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万見
- PDB-5f29: Structure of RCK domain with cda -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f29
タイトルStructure of RCK domain with cda
要素Na+/H+ antiporter-like protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RCK domain / cda / CpaA
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / proton transmembrane transport / potassium ion transport / membrane
類似検索 - 分子機能
Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. ...Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / : / Sodium:proton antiporter
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.821 Å
データ登録者Chin, K.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into the Distinct Binding Mode of Cyclic Di-AMP with SaCpaA_RCK.
著者: Chin, K.H. / Liang, J.M. / Yang, J.G. / Shih, M.S. / Tu, Z.L. / Wang, Y.C. / Sun, X.H. / Hu, N.J. / Liang, Z.X. / Dow, J.M. / Ryan, R.P. / Chou, S.H.
履歴
登録2015年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na+/H+ antiporter-like protein
B: Na+/H+ antiporter-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2423
ポリマ－17,5842
非ポリマー6581
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.489, 47.297, 70.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Na+/H+ antiporter-like protein


分子量: 8791.772 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 400-614 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: kefC, ERS154949_00406
発現宿主: Escherichia coli O103:H2 str. 12009 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A077VS08, UniProt: Q2FZQ4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Tris 0.1M pH 7.0 PEG 4000 15%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→23.5 Å / Num. obs: 12747 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.821→20.744 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 1238 9.97 %
Rwork0.2011 --
obs0.2174 12417 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.628 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.8313 Å2-0 Å2
3----1.7687 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.821→20.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1179 0 44 66 1289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2021693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.435470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8206-1.89340.30191230.29321085X-RAY DIFFRACTION86
1.8934-1.97950.30181280.26421182X-RAY DIFFRACTION93
1.9795-2.08380.29981320.2551215X-RAY DIFFRACTION96
2.0838-2.21420.26251350.24231238X-RAY DIFFRACTION98
2.2142-2.38490.25591390.22341238X-RAY DIFFRACTION98
2.3849-2.62450.27061410.24791284X-RAY DIFFRACTION99
2.6245-3.00330.28031430.22921282X-RAY DIFFRACTION100
3.0033-3.78010.26771450.19461301X-RAY DIFFRACTION100
3.7801-3.9010.21121520.18631354X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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