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万見
- PDB-5f2h: 2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f2h
タイトル2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus ATCC 10987
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Bacillus cereus ATCC 10987 / PSI-Biology / Human Microbiome / Metagenomics degradome representatives / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / A/B hydrolase-like, N-terminal domain / : / Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus ATCC 10987
著者: Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9425
ポリマ－74,5762
非ポリマー3663
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.067, 42.176, 106.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 310 / Label seq-ID: 8 - 313

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 37287.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: BCE_2095 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q739P5
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein (SeMet): 8.9 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3 0.25 M NaCl, 5 mM BME Crystallization: The Classics II D7(43): 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350 Cryo: Crystallization condition soak

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月27日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 16616 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 69.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
Cootモデル構築
ARPモデル構築
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→27.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 42.683 / SU ML: 0.391 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29052 836 5 %RANDOM
Rwork0.23019 ---
obs0.23319 15767 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.46 Å20 Å2-2.32 Å2
2--2.73 Å20 Å2
3----13.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→27.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5027 0 24 20 5071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.9626963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92311166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.2675609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.41225.839274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.28115899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.1291510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17533 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.754→2.825 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 57 5 %
Rwork0.367 1103 -
obs--94.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6529-0.72950.82081.29250.13495.4879-0.1773-0.3361-0.03040.23440.25430.15140.3966-0.4609-0.07710.1025-0.03470.08050.29730.01130.561857.83285.219995.5826
22.32160.2752-1.79034.35671.05118.31530.2038-0.15960.29920.40220.38090.1343-0.325-0.0984-0.58460.07990.07410.07420.16210.00080.489835.668911.738534.9408
31.04720.4185-0.57621.22371.26126.952-0.08020.24410.1475-0.11930.4699-0.26390.4490.8527-0.38970.07560.00440.04960.2346-0.06360.466944.31032.322211.4338
42.625-0.1761-0.75643.8717-0.325.1938-0.00660.37590.2362-0.26580.0756-0.2829-0.2150.1709-0.0690.0463-0.08660.03910.3348-0.02640.531764.268115.072770.4624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2A128 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3B5 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4B128 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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