PDB-5f2i: Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes Gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f2i

タイトル

Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes Glu163Gln mutant

要素

Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

キーワード

LYASE / TBP Aldolase / class I / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

LowKam, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: NON-STEREOSPECIFIC SUBSTRATE CLEAVAGE BY TAGATOSE-BISPHOSPHATE CLASS I ALDOLASE
著者: LowKam, C. / Liotard, B. / Sygusch, J.

履歴

登録	2015年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f2i.cif.gz	768.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f2i.ent.gz	652.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5f2i_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f2i_full_validation.pdf.gz	490.5 KB	表示
XML形式データ	5f2i_validation.xml.gz	60.6 KB	表示
CIF形式データ	5f2i_validation.cif.gz	90.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f2gC 5f2lC 5f2mC 5f4sC 5f4wC 5ff7C 3mhfS 5f2j PDB 未公開エントリ 5f4x C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5f4s-1 3myp-1 5f4s-2 3mhf-2 3mhf-1 5f2g-2 5ff7-2 5f2m-2 5f4w-1 3myp-2 5f2l-1 5f4w-2 5f2g-1 5f2m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.079, 98.542, 237.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 / D-tagatose-1 / 6-bisphosphate aldolase 2 / Tagatose-bisphosphate aldolase 2 分子量: 36619.477 Da / 分子数: 4 / 変異: E163Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: lacD2, lacD.2, SPy_1919, M5005_Spy1635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63705, tagatose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris Acetate, Calcium Acetate, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 94857 / % possible obs: 85.78 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / R_merge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4512 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MHF

3mhf

解像度: 1.95→49.371 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	1964	2.11 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1658	93295	84.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10215	0	39	1251	11505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10473
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	14141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.21	3927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1836

