PDB-5f39: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 37

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f39

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 37

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.-V. / Dempster, S. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f39.cif.gz	568.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f39.ent.gz	471.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5f39_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f39_full_validation.pdf.gz	486.3 KB	表示
XML形式データ	5f39_validation.xml.gz	51.1 KB	表示
CIF形式データ	5f39_validation.cif.gz	71.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f39	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f2sC 5f2wC 5f32C 5f37C 5f3cC 5f3eC 5f3gC 5f3iC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h4q-4 6cg1-1 6h4u-4 5a80-2 4ura-2 6g5w-1 5a7p-1 5a7q-1 5a7n-2 5f3e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

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42.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.409, 102.061, 143.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-5UB / 8-(1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 230.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₆N₄OS
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0721 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0721 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→49.63 Å / Num. obs: 46569 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 82.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.65→49.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9547 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9324 / SU R Cruickshank DPI: 1.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.068 / SU R_free Blow DPI: 0.27 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.277

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2097	2353	5.06 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.1711	46527	96.27 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6061 Å²	0 Å²	8.2741 Å²
2-	-	-3.7673 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.1612 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.325 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→49.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10867	0	128	325	11320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11327	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	15417	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3599	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		225	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1748	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11327	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		4	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.83
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.89
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1449	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		2	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12965	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2498	170	5.09 %
R_work	0.2266	3172	-
all	0.2278	3342	-
obs	-	-	94.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.7677	3.3641	2.1098	6.3046	-2.3714	1.245	-0.0502	0.0438	-0.2061	0.2243	0.0095	0.2247	0.3618	-0.0399	0.0408	0.0771	-0.1216	-0.0501	0.0471	-0.0183	-0.1442	4.0317	29.8049	-55.9321
2	3.0481	0.7069	-0.4842	3.9173	-0.2187	2.8326	0.0401	-0.2344	0.5547	0.1051	-0.0807	0.4717	-0.1932	-0.3699	0.0405	-0.1684	0.0504	-0.082	-0.0778	-0.0697	-0.1999	9.8368	52.7498	-52.621
3	1.3176	-2.3714	1.8093	0.509	-3.3641	2.157	-0.0322	0.1437	0.1818	-0.1689	-0.0037	0.0243	-0.1252	-0.1381	0.0359	0.0001	0.0437	-0.0603	0.1001	-0.0361	-0.0375	9.3367	57.5585	-68.1596
4	2.3364	0.7112	-0.3707	1.9852	-0.1439	2.5501	0.0101	-0.1826	-0.2569	0.0821	-0.094	-0.2244	0.5214	0.0646	0.0839	-0.0793	0.0138	-0.0638	-0.1327	-0.0521	-0.1892	17.8372	39.8678	-52.6601
5	2.7917	0.3047	1.0604	2.9236	-0.9838	3.3034	-0.0388	0.2959	-0.1394	-0.2027	0.0946	-0.587	0.3878	0.5993	-0.0558	-0.0693	0.0502	0.081	0.1285	-0.0663	-0.2814	8.2204	-0.3471	-16.72
6	2.867	-2.0965	-0.9621	1.6127	2.3745	1.7863	-0.0274	0.2313	0.2973	-0.0155	-0.023	0.2379	-0.2757	0.2384	0.0504	0.0077	-0.1364	-0.0517	-0.0157	0.1303	-0.1206	-6.0436	22.2626	-16.6509
7	1.2334	2.33	2.9287	1.3629	3.357	2.1387	-0.0422	-0.0333	0.167	0.1015	0.0996	-0.1002	-0.1632	0.0804	-0.0573	0.0128	-0.0465	0.0091	0.0062	0.0587	0.0244	2.3387	21.2634	-3.7002
8	3.1493	1.2079	-1.3911	0.0745	-2.0887	4.5265	-0.1051	0.4937	0.1528	-0.2649	0.0621	-0.0304	0.0284	0.1385	0.043	-0.0897	-0.0718	-0.0236	0.119	0.054	-0.2081	0.7277	15.2029	-20.8422
9	1.7089	0.4286	0.0547	1.8379	0.09	3.0784	-0.0264	0.1958	-0.0583	-0.1357	0.0666	0.1271	0.2579	0.0621	-0.0402	-0.0408	-0.0222	-0.0169	-0.0252	0.0589	-0.1994	-4.9536	4.9151	-14.5643
