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- PDB-5f3j: Crystal structure of DBP in complex with inhibitory monoclonal an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f3j
タイトルCrystal structure of DBP in complex with inhibitory monoclonal antibody 2D10
要素
  • Antibody 2D10 single chain variable fragment
  • Duffy receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Plasmodium / vivax / duffy binding protein / DBP / antibody / malaria / scfv / neutralizing / interaction / immune / blocking / invasion / vaccine / therapeutic
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / 5 helical Cullin repeat like ...Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / 5 helical Cullin repeat like / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.001 Å
データ登録者Chen, E. / Salinas, N.D. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI080792 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI080792 米国
Burroughs Wellcome FundPATH award 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI064478 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)BAA-NIAID-DAIT-NIHAI2013164 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Broadly neutralizing epitopes in the Plasmodium vivax vaccine candidate Duffy Binding Protein.
著者: Chen, E. / Salinas, N.D. / Huang, Y. / Ntumngia, F. / Plasencia, M.D. / Gross, M.L. / Adams, J.H. / Tolia, N.H.
履歴
登録2015年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Duffy receptor
B: Duffy receptor
C: Antibody 2D10 single chain variable fragment
D: Antibody 2D10 single chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6764
ポリマ－139,6764
非ポリマー00
水00
1
A: Duffy receptor
C: Antibody 2D10 single chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8382
ポリマ－69,8382
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Duffy receptor
D: Antibody 2D10 single chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8382
ポリマ－69,8382
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.940, 63.940, 108.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Duffy receptor / Erythrocyte-binding protein


分子量: 37610.051 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 211-525 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22290
#2: 抗体 Antibody 2D10 single chain variable fragment


分子量: 32227.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1% w/v tryptone, 50 mM HEPES sodium salt pH 7.0, 12% w/v PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00482 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00482 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→20 Å / Num. obs: 9271 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.73 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 6.74
反射 シェル解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NUV

4nuv


解像度: 4.001→19.944 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2997 487 5.3 %
Rwork0.2669 --
obs0.2686 9188 93.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.001→19.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7721 0 0 0 7721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67810617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2734765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.001-4.57390.32581520.28752913X-RAY DIFFRACTION94
4.5739-5.73970.3211780.26022886X-RAY DIFFRACTION94
5.7397-19.9440.26881570.25852902X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3967-0.16650.06163.00050.64640.7978-0.1839-0.15160.14020.39470.2419-0.60350.04030.6211-0.00020.69-0.1024-0.10151.21510.01521.062427.6601-10.8176.5036
20.2947-1.9062-1.00051.69521.79411.1298-0.0954-0.1985-0.07520.08970.2868-0.70340.34360.543101.34950.10520.04361.1950.02121.137318.952130.133456.7842
32.62780.3391-1.11713.78410.22292.87290.29140.0938-0.3506-0.1299-0.2434-0.0036-0.124-0.11580.00010.6011-0.0436-0.06890.7643-0.05060.83318.8161-42.7491-11.5852
41.8481-1.09590.91282.56061.17492.2068-0.07880.05140.38410.0308-0.0589-0.26440.09030.0154-0.00031.012-0.0990.04610.7638-0.01230.8833-5.06761.34367.4339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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