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9408-1.9893	0.2459	118	0.206	5395	X-RAY DIFFRACTION	71
1.9893-2.0431	0.2027	134	0.1857	6103	X-RAY DIFFRACTION	80
2.0431-2.1032	0.2422	130	0.1803	6201	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1032-2.1711	0.2078	129	0.171	6183	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1711-2.2487	0.1952	136	0.166	6167	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2487-2.3388	0.1907	133	0.1638	6129	X-RAY DIFFRACTION	80
2.3388-2.4452	0.2114	130	0.1598	6168	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4452-2.5741	0.2363	132	0.1634	6179	X-RAY DIFFRACTION	80
2.5741-2.7354	0.1876	133	0.1622	6155	X-RAY DIFFRACTION	79
2.7354-2.9465	0.2012	134	0.1657	6217	X-RAY DIFFRACTION	81
2.9465-3.243	0.1939	146	0.155	6785	X-RAY DIFFRACTION	87
3.243-3.7122	0.1943	165	0.15	7664	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7122-4.6764	0.1767	169	0.1406	7844	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6764-49.3874	0.2234	175	0.1972	8141	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9252	-1.4075	2.0113	5.1372	-1.4987	4.3956	0.2318	0.0766	-0.0538	0.0387	-0.2184	-0.2852	0.2423	0.2371	0.0081	0.0775	0.0159	0.0623	0.3765	-0.0036	0.1462	61.1482	53.3357	33.0812
2	6.8308	3.202	1.246	7.6748	-2.1836	6.5146	0.2541	0.8811	1.8545	0.1806	0.2874	0.2678	-0.8024	0.4645	-0.3699	0.6388	-0.0049	0.0291	0.3086	0.1515	0.6264	61.6809	82.4385	25.1246
3	1.5845	0.5524	-0.5239	1.6522	-0.1507	2.4599	0.0023	0.4234	0.4867	-0.117	-0.1032	-0.1398	-0.2577	0.4291	0.0921	0.2024	-0.061	0.0119	0.3801	0.0779	0.273	65.0783	65.6796	26.2542
4	3.4776	-1.1987	-0.8417	1.8471	1.5343	2.7978	0.0584	0.1744	0.2434	-0.1438	0.0105	0.0739	-0.1318	0.0314	-0.0573	0.1387	-0.0279	-0.0034	0.1816	0.0571	0.1481	46.5915	59.1552	25.2222
5	1.7713	1.4036	2.004	8.3547	-0.8002	3.2516	-0.0617	0.0238	0.8369	-0.6027	-0.295	0.4592	-0.2046	-0.5028	0.2561	0.3082	0.0667	-0.0515	0.2136	-0.0464	0.5711	39.0334	74.967	40.1016
6	2.8489	-0.8226	-0.5765	4.4331	3.6104	6.6644	0.0925	-0.0764	0.1499	0.1127	-0.1839	0.2009	0.1248	-0.2535	0.0522	0.1042	-0.0059	0.0065	0.1593	0.035	0.1545	43.3958	57.8307	37.9349
7	1.5366	-0.8712	0.1078	6.2264	2.3542	5.1289	-0.4607	-0.934	1.3839	0.5027	-0.0371	-0.0408	-0.6493	-0.2567	0.3597	0.2947	0.0696	-0.1495	0.4153	-0.2045	0.6668	45.0108	70.9732	53.9205
8	4.2256	1.2542	-0.5957	1.8156	0.1816	3.49	-0.0551	-0.0435	0.5666	0.032	0.0442	0.0977	-0.2138	-0.0405	-0.0171	0.1472	0.028	-0.0352	0.1642	0.0203	0.2537	54.2459	62.4297	44.8321
9	0.8983	1.1206	-1.0676	7.8304	-4.8984	3.2779	-0.2967	0.0546	0.7648	0.3032	-0.3435	-0.4677	-1.2088	1.0005	0.4896	0.6464	-0.2603	-0.151	0.4692	0.0793	0.6012	73.2711	77.0281	34.6848
10	2.2499	-1.997	1.1672	2.4148	1.1652	8.2323	0.0336	-0.4739	0.2076	0.278	-0.3457	-0.2076	-0.2831	-0.0841	0.3109	0.0822	0.0286	-0.0064	0.3279	-0.0108	0.1906	63.2386	58.3819	46.5524
11	3.0543	-0.2903	-0.8572	3.1277	-1.4807	3.2089	0.0345	-0.0102	0.4162	0.0354	0.069	-0.1326	-0.3105	0.1921	-0.0918	0.1199	-0.0574	-0.0046	0.2238	-0.0395	0.1836	29.481	50.1232	46.3046
12	3.652	-0.0467	1.6228	6.9474	-0.4642	1.1764	-0.0099	-0.8559	-1.0384	0.1733	0.0584	-0.1713	0.4442	-0.2065	-0.0194	0.3101	-0.0241	0.0901	0.3601	0.1107	0.4198	32.5489	23.051	55.611
13	3.6024	0.0281	-0.2642	0.7377	0.128	2.6406	-0.0086	-0.2045	-0.3792	0.0271	-0.0261	-0.0964	0.1952	0.1967	0.0432	0.1629	0.0287	0.0036	0.1303	0.0125	0.1766	28.5819	38.0394	53.0755
14	3.3687	0.97	0.2303	2.6439	0.8712	3.1758	-0.0141	0.0168	0.1131	0.082	-0.006	0.1482	0.0338	-0.1526	0.0309	0.1052	-0.0079	0.0126	0.1513	0.0381	0.1116	15.6214	44.9811	53.158
15	5.1878	-1.376	-5.4661	3.549	1.4626	6.2111	-0.7511	0.603	-1.2287	-0.36	-0.0609	0.5263	0.6983	-0.6278	0.6659	0.4576	-0.2269	0.1027	0.61	-0.1412	0.4477	7.2193	27.5978	39.5409
16	2.8149	1.111	0.1202	4.8918	2.201	3.8803	-0.113	0.2715	-0.1888	-0.2126	-0.0124	0.1462	0.0298	-0.3005	0.1161	0.1546	-0.0392	-0.0061	0.253	0.0162	0.128	11.9182	43.8757	40.6008
17	4.8935	0.8634	1.2512	6.5662	1.8286	6.5828	-0.0511	0.8649	-0.6773	-0.6564	-0.1936	0.4005	1.0304	-0.4725	0.1972	0.5196	-0.1904	0.0525	0.6232	-0.1601	0.2785	13.9705	32.023	24.3721
18	5.0668	-0.0339	0.1563	2.3044	0.6492	4.6357	-0.2116	0.2806	-0.397	-0.1336	0.0554	0.1043	0.4819	-0.2095	0.1183	0.2269	-0.0643	0.0525	0.2578	-0.0078	0.1682	22.1085	40.8699	33.5363
19	3.9648	-1.3303	0.8574	4.6294	-3.9475	3.8504	0.0293	0.1674	-0.5519	-0.6407	-0.2288	-0.4163	0.7326	0.3281	0.2309	0.3193	0.0688	0.0944	0.2256	-0.0294	0.3643	40.8425	26.5049	44.4826
20	5.2519	0.6116	-1.4449	4.8637	0.9107	8.6039	0.0138	0.3232	-0.2761	-0.6874	0.0711	-0.008	0.1388	0.0826	-0.0492	0.091	-0.0422	0.022	0.2615	-0.0212	0.1272	31.5743	45.1219	32.5714
21	5.7152	-2.085	2.361	5.6885	-0.7691	5.2596	0.0332	-0.1123	-0.4591	0.3909	0.2599	0.0059	0.6857	-0.1063	-0.2118	0.4675	-0.0035	-0.0253	0.3329	-0.0043	0.1993	40.1335	34.4003	7.6165
22	8.3355	0.0999	2.3196	6.8656	-0.4691	2.7591	0.1682	0.2244	0.9072	-0.2067	-0.3029	0.7881	-0.9782	-1.6498	-0.0058	0.6229	0.2381	-0.009	1.158	-0.0151	0.5078	19.1888	54.983	3.1358
