PDB-5f2h: 2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f2h

タイトル

2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus ATCC 10987

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Bacillus cereus ATCC 10987 / PSI-Biology / Human Microbiome / Metagenomics degradome representatives / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Abhydrolase_2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus ATCC 10987
著者: Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f2h.cif.gz	263.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f2h.ent.gz	223.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f2h_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f2h_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	5f2h_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	5f2h_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4w7k-d 4w7l-d 2amo-d 4ci7-d 2vdy-d 4w7m-d 1q8z-d 3tii-d 4w7n-d 1jvn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC113072

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

74.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.067, 42.176, 106.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	5 - 310
2	0	1	0	B	5 - 310

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 37287.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: BCE_2095 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q739P5
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein (SeMet): 8.9 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3 0.25 M NaCl, 5 mM BME Crystallization: The Classics II D7(43): 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350 Cryo: Crystallization condition soak

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月27日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 16616 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 69.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 31
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
BLU-MAX		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
Coot		モデル構築
ARP		モデル構築
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→27.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 42.683 / SU ML: 0.391 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29052	836	5 %	RANDOM
R_work	0.23019	-	-	-
obs	0.23319	15767	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.46 Å²	0 Å²	-2.32 Å²
2-	-	2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.75→27.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5027	0	24	20	5071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	5163
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.962	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.92	3	11166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.267	5	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.412	25.839	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.281	15	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.129	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17533 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.754→2.825 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	57	5 %
R_work	0.367	1103	-
obs	-	-	94.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6529	-0.7295	0.8208	1.2925	0.1349	5.4879	-0.1773	-0.3361	-0.0304	0.2344	0.2543	0.1514	0.3966	-0.4609	-0.0771	0.1025	-0.0347	0.0805	0.2973	0.0113	0.5618	57.8328	5.2199	95.5826
2	2.3216	0.2752	-1.7903	4.3567	1.0511	8.3153	0.2038	-0.1596	0.2992	0.4022	0.3809	0.1343	-0.325	-0.0984	-0.5846	0.0799	0.0741	0.0742	0.1621	0.0008	0.4898	35.6689	11.7385	34.9408
3	1.0472	0.4185	-0.5762	1.2237	1.2612	6.952	-0.0802	0.2441	0.1475	-0.1193	0.4699	-0.2639	0.449	0.8527	-0.3897	0.0756	0.0044	0.0496	0.2346	-0.0636	0.4669	44.3103	2.3222	11.4338
4	2.625	-0.1761	-0.7564	3.8717	-0.32	5.1938	-0.0066	0.3759	0.2362	-0.2658	0.0756	-0.2829	-0.215	0.1709	-0.069	0.0463	-0.0866	0.0391	0.3348	-0.0264	0.5317	64.2681	15.0727	70.4624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	128 - 310
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	5 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	128 - 312

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)