3
4.61-4.827.30.12312290.9930.0470.1331.67292.5
4.82-5.087.60.11112760.9950.040.1191.53694
5.08-5.480.09912520.9960.0340.1051.51593.8
5.4-5.818.30.10112580.9960.0340.1071.62393.3
5.81-6.48.60.09912630.9970.0330.1051.77993
6.4-7.328.60.07512700.9970.0250.0791.64492
7.32-9.218.60.03912690.9990.0130.0421.34290.8
9.21-508.20.03112590.9990.0110.0331.44984.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PVL

3pvl


解像度: 3.409→30.718 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2804 1288 5.2 %
Rwork0.2411 23493 -
obs0.2432 24781 92.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 199.33 Å2 / Biso mean: 93.211 Å2 / Biso min: 38.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.409→30.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4041 0 0 0 4041
残基数----562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1115700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9432401
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4088-3.54510.38651320.36022515264791
3.5451-3.70620.34951390.29972664280395
3.7062-3.90120.34021410.29912611275294
3.9012-4.14510.36341340.3052571270592
4.1451-4.46430.27921490.25732554270391
4.4643-4.91190.23751500.19322584273492
4.9119-5.61890.27231480.2122650279894
5.6189-7.0650.29481480.24092673282193
7.065-30.71890.21951470.19352671281889
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.76251.00251.20580.5460.16070.8920.10370.1651-0.6675-0.30460.1597-0.16860.36440.3477-0.40770.4570.0583-0.05231.0982-0.06381.06234.26151.2034-4.7002
22.1260.91991.30151.95581.09831.79830.0284-0.82120.02580.0764-0.1914-0.1055-0.3162-0.1583-0.06620.5054-0.1445-0.09110.6951-0.01360.5979-36.732152.1259-9.9929
32.1426-1.00811.07474.6048-2.82772.6009-1.7857-1.5105-0.39520.72210.39060.1832-0.2988-0.18760.58241.4607-0.2864-0.31141.91090.41351.8086-24.796558.29055.4387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 972 through 1251 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1252 through 1559 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 263 through 275 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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