23	5.953	0.6077	0.7996	1.6577	1.4097	4.9247	0.2431	-0.0716	-0.0118	0.0208	-0.093	0.3783	0.4677	-1.2968	-0.1454	0.3026	-0.128	-0.0251	0.6109	0.0611	0.2024	25.5163	41.2021	7.7345
24	5.4463	-0.7541	-0.4987	0.8558	1.2276	5.8718	0.1211	0.2651	0.0571	-0.0602	-0.0662	-0.0395	-0.0677	-0.4277	-0.0539	0.1956	0.0266	-0.0482	0.3675	0.0389	0.0958	34.833	48.2191	8.1017
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28	1.5585	0.7619	0.7991	1.5538	-0.2879	5.2253	-0.1817	0.5324	0.0148	-0.3377	0.2248	-0.072	0.0482	0.5253	-0.0849	0.3667	-0.0537	-0.0603	0.4935	-0.0141	0.216	43.3604	42.5677	-13.6849
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30	5.5951	-1.8317	-0.7209	4.094	0.8151	2.683	0.3124	0.598	-0.2841	-0.1773	-0.1653	0.21	1.0137	-0.4021	-0.2065	0.6069	-0.1288	-0.0693	0.4779	-0.0024	0.1929	36.2892	31.8837	-5.402
31	1.9618	0.5593	1.248	5.3585	-0.1695	4.9196	0.1685	0.3644	0.3341	-0.0251	0.021	-0.1732	-0.7509	0.0962	-0.1742	0.2998	0.0013	0.1227	0.2834	-0.0424	0.2776	7.6044	65.4529	72.3276
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33	4.0676	-1.4781	-0.5058	3.1065	0.4274	2.9378	0.1097	0.0169	-0.0498	-0.0322	-0.0281	0.678	-0.3099	-0.6634	-0.0624	0.1899	0.0217	0.0411	0.3553	0.0304	0.241	-4.1971	56.4121	71.6075
34	2.1347	-1.785	1.4237	3.174	-2.2964	5.1742	-0.0374	-0.0035	-0.0736	0.1173	0.0565	0.0498	0.2014	0.1193	-0.0408	0.1207	-0.036	0.0311	0.1818	-0.0217	0.1662	10.2445	46.4237	70.4833
35	3.4175	-2.8815	0.9865	5.9745	-2.5717	3.8997	0.1535	0.0459	0.3084	-0.0482	-0.2516	-0.2421	-0.0887	0.3901	0.103	0.1083	-0.0448	0.0178	0.1996	-0.0191	0.1618	16.306	50.9692	67.63
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37	0.9789	-0.8147	-0.6095	1.5865	0.1397	6.1638	-0.0938	-0.5065	0.0631	0.4252	0.2122	0.1521	0.0383	-0.0959	-0.087	0.2722	-0.0222	0.0283	0.4322	-0.0191	0.2043	11.8059	52.3483	90.5425
38	3.1208	-0.5268	-1.1069	1.4148	-0.811	3.7097	0.0412	-0.3631	0.0728	0.2388	0.1675	-0.0158	-0.3497	0.2264	-0.2021	0.3587	-0.0629	0.0861	0.392	-0.0767	0.2139	8.462	58.5553	89.9567
39	2.1279	0.3298	0.5677	2.1208	0.8366	1.9418	0.2625	-0.3392	0.3288	0.4109	-0.1197	0.7618	-0.0362	-0.8967	-0.1807	0.5348	-0.0007	0.2072	0.8358	0.0674	0.4334	-11.5523	60.4769	84.583
40	1.5152	-0.0771	-1.5328	2.8983	-1.1306	2.2479	0.093	-0.3486	-0.1061	0.0682	-0.4854	-0.5811	-0.2804	0.7898	0.3548	0.5532	-0.3088	0.5171	0.3813	0.0478	0.4828	13.6005	70.6063	80.1157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 31:44)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 45:97)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 98:169)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 170:180)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 181:210)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 211:233)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 234:284)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 285:306)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 307:324)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 3:29)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 30:52)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 53:110)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 111:168)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 169:179)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 180:211)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 212:233)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 234:280)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 281:307)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 308:324)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 3:27)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 28:51)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 52:82)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 83:97)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 98:138)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 139:159)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 160:210)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 211:276)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 277:303)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 304:326)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 1:27)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 28:51)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain D and resid 52:97)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 98:137)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 138:161)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 162:196)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 197:225)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 226:284)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 285:320)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 321:326)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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