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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f3i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54j | ||||||
要素 | Lysine-specific demethylase 4A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of autophagy / response to nutrient levels / HDMs demethylate histones / fibrillar center / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Le Bihan, Y.-V. / Dempster, S. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors. 著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. / Velupillai, S. / Krojer, T. / England, K.S. / Sejberg, J. / Thai, C. / Donovan, A. / Pal, A. / Scozzafava, G. / Bennett, J.M. / Kawamura, A. / Johansson, C. / Szykowska, A. / Gileadi, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Walters, Z. / Shipley, J. / Raynaud, F.I. / Westaway, S.M. / Prinjha, R.K. / Fedorov, O. / Burke, R. / Schofield, C.J. / Westwood, I.M. / Bountra, C. / Muller, S. / van Montfort, R.L. / Brennan, P.E. / Blagg, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5f3i.cif.gz | 574.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5f3i.ent.gz | 474.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5f3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5f3i_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5f3i_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5f3i_validation.xml.gz | 54.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5f3i_validation.cif.gz | 77.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5f2sC 5f2wC 5f32C 5f37C 5f39C 5f3cC 5f3eC 5f3gC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む |
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-非ポリマー , 6種, 631分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-5UJ / #4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→49.72 Å / Num. obs: 77606 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 53.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.3 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 37.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OQ7 解像度: 2.24→48.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9564 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9324 / SU R Cruickshank DPI: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.184
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原子変位パラメータ | Biso mean: 60.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.253 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.24→48.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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