10	0.0688	0.9102	-0.6817	0	1.5709	5.5814	0.0278	0.2894	0.0238	-0.053	-0.0064	0.1528	0.0383	-0.2135	-0.0214	0.1431	-0.1548	-0.1183	-0.0576	0.0035	-0.0963	-15.5928	-3.6608	-21.0973
11	-0.3007	2.5521	0.6698	0	2.3203	2.2973	-0.0034	0.0655	-0.1166	-0.0543	0.0787	0.1529	0.0296	-0.1213	-0.0752	0.1364	-0.1249	-0.1067	0.0204	-0.1695	-0.1468	-16.3607	-16.7582	-26.1058
12	0.9507	1.9804	-2.8268	1.7736	0.4792	0.9302	-0.0061	0.0359	-0.1058	-0.0793	0.0666	0.002	0.1612	-0.1108	-0.0605	0.2251	-0.1287	-0.109	-0.1847	-0.0929	-0.0556	-7.2125	-16.1947	-13.197
13	0.245	2.1746	-0.6865	8.3155	2.6912	-0.245	-0.0413	-0.0119	0.4757	0.0204	0.0779	-0.1587	-0.4087	0.1474	-0.0366	0.0163	-0.0301	0.1465	0.0482	0.0449	-0.126	-13.9341	-3.7398	-59.1699
14	-0.5065	0.1983	1.2803	3.2648	-1.4516	2.1496	0.0922	-0.0173	-0.0037	0.0468	0.1003	-0.4015	-0.1489	0.1108	-0.1925	-0.0672	-0.0045	0.0443	0.1027	0.0596	-0.0417	-10.8607	-12.3211	-56.6716
15	0.8566	0.4424	1.3534	2.2789	0.1542	2.9992	-0.0335	-0.0023	0.0056	0.0823	0.0496	0.1836	0.0562	0.001	-0.0161	-0.0269	0.0866	0.0149	-0.0153	0.0476	-0.1397	-23.3365	-33.099	-53.8154
16	2.911	-0.4563	2.4589	5.7022	-2.0637	2.7269	0.0302	0.5407	-0.4179	-0.393	0.0845	-0.3928	0.2092	0.0673	-0.1147	-0.0911	0.104	0.0673	0.0526	-0.0159	-0.1055	-16.8309	-35.2173	-62.2987
17	5.2045	-0.7219	1.5088	0.0374	-2.8746	0.4648	0.0146	-0.3573	0.0525	0.3068	0.0635	-0.1767	-0.1302	0.1771	-0.0781	-0.0813	0.0953	0.0579	0.1559	0.0141	-0.2031	-17.4526	-28.618	-51.6637
18	0.0888	-2.8108	2.648	0.4748	2.4672	2.5667	0.0044	-0.0839	0.085	0.3356	0.0243	-0.1128	-0.1866	0.1423	-0.0287	0.0381	-0.08	0.0342	0.0956	-0.0777	-0.1671	-15.2042	-9.8838	-42.2313
19	3.4345	0.2583	0.1429	0.1346	0.0466	0.1629	0.048	-0.2042	0.0866	0.2931	0.0258	0.1401	-0.0556	0.0258	-0.0738	0.0666	0.0776	0.069	-0.0152	0.0751	-0.1352	-23.0766	-22.1194	-49.6218
20	0.0392	-0.0807	0.4469	2.4144	-0.5478	1.6586	0.2722	-0.0771	0.3022	-0.0547	-0.02	0.1463	-0.1553	-0.2523	-0.2522	-0.04	0.0406	0.0534	-0.0031	0.0649	-0.1225	-26.6834	-18.3737	-59.833
21	3.7063	1.5192	-1.6821	0	0.7044	0.8399	0.047	-0.1746	0.0161	0.2172	0.0664	0.0466	0.0263	-0.2299	-0.1134	0.0648	0.1482	0.1774	-0.003	0.0349	-0.0252	-33.9262	-10.4193	-46.4734
22	-0.6639	-3.1949	2.2623	4.4192	1.3933	2.0337	-0.0369	-0.1695	0.4156	0.2284	0.1246	0.2522	-0.2685	-0.2568	-0.0877	0.1416	0.1702	0.1725	-0.2015	-0.1248	-0.0282	-30.9811	2.2909	-47.5626
23	0.8458	-0.5444	-2.4663	7.9676	1.9162	0.5558	0.0499	0.0094	0.4873	0.0957	0.0767	0.2673	-0.4894	-0.2138	-0.1266	0.0139	0.0916	0.0627	0.0489	-0.0455	-0.1884	-31.3714	60.8534	-13.1367
24	2.3209	-0.2482	0.5922	2.4222	-0.2967	2.0666	0.1894	-0.0555	-0.3273	0.0611	-0.087	0.4169	0.2826	-0.5619	-0.1023	-0.104	-0.1451	0.0031	-0.0064	-0.0526	-0.2165	-30.3955	36.8902	-15.9628
25	0.7212	-0.0852	-0.2113	1.1688	0.3659	1.8289	0.1389	-0.0623	-0.013	0.123	-0.108	0.0719	0.0317	-0.1984	-0.0308	-0.0255	-0.04	-0.0153	-0.0049	-0.0167	-0.1182	-21.0881	45.0328	-13.7127
26	2.1555	1.5662	-0.7744	0.3312	-2.6798	4.4587	0.0993	0.1397	0.1895	-0.1803	-0.1226	-0.1245	-0.4144	0.3232	0.0233	-0.0106	-0.0371	-0.04	0.0064	0.0213	-0.1089	-15.2156	60.1994	-27.4142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|9 - 36}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|37 - 102}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|103 - 124}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|125 - 354}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|11 - 70}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|71 - 101}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|102 - 124}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|125 - 144}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|145 - 293}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|294 - 317}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|318 - 334}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|335 - 354}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|7 - 37}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|38 - 58}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|59 - 88}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{C\|89 - 124}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{C\|125 - 144}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{C\|145 - 162}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{C\|163 - 190}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{C\|191 - 293}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{C\|294 - 317}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{C\|318 - 354}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{D\|6 - 43}
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{D\|44 - 162}
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{D\|163 - 293}
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{D\|294 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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